Осада крепости Наполеоном длилась два месяца, осложняясь господством англичан на море. Эскадра английского адмирала сэра Сиднея Смита перехватила французскую флотилию, доставлявшую ему столь необходимую тяжелую артиллерию. Смит высадил на берег собственных артиллеристов и моряков со своих кораблей и наконец перебросил морем турецкие подкрепления. В них входил контингент новых войск Селима, хорошо вооруженных мушкетами и байонетами. Хотя Наполеон нанес поражение крупной армии из Дамаска, направленной на прорыв осады, он не смог одержать верх над гарнизоном Акры. «В этом жалком форте, — признался он, — заключена судьба Востока». Французы были вынуждены отступить, понеся тяжелые потери, через пустыню обратно в Египет.
Здесь войска Наполеона столкнулись со второй османской армией, которую с Родоса сопровождала эскадра сэра Сиднея Смита. Эта армия была быстро разбита в сражении у Абукира. Не выдержав штыковой атаки, турецкая армия была сброшена в залив, поверхность которого покрылась тюрбанами турок, тысячами утонувших в его водах. Эта победа восстановила престиж Наполеона в глазах мамлюков. Но благодаря главным образом явному военно-морскому превосходству англичан, эфемерная мечта Наполеона об империи на Востоке была похоронена навсегда. Передав командование армией генералу Клеберу, французский главнокомандующий бросил ее, тайно отплыв со своим штабом во Францию. Там, выдавая себя за добившегося триумфа завоевателя, Наполеон переключился на альтернативные имперские мечты относительно Запада, тем временем свергнув Директорию и утвердив себя в качестве первого консула с помощью государственного переворота.
Двумя годами позже в Египте высадилась англо-турецкая экспедиция под командованием генерала сэра Ральфа Аберкромби, имея целью заставить сдаться в плен деморализованную французскую армию и доставить ее обратно, в Европу. Это привело в 1802 году к подписанию Амьенского мирного договора, условия которого были сепаратно согласованы между Англией и Францией и, к выгоде обеих сторон, между Францией и Портой. Был официально признан суверенитет султана над Египтом и его другими владениями, на какое-то время правление мамлюков было заменено правлением пашей, назначаемых из Стамбула. Английские войска покинули Египет.
Однако эскапада Наполеона вновь подвигла Англию на проведение активной военной опережающей политики в Красном море и далее, за его пределами. С местным султаном из Адена был подписан договор, в качестве прелюдии к последующей аннексии. Англия дала понять, что если в Индию можно вторгнуться из Египта, то и в Египет можно будет вторгнуться из Индии. Аналогичные предосторожности были предприняты в прибрежных районах других османских владений. В Персидском заливе Ост-Индская компания не пустила французов в Оман, учредила свое представительство в Багдаде на постоянной основе и взяла на себя функции британского консула в Басре в качестве «политического агента в Турецкой Аравии». Провал Наполеона вдохновил англичан и обеспечил их успех.
Согласно недолговечному Амьенскому договору Франция отказывалась от претензий на Ионические острова и близлежащие территории материка, которые пока оставались под протекторатом России и Турции, причем русские контролировали острова, а турки — города на материке и укрепленные пункты. Некоторые из них уже были незаконно присвоены грозным Али-пашой из Янины, коварным и безжалостным албанцем, располагавшим собственным крупным отрядом бандитов. Скромный слуга Порты, он истребил большую часть соседних племен, включая мятежных христиан-сулиотов, чтобы править с большой степенью автономии внутренними районами Эпира и Нижней Албанией.
Снова в мире с Францией, вдвойне защитив свою гордость, Порта освободила всех французских пленников и вернула французскую собственность. Было возобновлено действие французских капитуляций в их прежней форме, с дополнительными правами в части торговли и навигации в Черноморском бассейне. Подобное оживление торговой деятельности французов вызвало озабоченность как русских, так и англичан. После трехлетнего перерыва в Стамбуле снова торжествовала Франция, парадоксально повысившая свой престиж благодаря быстрым успехам наполеоновской армии и очевидной терпимости правления Наполеона в Египте. Союз расцвел, как в прежние времена. Новый французский посол упорно трудился, чтобы утвердить в Порте влияние своей страны. Новому послу Османской империи в Париже было нелегко скрыть свой интерес ко всему французскому.