В отличие от политики на Украине и в Белоруссии, германские власти в Прибалтике не форсировали церковный сепаратизм и не стали принуждать митрополита Сергия (Воскресенского) к автокефализации прибалтийского православия. Очевидно, иерарх смог убедить нацистов, что в случае отпадения православия в Прибалтике от РПЦ оно перейдет под управление Константинопольского патриарха, что противоречило интересам рейха[836]. Тем не менее оккупационные власти пытались использовать авторитет Сергия в своих пропагандистских целях. Так, в июле 1942 г. нацисты инспирировали выступление прибалтийских иерархов против патриотической деятельности руководства РПЦ и отправку ими приветственной телеграммы Гитлеру[837]. Эта акция была призвана повлиять в антисоветском духе на верующую часть населения оккупированной территории, а также сгладить тот факт, что прибалтийское православие (кроме ЭАПЦ) формально осталось в составе РПЦ.
В августе 1941 г. при поддержке германских властей митрополит Сергий (Воскресенский) создал «Православную миссию в освобожденных областях России» (т. н. Псковская духовная миссия) – эксперимент по возрождению церковной жизни, осуществленный в оккупированных районах Ленинградской области. Кроме массового открытия церквей и распространения икон и религиозной литературы, на этой территории было установлено обязательное посещение населением богослужений и участие в церковных таинствах, проведены тысячи обрядов крещения детей и подростков, а также проделана большая работа по вовлечение молодежи в православие. Так, книга для чтения «Родная речь», изданная в 1942 г., содержала произведения на «религиозную тему» (стихотворение Д.С. Мережковского «Легенда о елке», рассказы А.П. Чехова «На страстной неделе», А. Ремизова «Пасха» и И. Шмелева «Под рождество» и «Катанье с гор на Масленице»)[838].
Нацисты активно использовали в своих интересах Украинскую греко-католическую церковь (УГКЦ). Еще до начала войны греко-католический священник И.М. Грынех стал капелланом украинского отряда «Нахтигаль», созданного в структуре абвера[839]. Нацисты оказывали униатской церкви поддержку в распространении влияния на восток Украины, где священники УГКЦ возобновляли работу ранее закрытых церквей (уже под флагом униатства), привлекали паству, организовывали сбор средств на постройку новых церквей. Под храмы использовали также клубы, столовые, жилые дома и даже палатки[840].
В то же время УГКЦ оказывала поддержку украинским националистам. После провозглашения оуновцами «независимости» Украины 30 июня 1941 г. глава УГКЦ митрополит А. Шептицкий издал послание, в котором призвал народ поддержать «украинское правительство»[841]. Хотя деятельность ОУН формально не имела религиозной основы, эта организация не отказывалась от сотрудничества с УГКЦ и УАПЦ, священники и прихожане которых принимали участие в организационном и морально-идейном обеспечении деятельности ОУН. В оуновских вооруженных формированиях полевое духовенство было в основном из числа священнослужителей УГКЦ[842].
Политика оккупационных властей по отношению к католической конфессии определялась мнением А. Розенберга и других нацистских идеологов о ее «опасности» для интересов рейха «на востоке». Поэтому германские власти пресекали деятельность западноевропейских католических миссионеров в оккупированных регионах[843], а также отслеживали «нежелательные тенденции» в деятельности местных католиков. Так, белорусский ксендз В. Годлевский был назначен помощником генерального комиссара Белоруссии В. Кубе по делам просвещения[844], однако к концу 1941 г. попал в немилость за «националистическую деятельность» и в январе следующего года был расстрелян. Деятельность протестантской конфессии в Прибалтике была допущена «только в ограниченном масштабе», причем германские власти считали «желательным» ее «расщепление на возможно большее количество групп»[845].
Нацисты вели активную пропагандистскую деятельность среди мусульман. В оккупированном Крыму они покровительствовали исламу, в том числе разрешив открытие мечетей[846] (по некоторым данным, их было открыто около 40[847]). Деятельность среди мусульман на оккупированной территории СССР возглавил бывший Великий муфтий Иерусалима Х.М.А. эль-Хусейни, бежавший в Германию после провала антибританских восстаний в Палестине и Ираке в 1940 г.[848] Эль-Хусейни принимал активное участие в работе исламской религиозной школы («Муллашуле») при «Туркестанском комитете» – антисоветском коллаборационистском органе, созданном оккупантами в 1942 г. [849], и неоднократно посещал лагеря коллаборационистов-«легионеров», где выступал с призывами к «священной войне против неверных» (то есть СССР) в союзе с Германией[850]. В «Туркестанский легион» были направлены 5–6 мулл, и в этой воинской части был установлен еженедельный намаз[851].