В 1793–1795 гг. эпидемии чумы распространились по Турции, Сирии, Венгрии, Валахии, Трансильвании, Боснии, Герцеговине и Галиции. Через год после активизации Балканских очагов разогрелись Причерноморские очаги чумы. В 1796 г. чумой охвачена Тамань и весь Фанагорийский полуостров Крыма. Для предохранения от заноса эпидемии в Таврическую область были созданы карантины и заставы от Керчи и Еникале до оконечности Арбатской стрелки и далее до Мариуполя. В Тамань был послан чиновник, которому поручено было принять все необходимые меры, по словам Самойловича, «ко всеконечному истреблению чумы». Но чиновник этот, «не быв во всем сведущ», причинил в Тамани больше опустошений, чем болезнь. Прибыв в Еникале, он, прежде всего, потребовал к себе командовавшего местными войсками генерала команды егерей и донских казаков. Затем запер церковь, всех жителей, кроме «торгашей и кабатчиков», выслал из города в лагерь. После этого чиновник приказал жечь все городские дома, в которых когда-либо была чума, а также корабли черноморской флотилии и амбары, где хранились запасы этой флотилии. На обратном пути
В селе Стеблиевском одежда всех крестьян была снесена в одну избу, которую затем и сожгли вместе с одеждой. В домах, в которых за отсутствием хозяев клети были заперты, сбивались замки и сжигалось все: книги, оружие, даже жемчуг.
Перепуганный таким огненным бедствием народ начал прятать свое имущество в камышах, зарывать в землю и разбегаться «повсюду, где казалося токмо, что, возможно, сим будет сыскать средство избегнуть огненного истребления всему имуществу своему». Однако чума проникла почти во все селения, расположенные неподалеку от Тамани.
Д. Самойлович, направленный в Тамань, нашел город в ужасном состоянии: «Город был найден отовсюду стражею окруженным и аки бы неприятелем опустошенный». Дома и все улицы заросли бурьяном, везде горели «куровища», наводившие страх и уныние. Жителей в городе не было. Все окна и двери в домах были открыты, и «ужас токмо сверхъестественный сим причиняли».
Еще хуже обстояло дело в лагере, куда выселили жителей Тамани. По выражению Самойловича, народ там был «всестенающий». «Старики, не ведая — где от жестокости стихий прикрыться, а матери — как своих детей предохранять новорождающихся».
Немедленно по прибытии в Тамань Самойлович приказал приступить к очищению домов и к «приведению оных в первобытность». Бурьян на улицах был скошен, жители возращены в город. «Куровища» на улицах и площадях залиты, все дома вычищены, выбелены, окна и двери вставлены, «через что весь город как будто расцвел».
Наблюдение за очищением домов, просушиванием, проветриванием и сожжением ненужных вещей было возложено на квартальных смотрителей, для чего город был разделен на кварталы. Народ, ободренный «всеми благотворениями таковыми», стал охотно выполнять все профилактические мероприятия.
В это же время чума была в Екатеринодаре и двух селениях Екатеринодарского уезда. В 1797 г. в Одессу прибыло из Константинополя торговое судно, на котором один матрос умер от чумы. Капитан и команда судна бежали, бросив его на произвол судьбы. Но на нем оставалось еще два матроса: один — здоровый, а другой — «язвою издыхающий». На судно послали двух арестантов, снявш их больного, и, когда он умер, они похоронили его. Само же судно было сожжено. Для предотвращения заноса чумы в Одессу был принят ряд профилактических мер. Город разделили на кварталы и к каждому из них прикомандировали врачей, но решили не закрывать «дабы гражданам не причинять сим страху всеневместнейшаго». Благодаря своевременно предпринятым мерам, заболел только один матрос прибывшего в Одессу судна. После его выздоровления, он сам и обслуживающий его преступник выдержали 3-месячный карантин. Лишь тогда их выпустили на волю
В том же году наблюдались вспышки чумы в городе Сатанове (Подольская губерния) и его окрестностях, а также в Молдавии и Валахии. В 1798 г. чума вспыхнула в Волынской губернии. Миндерер описывал эту вспышку следующим образом (приводится по Васильеву и Сегалу, 1960).
Один помещик из своего имения отправил обоз с пшеницей. Неподалеку от г. Козина умерло 7 человек из обозной прислуги. Вскоре после этого заболело несколько человек в деревне Белогрудка, затем чума проникла в расположенный неподалеку от этой деревни городок Поречье, находившийся в 20 верстах от г. Дубны, где в то время располагался главный штаб французской эмигрантской армии принца Кондэ.