Представителем государя при дворе гетмана назначается боярин и наместник тверской Василий Васильевич Бутурлин, была обещана военная помощь «для вашие обороны». «Царское величество изволил на неприятеля своего, на польского короля, идти сам, и бояр, и воевод послать со многими ратьми по просуху, как конские кормы учнут быть». Крымская «орда» от дел устранялась, нападать на нее было не велено (и «донцам» также), но в случае нападения крымцев «над ними промысел чинить». Хмельницкий пошел на это, ибо татары уже не раз его предавали, последний раз под Жванцем уже в 1653 году. Первая просьба о помощи против поляков поступила севскому воеводе Бутурлину еще 26 февраля от нежинского полковника Ивана Золотаренко, но тогда стародубские казаки успели управиться сами, хотя царь отдал воеводе приказ идти им на помощь.
Военные действия, связанные с российско-польской (1654–1667), а затем и российско-турецкой (1673–1681) войнами, перемежавшиеся столкновениями с враждебными России гетманами и татарами, можно разделить на пять этапов, каждый из которых в разной степени затрагивал Брянский край.
1-й этап: наступление русско-казацких войск в 1654–1655 годах;
2-й этап: временное перемирие России с Польшей, война со Швецией, столкновения (включая Конотопскую битву) с гетманом Выговским и татарами (1656–1659);
3-й этап: наступление поляков на Россию, в том числе Подесенье (1660–1664);
4-й этап: борьба с украинскими повстанцами гетманов Брюховецкого и Многогрешного и татарами (1668 – начало 1669 года);
5-й этап: активные действия российско-турецкой войны (Чигиринские походы), борьба против турок и гетмана Дорошенко в союзе с поляками (1674–1678).
Военные действия на территории Брянского края разворачивались лишь во время третьего и четвертого этапа казацких войн, однако выходцы как из русской, так и украинской частей края как воевали совместно, так и противостояли друг другу на всех этапах военной эпопеи 1654–1678 годов.
На первом этапе, в феврале 1654 года, имела место попытка поляков продвинуться к освобожденному от них в 1652 году Стародубу, но она была отбита новым наказным полковником Афанасием Еремеенко. Затем в наступление переходят русские – весной 1654 года основная армия во главе с князем А. Н. Трубецким, потомком брянских Гедиминовичей, через Брянск движется в Белоруссию. По дороге к ней присоединяются местные дворяне, дети боярские, городовые стрельцы и казаки, комарицкие драгуны, «новые» стародубские казаки, только что отразившие польский поход.
Успехи российских войск были огромны – были взяты Смоленск, Полоцк, столица Литвы – Вильнюс, военные действия, совместные в Белоруссии с казачьим полковником Нежинского полка Золотаренко, переместились к границам этнической Польши. Но… Русские вдруг наступление остановили и начали войну со Швецией.
Во время перемирия с Польшей, заключенного в октябре 1656 года, и русско-шведской войны 1656–1658 (1661) годов, весьма выгодной Польше и спасающей ее от гибели, обострились отношения русских властей с казаками. Выбранный осенью 1657 года на пост гетмана после Б. Хмельницкого представитель казачьей старшины Иван Выговской, пользуясь занятостью и Польши, и России в войне со Швецией, пытался получить практическую независимость, заключив союзы со Швецией и Крымским ханством. После победы Речи Посполитой в тяжелейшей войне со Швецией, Бранденбургом и Трансильванией он воспользовался ее военными ослаблениями и заключил с Яном-Казимиром Гадячским трактат сентября 1658 года. Великое княжество Русское во главе с ним, своим сеймом, армией, признавалось полноправной частью триединой монархии наряду с Польшей и Литвой. Казачья старшина уравнивалась со шляхтой и могла принять участие в выборах короля. Современные украинские исследователи называют Гадячский трактат «первой европейской конституцией», увенчавшей «буржуазно-демократическую казачью революцию». Однако сейм не утвердил решение короля, а московское правительство расценило действия Выговского как измену. Она открылась еще до заключения Гадячского договора, когда в 1658 году отдельные казачьи полковники прекратили взаимодействие с расквартированными на Украине и в Белоруссии российскими воеводами, и вновь были призваны татары. Для поддержки немногочисленных русских войск и их казацких сторонников (сначала полтавского полковника Мартина Пушкаря, затем – Ивана Беспалого) в июне 1658 года в Киев были введены дополнительные войска, и вовремя. 23 августа к городу подошли 20 тысяч казаков – мятежников и татар, которые были отбиты усиленным гарнизоном В. Б. Шереметева. В составе отряда Шереметева было 400 комарицких драгун Вилима Эглина из действующего состава полка в 1800 человек, остальные «в полк не поехали» и частично подались в «гулящие люди». Для их сыска были посланы стрельцы брянского стольника Ф. Зеновьева, который часть их вернул на место службы, и позднее они присоединились к шедшему на Украину войску князя Трубецкого.