Мехмед Али изолировал англичан в Александрии и проявил немалую проницательность, чтобы добиться их выхода из переговоров, предложив вполне выгодные условия. Это позволило ему в свое время, с выгодой для себя и своей плодородной провинции, стать генеральным поставщиком британских военно-морских и сухопутных сил в Средиземноморье. Таким был первый выход на сцену этого выдающегося правителя, основавшего в Египте свою собственную автономную династию, практически свободную от контроля султана.
Война против России на Дунайском фронте развивалась медленно. Ни турки, ни русские, с оглядкой на Наполеона, не разворачивали военные действия в полную силу. Султан Селим, воспользовавшись тем, что основные силы янычар находились на фронте, продолжал дома реформы своего военного «нового порядка». Топиджи, его обученный французами артиллерийский корпус, был поставлен на ступень выше, чем янычары. Небольшой отряд Омар-аги, проявивший себя в Акре, после этого уничтожал шайки бандитов в Болгарии и Румелии и разгромил янычар, которых подняли против него недовольные провинциальные губернаторы. Султан усилил отряд Омар-аги двумя полками, вооруженными, экипированными и обученными по французским стандартам.
В 1805 году, испытывая нехватку войск, которые можно было бы выставить против России, султан предпринял решительный шаг, объявив общий призыв в новый корпус, заменивший обычную систему добровольного набора рекрутов. Призывалось не только население, но и сами янычары, самые лучшие и молодые воины из которых должны были переводиться в ряды новых войск. Хотя янычары — благодаря райя — были разгромлены в Белграде, они по-прежнему свирепствовали в других провинциях, а в Адрианополе даже оказали декрету султана открытое сопротивление. Чиновник, который попытался его навязать, был схвачен и задушен. Отряд новых войск из Анатолии, которыми командовал паша Карамании, поддерживавший реформы султана, был атакован крупными силами янычар на Дунайском театре военных действий и разбит наголову.
Это столкновение вызвало протесты янычар в Стамбуле, которые были активно поддержаны реакционерами в диване и улеме. Чтобы избежать восстания и возможного распространения гражданской войны на столицу во время войны с Россией, султан был вынужден приостановить реформы, распустить анатолийские войска, уволить несколько советников-реформистов и доверить должность великого визиря аге янычар.
Но в начале лета 1807 года, вскоре после ухода английского военно-морского флота, ямаки, вспомогательные войска, составлявшие гарнизоны артиллерийских батарей на Босфоре, получили приказ принять новую форму и боевую технику европейского образца. В ответ на это войско взбунтовалось и отправилось на ипподром в Стамбул, где к нему присоединилось несколько сотен янычар. Они по традиции переворачивали свои походные котлы в знак того, что больше не примут пищу от султана. Объединившись с каймакамом вице-губернатором Муса-пашой, чиновником, печально известным своими интригами и склонностью к предательству, и с согласия недавно назначенного главного муфтия, восставшие учредили трибунал, чтобы судить тех советников и министров султана, кто поддерживал реформы, и подняли против них толпу горожан. Многие сторонники реформ были убиты — в своих домах либо на ипподроме, и головы семнадцати реформаторов были с гордостью пронесены перед теми, кто возглавил восстание.
К несчастью для султана Селима, его преданный союзник, прежний муфтий, скончался в начале года, а основная часть улемы всегда сопротивлялась реформам. Вынужденный уступить, султан издал указ об отмене своего «нового порядка». Но было уже слишком поздно, чтобы он смог спасти свой трон. В ответ на требование депутации офицеров-янычар великий муфтий заявил, что, поскольку правительство султана «распространяло среди мусульман манеры „неверных“ и проявило намерение подавить янычар, истинных защитников закона и Пророков», султан должен быть смещен с трона, в интересах мусульманской религии и дома Османа. Его смещение было объявлено в фетве, войска «нового порядка» были распущены, а главный зачинщик мятежа получил под командование крепости Босфора. Селим тем временем отправился в «Клетку», где он почтительно поклонился своему юному кузену Мустафе как султану, советуя тому быть более осмотрительным в любых его начинаниях, не дать себя увлечь великими переменами и желая ему более счастливого правления, чем его собственное. Затем Селим попытался принять яд, но Мустафа выбил из его рук чашу, уже поднесенную к губам, поклявшись, что сохранит ему жизнь. Селим с покорным достоинством удалился в свои тюремные апартаменты, из которых вышел новый султан, чтобы взойти на трон под именем Мустафы IV.