Карл V впервые насадил в 1522 году инквизицию в Брабанте. В помощники инквизитору назначено было несколько священников; сам инквизитор был, однако, лицом светским. По смерти Адриана VI наследовавший ему Климент VII назначил трех инквизиторов для всех нидерландских провинций, а Павел III снова уменьшил число до двух, и их оставалось двое до самого начала волнений. В 1530 году, с согласия и при участии представителей сословий, были изданы указы против еретиков, послужившие основой для всех последующих подобных же указов; в них уже весьма определенно говорится об инквизиции. В 1550 году Карл V счел необходимым, вследствие быстрого распространения сектантства, возобновить и усилить эти указы. Город Антверпен воспротивился тогда введению инквизиции и счастливо избег ее. По духу своему эта нидерландская инквизиция, сообразуясь с народным характером, была, конечно, гораздо более человечной, нежели инквизиция в испанских странах. К тому же во главе ее не было не только ни одного доминиканца, но даже и ни одного иностранца. Инквизиция эта строго придерживалась тех указов, которые были всем и каждому известны и уже поэтому вызывали меньше отвращения. Как ни строго она судила, приговоры ее меньше зависели от личного произвола, и она не окружала себя такой таинственностью, как инквизиция испанская.
Но Филипп II пожелал проложить в Нидерланды дорогу именно испанской инквизиции, ибо она казалась ему наиболее подходящим орудием для того, чтобы унизить дух народа и подготовить его к деспотизму. Он начал «закручивать гайки». В частности, инквизиторам было предоставлено право преследовать и наказывать еретиков и всех людей, заподозренных в протестантской ереси, а также их покровителей.
Мария Австрийская, сестра Карла V и статхаудер Нидерландов, была глубоко несчастна во время своего пребывания на этом посту и не получала от этого ровным счетом никакого удовольствия. Она заявила своему брату Фердинанду, что ее пребывание в Нидерландах «похоже на туго затянутую петлю на шее».
После отречения Марии Филипп II назначил статхаудером в Нидерланды Эммануила Филиберта, герцога Савойского, и тот повел себя там как великий военачальник, разбив французскую армию 10 августа 1557 года в битве при Сен-Кентене, где в плен попало практически все французское командование.
Если уже в 1549 году надменная сдержанность и высокомерие сопровождавших Филиппа в Нидерланды придворных шокировали местную аристократию, то стало еще хуже, когда Карл V в 1553 году призвал на север для участия в войне против Франции целые полки испанской пехоты. Эта невыносимо наглая военщина вела себя в провинциях как в завоеванной стране. <…> Все это вскоре породило в Нидерландах национальную ненависть против испанцев, усиливавшуюся с каждым годом. Чем больше приходилось бояться иностранцев, тем больше их ненавидели.
Следующий год был более благоприятен для французов, и высадка объединенного нидерландского и английского ополчения в Конкете, в Бретани, под начальством Филиппа де Монморанси, графа Хорна, не имела больших последствий.