Большим делом стала реорганизация милиции, проводившаяся под руководством кадетского лидера В. Н. Пепеляева (на посту директора Департамента милиции, а затем министра внутренних дел) с присущей ему энергией. О милиции, доставшейся по наследству от правительства Керенского и демократического Сибирского правительства, Пепеляев выразился так: «Революционная милиция представляет собой такую язву, от одного произнесения имени которой порядочные люди приходят в содрогание. Перед этой язвой поблекли и стали пустяками недостатки царской полиции».[1011] В пороках правоохранительной системы он винил не «старый режим», а революционное безвременье. Не боясь обвинений в «реакционности», он
При режиме Колчака была возрождена профессиональная политическая полиция – государственная охрана, положение о которой было разработано под руководством того же В. Н. Пепеляева и утверждено 17 июня 1919 г.[1015] (сам проект ее учреждения был выдвинут его предшественником на посту министра А. Н. Гаттенбергером 28 февраля 1919 г. и утвержден 7 марта[1016]). В процессе его обсуждения проявились разногласия между правыми и умеренными сторонниками режима. Проект Пепеляева предполагал подчинение губернских управлений госохраны непосредственно центру, минуя управляющих губерниями. Против этого выступил, в частности, управляющий Забайкальской областью кадет С. А. Таскин: свой протест он мотивировал тем, что «этим вновь создается ведомство, напоминающее прежние жандармские управления».[1017] В итоге Пепеляев отступил, и в Положение о государственной охране была включена ст. 12 о подчинении ее местных управлений управляющим губерниями (областями).[1018] Управлящий Особым отделом государственной охраны (в составе Департамента милиции МВД) и 8 из 11 начальников ее региональных управлений, биографические сведения о которых удалось разыскать, были жандармскими офицерами с большим опытом службы в чинах от ротмистра до генерал-майора.[1019] По сравнению с милицией, государственная охрана пользовалась высокими отзывами,[1020] хотя ее развертывание так и не было завершено в полном объеме.
Активное привлечение А. В. Колчаком на службу лучших профессионалов «царского режима» как в сфере гражданского управления,[1021] так и – в особенности – в правоохранительные органы, воссоздание профессиональной политической полиции выгодно отличают его как прагматика от А. И. Деникина, подверженного либеральным комплексам и боявшегося принимать на службу «царских» администраторов, полицейских и жандармов. Вообще, организации тыла колчаковское правительство уделяло несравненно большее внимание, понимая, что от этого во многом зависит победа на фронте.
В обстановке Гражданской войны ответной мерой на красный террор были жесткие карательные меры колчаковского правительства против большевиков и партизан, включая конфискацию земель повстанцев. Активным их проводником, а нередко и инициатором был все тот же В. Н. Пепеляев.[1022] Он высмеивал тех своих однопартийцев, которые ратовали за смягчение этих мер. После кровавого подавления Омского восстания 23 декабря 1918 г. Пепеляев иронически записал в дневнике: «Либеральные зайцы лепечут о бессудных расстрелах».[1023] В этом направлении (как и в остальных) Восточный отдел ЦК кадетов ни разу не высказал порицания его деятельности.