В рамках УАПЦ были созданы епархиальные советы, открыты бесплатные краткосрочные богословские курсы для подготовки кандидатов в священники, на которых преподавались богословские науки, философия, педагогика, немецкий язык и «украиноведение». Службы в церквях проводились на украинском языке, на нем же выпускались религиозные книги. В некоторых регионах церковное управление было передано в руки общества «Просвита». В приходах читалась «молитва за Украину» на украинском и церковнославянском языках[826]. Сначала германские власти поддерживали развитие «украинофильской» ориентации УАПЦ, но затем пересмотрели свою позицию из-за налаживания связей между ней и украинскими националистами[827].
В то же время УПЦ, несмотря на некоторую «украинизацию» этой церкви (перевод богослужений на украинский язык и пр.), склонялась к «общерусской» идеологии. Так, на Восточной Украине священники и прихожане УПЦ помогали военнопленным красноармейцам – собирали для них продукты и зимнюю одежду[828]. Хотя нацистские власти не поддерживали УПЦ из-за ее «промосковской» ориентации, в результате они свели свою политику к закулисному манипулированию обеими Церквями, внешне «оставив в покое и тех, и других»[829]. Например, УПЦ был передан главный храм Киева – собор Святого Владимира. На практике положение обеих Церквей зависело от политической ориентации бургомистра того или иного населенного пункта. Например, УАПЦ получила преференции в Киеве, где бургомистром был националист Л.И. Форостовский, а УПЦ – в Днепропетровске, где бургомистр был настроен «прорусски»[830].
Планы нацистов по отрыву белорусского православия от РПЦ были нарушены тем, что избранный в марте 1942 г. экзархом Белоруссии митрополит Пантелеймон (Рожновский) отказался от предложения германских властей объявить автокефалию. После этого он был отстранен от управления Церковью и выслан в монастырь, а белорусское православие возглавил архиепископ Могилевский и Мстиславльский Филофей (Нарко). Он под давлением оккупантов в сентябре 1942 г. созвал «Всебелорусский православный собор», на котором было провозглашено создание «Белорусской автокефальной православной церкви», но с оговоркой – лишь «после признания ее всеми каноническими Церквами». Правомочным собор не являлся, так как в нем приняли участие только отдельные представители Минской и Новогрудско-Барановичской епархий[831]. Дальнейшие указания оккупационных властей о форсировании автокефализации белорусского православия фактически саботировались иерархами и клиром[832]. Сепаратистским инициативам также препятствовали настроения верующих: по оценкам советских партизан, их основная масса в Белоруссии «как была, так и осталась такими же православными», как ранее, и практически не замечала разногласий среди иерархии[833]. Таким образом, осуществить отрыв белорусского православия от РПЦ германским властям не удалось. Противоречия в национальной сфере и сепаратистские устремления не играли значимой роли в жизни православных верующих Белоруссии, которые в основном придерживались общерусского религиозного единства.
Положению православной церкви в Прибалтике придавал определенную устойчивость тот факт, что экзарх этого региона митрополит Сергий (Воскресенский) остался в Риге. Несмотря на выражение лояльности к германским властям, Сергий тем не менее выступал против отрыва прибалтийского православия от РПЦ и препятствовал деятельности латышских и эстонских церковных сепаратистов. Их активизации после прихода германских войск способствовал исторический опыт существования в 1920–1930-х гг. вначале автономных, а затем фактически независимых от РПЦ и перешедших под юрисдикцию Константинопольского патриархата Латвийской православной церкви и Эстонской апостольской православной церкви (ЭАПЦ). Во главе Латвийской церкви стоял митрополит Августин (Петерсон), во главе ЭАПЦ – митрополит Александр (Паулус), которые и возглавили церковный сепаратизм в Латвии и Эстонии сразу после прихода германских оккупантов. Попытка раскола православия в Латвии была усилиями митрополита Сергия (Воскресенского) к февралю 1942 г. сведена на нет, чему способствовал тот факт, что 70 % православных верующих в этом регионе были русскими по национальности. Однако в Эстонии, где только 25 % приходов были русскими[834], значительная часть православных священников и паствы (в основном эстонцев по национальности) провозгласила отделение от РПЦ и к сентябрю 1941 г. добилась признания ЭАПЦ оккупационными властями (при этом бóльшая часть русских приходов Эстонии осталась в составе РПЦ)[835]. Таким образом, деятельность православных церковных сепаратистов в Латвии и Эстонии имела четко выраженный национальный аспект.