Но правил Мустафа IV всего лишь несколько месяцев. У Селима еще оставались друзья и сторонники, в первую очередь Мустафа Байрактар, или Знаменосец, независимый паша из Рущука, что на Дунае. Сторонник программы реформ, он был обязан своей карьерой Селиму и теперь решился на государственный переворот, чтобы вернуть Селима к власти. Подписание в это время перемирия с русскими высвободило его крупную армию, состоявшую в основном из боснийцев и албанцев, позволив ей, вместе с воинами лояльного великого визиря в Адрианополе, поход на Стамбул под знаменем Пророка.
Целью Мустафы Байрактара в Стамбуле было устрашение янычар, захват дворца, смещение султана Мустафы и восстановление власти Селима. Потребовавший возможности увидеть «подлинного султана Селима», но не допущенный к нему дворцовой стражей, Байрактар ворвался во дворец вместе со своим войском. Однако незначительное промедление оказалось роковым. Опасаясь за свой трон, султан Мустафа приказал немедленно задушить Селима и своего брата Махмуда, со смертью которых он остался бы последним из живых представителей дома Османа.
Убийцы Селима натолкнулись на отчаянное сопротивление, но силы оказались неравными. С криком «Получи султана, которого ты хотел видеть!» тело Селима было брошено под ноги Байрактару, когда тот вошел в ворота внутреннего двора. С помощью албанцев он стащил Мустафу с трона, крича в гневе: «Что ты здесь делаешь? Уступи место более достойному!» Убийцы между тем не смогли найти Махмуда, который был спрятан верным слугой султана в топке бани. Там его нашли победители-албанцы, и еще до наступления темноты, под аккомпанемент салюта из Сераля, было объявлено, что Мустафа IV смещен и султаном Османской империи стал Махмуд II.
Мустафа Байрактар стал его энергичным великим визирем. После казни убийц, фаворитов Мустафы и предводителя мятежных ямаков он решительно возобновил начатые Селимом реформы. Махмуд воссоздал войска «нового порядка» с европейскими методами боевой подготовки под давним названием сеймены. Он пересмотрел и дополнил разные эдикты, касавшиеся реформ, и впервые созвал со всех концов империи консультативную ассамблею высших государственных чиновников. Ассамблея заседала в императорском дворце, где в зажигательной вступительной речи он огласил конкретную программу реформ. Она включала в себя широкую реорганизацию корпуса янычар, направленную на искоренение старых злоупотреблений. Одновременно он подтвердил привилегии и права могущественных аянов и деребеев.
После оживленных дебатов между провинциальными чиновниками, из среды которых вышел сам великий визирь, и центральным правительством было достигнуто соглашение. Их договоренность представляла собой в правовом и политическом отношениях важнейшую веху в определении соответствующих долей ответственности имевшихся в стране землевладельцев. Усмотрев в этом посягательство на собственную неограниченную власть, султан Махмуд согласился на это с большим нежеланием. Янычары и улема сначала сделали вид, что согласны, и Байрактар, рассчитывая на поддержку сейменов и других местных сил, опрометчиво отправил по домам свои албанские и боснийские армии.
Воспользовавшись ситуацией, янычары вновь подняли восстание. Они напали на Байрактара в его дворце, подожгли здание и взорвали башню, в которой великий визирь постарался укрыться. В результате пожара Байрактар сгорел заживо. Силы реакции торжествовали победу. Старая расстроенная система со всеми ее злоупотреблениями, казалось, была вновь восстановлена и стала сильнее, чем прежде.
В результате реформаторское движение, начатое султаном Селимом, на какое-то время оказалось приостановленным. Единственный до того времени среди султанов Османской династии, он полностью посвятил себя делу реформирования империи. То, чего двести пятьдесят лет назад достиг Сулейман Законодатель, ориентируясь на восточный менталитет и традиции, Селим хотел добиться, опираясь на опыт Запада и дух секуляризации. Султан Селим потерпел неудачу и испытал горькое разочарование, отчасти из-за некоторых недостатков характера, которые препятствовали осуществлению его намерений. Бесспорно, Селим был правителем просвещенным, альтруистичным и искренним в своем стремлении повернуть Османскую империю на путь развития в направлении западной цивилизации. Но султан был слеп в отношении психологии большей части своего собственного народа, обеспечить благосостояние которого он стремился, но который он не захотел — или не смог — повести в бой, как это делали его великие предшественники. Поэтому Селим не сумел добиться доверия и преданности своего народа. Напротив, своей неосмотрительностью и чрезмерным усердием в культивировании западных идей он позволил антиреформаторам в своих рядах вновь разжечь в людях глубоко укоренившиеся реакционные предрассудки и усилить их сопротивление всем новшествам.