Миром 1559 года герцог Савойский возвратил свои владения, и Маргарита Австрийская (побочная дочь Карла V Габсбурга, сестра Филиппа II и герцогиня Пармская) получила управление Нидерландами. Она хорошо знала нидерландские обычаи и была в курсе всего происходившего в Брюсселе. Также она обращалась к помощи Антонио Перрено де Гранвелы, первого министра и ближайшего советника испанского короля Филиппа II.
Этот человек своей жестокостью разрушал все, что правительница хотела сделать хорошего, что вызывало большое недовольство и сопротивление вельмож. А Гранвела, чувствуя, что из-за распространения Реформации ситуация в стране накаляется, посчитал необходимым еще большее «закручивание гаек» и принятие энергичных мер по противодействию «еретической заразе». В результате в Государственном совете Нидерландов ему составилась оппозиция в лице графов Ламораля ван Эгмонта и Филиппа де Монморанси ван Хорна, а также принца Виллема Оранского, которые убедили короля перевести Гранвелу в Италию.
Немецкий историк Георг Вебер отмечает, что граф Эгмонт «старался соединить верность королю с исполнением обязанностей патриота и не мог угодить ни королю, ни патриотам». А Виллем Оранский видел, что держаться середины – это значит губить себя, что надо либо безусловно повиноваться, либо готовиться к вооруженной борьбе.
Маргарита Австрийская (сестра Филиппа II) потребовала от всех должностных лиц новой присяги, содержавшей в себе обещание безусловно исполнять любое королевское повеление. Виллем Оранский отказался дать такую присягу, сказав, что «уже много раз присягал служить интересам государя и сдержит эту клятву», но что «совесть не позволяет ему принять на себя обязательство, которое могло бы ввести его в столкновение с его правилами и с обязанностями относительно отечества». А вот граф Эгмонт после некоторого колебания дал требуемую присягу.
Казалось бы, отъезд Антонио Перрено де Гранвелы успокоил всеобщее смятение. Принц Оранский и другие вельможи приблизились к правительнице. Но жестокость существовавшей еще инквизиции не прекратилась, и недовольство возобновилось, перерастая в бунты и осквернения церквей.
Филиппу II противостоял Виллем, принц Оранский, старший сын графа Виллема Богатого из рода Нассау и Юлианы Штольбергской. Он получил лютеранское воспитание в родовом замке Нассау в Дилленбурге, но в возрасте 11 лет оказался единственным наследником умершего бездетным Рене Шалонского, тоже из рода Нассау. Таким образом, он неожиданно стал правителем небольшого южнофранцузского княжества Оранж и одновременно крупным землевладельцем, земли которого располагались, в частности, в Голландии, Зеландии, Утрехте и Хелре. Как отпрыск одного из влиятельных дворянских родов, он с тех пор воспитывался при брюссельском дворе Карла V в католическом духе и благодаря обаянию и уму считался одним из фаворитов императора.
Говорят, что при известии об опустошении церквей в Нидерландах Филипп гневно воскликнул: «Им придется дорого поплатиться за это. Клянусь душой моего отца, они будут тяжко наказаны!»
Фернандо Альварес де Толедо и Пиментель, известный как «Железный герцог» Альба, прибавил к этому, что король должен вести с собой сильное войско, но звучали и голоса о том, что, напротив, следует действовать путем договоренностей с нидерландскими вельможами. Филипп II не показывал, какое из двух мнений он предпочитает.
В 1565 году то водворялось спокойствие, то вновь возникало смятение, но в следующем году мятежи пошли один за другим, и началась настоящая революция.