Султан, который таким образом получил короткую передышку от чужеземца, столкнулся в это же время с серьезными внутренними беспорядками в Сербии. Они стали результатом тиранического режима, установленного янычарами, которые присвоили себе полномочия центральной власти в районе Белграда, во многом аналогично тому, что делали мамлюки в Египте. Янычары убили официального губернатора города, низвели его преемника до ничего не значащего уровня и поделили страну между четырьмя своими военачальниками. Они присваивали себе земли сипахов, турецкой феодальной кавалерии; они обирали и подчиняли себе райя, христианское крестьянство, которое обратилось к султану с просьбой о защите, направив в Стамбул депутацию. «Царь ли ты наш все еще? — взывали они. — Тогда приди и освободи нас от этих злодеев, а если ты не спасешь нас, тогда хотя бы скажи нам, следует ли нам бежать в горы и леса или же искать в реках конца нашего жалкого существования».
Стремясь восстановить свою власть, султан тем не менее не располагал достаточными силами, с которыми мог бы сокрушить своих собственных янычар. Угрозы в их адрес спровоцировали только массовые убийства христиан, и Селим, вместе с лишенными собственности местными сипахами, армией паши Боснии и небольшим числом рекрутов из мусульман и турок, поддержал восстание самих сербов против янычар. Это крестьянское восстание оказалось необыкновенным зрелищем христианского меньшинства, восставшего не против, а от имени его мусульманского суверена. Янычары пользовались поддержкой мятежного паши Видина и наиболее фанатичных мусульманских элементов в городах. Тем не менее они были полностью разбиты, и их тирания безжалостно разрушена, закончившись гордой демонстрацией христианами четырех кровоточащих голов военачальников янычар в лагере сербов. Вся Сербия была теперь в руках самих сербов, за исключением Белграда и нескольких других крепостей, все еще занятых гарнизонами султана.
Добившись своих целей, султан потребовал, чтобы христиане-райя сложили оружие и вернулись к стадам и отарам. Но победа пробудила в сербах националистические чувства, которые было не так-то просто успокоить. Приобретя военный опыт и пройдя крещение огнем от армии австрийского императора, оккупировавшего Сербию двадцать лет назад, сербы успели воспитать в себе гордый боевой дух. Это с удивлением обнаружили турецкие уполномоченные, направленные туда, чтобы снова занять страну, после того как был заключен мир. Привыкший относиться к сербам как «безоружному и покорному стаду», один из уполномоченных, с некоторой озабоченностью, спросил австрийского офицера: «Соседи, что вы сделали с нашими райя?» И сербские полки были немедленно распущены.
Подтвердив таким образом свое рвение действовать в интересах султана, они теперь считали себя имеющими право на определенную степень автономии. Сербы объединились вокруг избранного правителя, Кара Георгия, или Черного Георгия, сына крестьянина, который ранее торговал свиньями. Презирая знаки различия, всегда одетый как пастух, Кара Георгий обосновался в горах, чтобы оттуда вести против янычар жестокую партизанскую войну. Вдохновленные его примером, сербы обратились с петицией о поддержке к русским, как к единоверцам. Царь, тогда находившийся в союзе с турками, посоветовал им предъявить свои претензии Порте и обещал им в этом поддержку. В результате сербы направили депутацию к султану с требованием не только прощения долгов по дани, но и передачи им Белграда и окружающих город крепостей.
Подобные «безапелляционные» требования со стороны «презренных» христиан привели в бешенство добропорядочных мусульман дивана и были отвергнуты султаном, который приказал бросить депутатов в тюрьму. Затем он направил в Сербию одну за другой три армии, чтобы подавить своих бывших сербских союзников. Но все армии были разбиты без какой-либо иностранной помощи грозным Кара Георгием, который в конце концов изгнал турецкие гарнизоны из Белграда и других крепостей, рассчитывая на выполнение обещаний покровительства со стороны России. Он стал творцом истории, добившись для сербов на определенное время независимости от господства османов. Сербы стали первым балканским обществом, добившимся свободы собственными силами в век пробуждения национального самосознания.
В Стамбуле это было время высокой дипломатической активности. 1805 год характеризовался соперничеством между Англией и Россией, с одной стороны, и Францией, с другой, за поддержку со стороны Турции в войне, которую коалиция вела с Францией. Вопреки Амьенскому мирному договору Наполеон не расставался с мыслью о переделах на Востоке. Он направил в Левант миссию под руководством Франсуа Себастиани, человека, умудренного опытом, который когда-то был священником, а теперь мог похвастаться достижениями и как солдат, и как дипломат. Франсуа Себастиани делал вид, что лишь стремится восстановить торговые интересы Франции. Но в действительности он готовил условия для возможной Французской кампании в Восточном Средиземноморье.