Формулирование советской религиозной политики на оккупированной территории страны было обусловлено в первую очередь патриотической позицией, которую заняли основные конфессии СССР. В первый день войны, 22 июня 1941 г., глава РПЦ митрополит Сергий (Страгородский) издал патриотическое послание к верующим, в котором отметил, что «повторяются времена Батыя, немецких рыцарей, Карла шведского, Наполеона», призвал вспомнить «святых вождей русского народа… Александра Невского, Димитрия Донского, полагавших свои души за народ и Родину», и благословил народ на «предстоящий всенародный подвиг»[852]. С аналогичным посланием к пастве обратился 26 июня 1941 г. ленинградский митрополит Алексий (Симанский). По воспоминаниям очевидцев, эти обращения нашли широкий отклик среди священнослужителей и верующих[853]. Патриотическая позиция РПЦ была искренней. В то же время ее открытое проявление, которое фактически шло вразрез с положением об отделении Церкви от государства, было также обусловлено пониманием непрочности положения РПЦ, которое могло еще более пошатнуться в условиях катастрофического начала войны[854]. Приближение германских войск увеличивало опасность репрессий в отношении иерархов, особенно ввиду того, что прибалтийский митрополит Сергий (Воскресенский) встал на путь сотрудничества с оккупантами[855]. С целью еще четче обозначить патриотическую позицию РПЦ 14 октября 1941 г. глава Церкви издал послание с резким осуждением коллаборационистов из числа священнослужителей, оставшихся на оккупированной территории[856].
Председатель Центрального духовного управления мусульман РСФСР, уфимский муфтий Г.З. Расулев с начала войны возглавил исламское патриотическое движение. 18 июля 1941 г. он обратился с воззванием к мусульманам Советского Союза, призывая их «подняться на защиту… родной земли, молиться в мечетях о победе Красной армии и благословить своих сыновей, сражающихся за правое дело». Затем последовали еще два воззвания, в которых звучал призыв «во имя ислама встать на защиту мусульман и народов России, их мирной жизни и религии»[857]. Патриотическую позицию также твердо заняли Русская православная старообрядческая церковь (РПСЦ), Обновленческая церковь[858], Грузинская православная церковь (ГПЦ), Армянская апостольская церковь (ААЦ)[859] и иудейское духовенство[860].
Патриотическая позиция традиционных конфессий и необходимость мобилизации верующих на защиту страны подвигли руководство СССР на изменение религиозной политики. В стране была существенно приглушена антирелигиозная деятельность: закрыты некоторые антирелигиозные музеи[861], прекращен выпуск антирелигиозных изданий[862], практически перестал функционировать «Союз воинствующих безбожников» (СВБ). До прекращения своей деятельности СВБ резко перестроил свою работу с антирелигиозной пропаганды на разоблачение преследования нацистами верующих[863]. В антирелигиозных изданиях было объявлено, что, в отличие от нацистской Германии, «советская власть обеспечила верующим полную возможность свободно отправлять религиозный культ»[864].
Другой причиной изменений в советской религиозной политике было «религиозное возрождение» на оккупированной территории, о котором руководство СССР знало из сообщений разведки и партизан. Так, 10 марта 1942 г. Л.П. Берия направил докладную записку И.В. Сталину и В.М. Молотову, в которой сообщил о попытках германских властей «использовать Православную церковь и духовенство в своих захватнических целях», а также о распространении нацистами «клеветнических измышлений» о положении православия в СССР[865].
Советские власти начали сотрудничество с РПЦ по борьбе с религиозным коллаборационизмом на оккупированной территории страны. 22 сентября 1942 г. глава Церкви издал послание, в котором выразил категорический протест против коллаборационистской деятельности прибалтийских епископов и призвал их «одуматься и поспешить к исправлению». В принятом в тот же день определении Церковь потребовала от прибалтийских архиереев дать объяснение их действий «с опубликованием в печати». Органы НКВД распространили эти документы на оккупированной территории Прибалтики[866].
Сотрудничество между советскими властями и РПЦ развивалось и в сфере антигерманской пропаганды. 2 ноября 1942 г. митрополит Киевский и Галицкий Николай (Ярушевич) был назначен членом Чрезвычайной государственной комиссии по установлению и расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков (ЧГК). 10 мая 1943 г. Николай принял участие во Всеславянском митинге[867], а затем участвовал и в других мероприятиях Всеславянского комитета[868]. ЧГК привлекала и других священнослужителей РПЦ к работе своих комиссий на местах[869].