Так как в навигацию 1942 года в районе Нижней Волги немецкими самолетами было сброшено более 350 мин, для определения их количества и точного местонахождения было организовано противоминное наблюдение постами бакенщиков, которые в первый период сыграли исключительно важную роль. Впоследствии было дополнительно организовано 60 специальных постов с техническими средствами наблюдения. Кузнецов распорядился организовать траление мин силами Волжской военной флотилией. Для этого речфлот выделил 19 деревянных судов и 9 барж, которые были срочно переоборудованы в тральщики. Благодаря этим мерам противнику не удалось остановить движения судов по Волге.
В середине августа 1942 года бои развернулись на подступах к Сталинграду. Немецкие танки вышли на берег Волги в районе Латошина Сада и поселка Рынок. Ситуация становилась критической, транзитное судоходство по реке полностью прекратилось. Теперь противник расстреливал любое судно, пытавшееся подняться вверх от Сталинграда. Суда, пришедшие снизу, из Астрахани, и сверху, с грузами для города, оказались запертыми на Сталинградском рейде. У левого берега сгрудилась масса крупных пассажирских пароходов и теплоходов. Такое скопление представляло собой хорошую мишень для авиации противника. Огромные потери как в кораблях, так и в людях несла и Волжская флотилия. «Потери в личном составе бронекатеров при перевозках доходили до 65 процентов», — написал в своих послевоенных воспоминаниях маршал А. И. Еременко.
Следует сказать, что Кузнецов изыскивал любую возможность, чтобы пополнять сражающиеся там войска и Волжскую флотилию. За время работы переправ через Волгу в районе Сталинградского фронта кораблями Волжской военной флотилии и гражданскими судами было перевезено 543 тыс. военнослужащих и гражданских лиц, 29 400 автомашин, 550 тягачей, 840 орудий, около 180 тыс. тонн боеприпасов, продовольственных и других грузов. Значительные грузы прошли через переправы Донского фронта. Через них на оба берега Волги переправили 524 тыс. человек, 66,5 тыс. автомашин, 40 тыс. повозок, 2450 тягачей, тракторов и танков, более 60 тыс. тонн грузов. Надо ли говорить, что именно на Волге в 1942 году решалась судьба страны?
Генеральное наступление Красной Армии в районе Сталинграда началось 19 ноября 1942 года. 23 ноября наши войска в излучине Среднего Дона завершили окружение врага и освободили пристань Калач Донской. За пять дней была освобождена территория, превышающая 1500 кв. км. Победа под Сталинградом и пленение целой немецкой 6-й армии стало поворотным моментом во всей Великой Отечественной войне.
Год 1943-й стал для военных моряков и наркома Кузнецова годом досадных неудач и блестящих успехов. Увы, на войне поражения и победы часто идут рядом. В этом году главным театром морских и приморских сражений стало Черное море.
После победы под Сталинградом началась стратегическая операция по освобождению Северного Кавказа и Таманского полуострова. Черноморскому флоту, помимо десантных операций, предстояло срывать морские перевозки противника.
Наступление левого фланга Черноморской группы войск Закавказского фронта началось 27 января. Однако ключевая десантная операция у Южной Озерейки сорвалась. Сначала было задержано время, а затем из-за шторма и порядок высадки войск. Немцы оказались готовы к отражению, их огневые средства не были подавлены. Большая часть десантных кораблей и судов погибла, даже не пристав к берегу. И всё же высадившиеся моряки-десантники вклинились в оборону противника. Однако командование флота, посчитав десант погибшим, отказалось от его поддержки и вернуло корабли в базы. Оставшиеся на берегу дрались еще целые сутки. Наши потери, по разным данным, составили около двух тысяч человек. Только тридцати десантникам впоследствии удалось выйти к своим.
Напротив, вспомогательный отвлекающий десант в районе Мысхако — Станичка оказался для немцев неожиданным. Десантникам удалось зацепиться за клочок земли юго-западнее Новороссийска. Командование решило использовать этот плацдарм, получивший название «Малая земля», для дальнейшего развития наступления.
Для выяснения причин неудачи основного десанта, оценки обстановки на флоте и улучшения взаимодействия с Закавказским фронтом Сталин отправил на Черноморский флот Кузнецова. В Геленджике нарком изучил и разобрал с командованием ошибки в проведении десантной операции. По его заключению, флот оказался недостаточно подготовленным к действиям в удалении от своей базы и к подавлению береговой обороны. Кузнецов также оценил значение Малой земли, отвлекающей на себя значительные силы противника.
В двадцатых числах апреля Кузнецов был вызван в Ставку. Сталин встретил его якобы неожиданным вопросом.