Таким образом, Наполеон собрал в Тулоне крупную армию и военно-морской флот, цели и назначение которых вызывали самые разные догадки. Сначала говорили, что это левый фланг армии, предназначенной для вторжения в Англию. Но до тех пор пока она не отправилась в апреле 1798 года на восток, не было ясно, что она предназначалась для вторжения в Египет. Наполеоновские «приказы», исходившие от Директории, которые он, несомненно, составлял единолично, предписывали «изгнать англичан из всех их восточных владений, которые он будет в состоянии достичь, и особенно разрушить все базы в Красном море; пройти Суэцкий перешеек и принять необходимые меры для обеспечения свободного и исключительного владения этим морем Французской республикой». Наполеон даже изучил перспективы прокладки канала, соединяющего Красное море со Средиземным. Вынашивая честолюбивые планы пройти с завоеваниями по следам Александра Великого, он ставил своей конечной целью вытеснить Британскую империю из Индии.
После захвата и аннексии Мальты у остатков рыцарей-иоаннитов Наполеон и его армия, почти не встретив сопротивления, высадилась на побережье вблизи Александрии. Затем он повел свою армию в Каир. Так Египет был разбужен от долгого сна первой со времен Крестовых походов христианской вооруженной силой, проникшей в самое сердце исламского мира. Наполеон не скупился на торжественные заверения в своем глубоком уважении к исламу. Напоминая войскам: «Сорок веков смотрят на вас», он летом 1798 года нанес поражение мамлюкам в битве у пирамид. Наполеон овладел Каиром в роли «освободителя» от захвативших власть тиранов. Не турки, а мамлюки были его истинными врагами. Об этом он в своих многочисленных заявлениях говорил, клянясь в уважении франко-турецкого союза. На самом деле Наполеон вместе с Талейраном сильно заблуждался относительно того, что Порта, чья власть в Египте при деспотичном правлении мамлюков превратилась в более чем обыкновенный символ, безмолвно согласится на их подавление руками французов. Все было далеко не так. Имперские интересы и гордость требовали утверждения османского суверенитета над провинцией, которая была подчинена сравнительно недавно — в 1787 году.
Итак, Порта, после начальных колебаний, в союзе с Россией и Англией объявила Франции войну. Французский посол был препровожден в замок Семи башен, а несколько французских подданных посажены в другие тюрьмы, в то время как английский флот обеспечил арест мусульманскими властями французских торговых судов в портах Леванта. Тем временем русский флот вышел из Черного моря и вошел в Босфор, где ему были отданы соответствующие почести, и лично султан посетил его корабли. Русские корабли пошли дальше и затем соединились с турецкой морской эскадрой, чтобы проследовать в Средиземное море. В первый и последний раз русский стяг реял в воздухе бок о бок с полумесяцем, когда объединенный австро-турецкий флот вырвал у французов Ионические острова, установив над ними русско-турецкий протекторат, и когда Россия и Турция в полном несоответствии со всегда существовавшими отношениями объединились для помощи папе римскому против союзников Наполеона на побережьях Италии.
Второе заблуждение Наполеона касалось реальной силы его собственного большого флота. Уверенный в его размерах, он переоценил боевые качества и тактическую зрелость. Меньший по размерам, но более могущественный английский флот лорда Нельсона, преследовавший французов от Неаполя, не смог перехватить его — и, вероятно, тем самым предотвратить высадку в Александрии — только из-за злосчастного густого ночного тумана, закрывшего видимость между Критом и Африканским материком. Но затем флот Нельсона вышел на французский флот, стоявший на якорях в заливе Абукира, и уничтожил его, за исключением двух кораблей, которым удалось уйти, хотя впоследствии они были захвачены в плен. В результате армия Наполеона оказалась в Египте в крайне сложном положении, лишившись средств возвращения на родину.
В 1799 году Наполеон повел армию, усиленную моряками с потопленного флота и рекрутами из мамлюков, сухопутным путем в Сирию. Он надеялся собрать под свои знамена различные недовольные турками арабские провинции Османской империи, хвастливо заявляя, что его войска доберутся до Евфрата к середине лета, а осенью будут готовы идти на Индию. И после захвата Газы и Яффы Наполеон, идя по следам крестоносцев, направился к крепости Сен-Жан-д’Акр (Акра). Ее могущественный правитель, пресловутый Ахмед Джезар-паша (Мясник), который уже долгое время со своей личной армией, состоявшей из албанцев и боснийцев, сам представлял угрозу для султана, принял на себя командование всеми сирийскими силами, готовыми выступить против неверных.