10 апреля Махно провел третий районный съезд махновских вольных советов. Съезд высказался против продразверстки, о мобилизации на фронт десяти мужских возрастов, о формировании против белых отрядов на местах. Но Дыбенко это, почему-то, взорвало. Он разразился телеграммой: «Всякие съезды, созванные от имени распущенного, согласно моему приказу, Военно-революционного штаба, считаются явно контрреволюционными, и организаторы таковых будут подвергнуты самым репрессивным мерам вплоть до объявления вне закона. Приказываю немедленно принять меры к недопущению подобных явлений. Начдив Дыбенко». Получив телеграмму, делегаты съезда приняли резолюцию протеста.
Между тем и сам Дыбенко заодно с Махно попал в щекотливое положение, будучи обвинен в незаконном захвате 90 вагонов муки и фуража, предназначенных для рабочих Донбасса. Потянулось следствие. «Дыбенко вышел совершенно чист; вина Махно оказалась не столь уж значительной, ибо было задержано им небольшое количество грузов ввиду совершенно исключительной обстановки», — констатировал Антонов-Овсеенко. Через две недели на Украину прибыл чрезвычайный уполномоченный Совета обороны член большевистского ЦК Л.Б. Каменев, и выяснилось, что никто из начальников в продовольственном вопросе за действия Махно и Дыбенко поручиться не желает.
Ну, а что же сам Дыбенко? Глубоко наплевав на приказы главкома РККА И.И. Вацетиса, считавшего занятие Крыма преждевременным, так как это потребовало бы большого количества войск, которого и так едва хватало на создание сплошного фронта обороны, самовольно двинул подчиненные ему полки за Перекоп.
При этом Дыбенко подстраховался. Еще в марте 1919 года Коллонтай отправилась в Москву на съезд партии. По возвращении она рассказала мужу, что если даже большевистское руководство и будет недовольно самовольным занятием войсками Дыбенко Крыма, то никаких реальных репрессий не последует, т. к. Москва “победителей не судит”. Посовещавшись, супруги приняли решение считать своей главной задачей занятие Крыма, куда и направить главные силы дивизии. Причем заранее штаб фронта ни о чем не извещать, а поставить всех перед свершившимся фактом — образованием Крымской Советской республики. Урегулирование этого вопроса с Лениным и другими вождями большевиков Коллонтай брала на себя. Что касается В. А. Антонов-Овсеенко, то он, активно сопротивляясь требованиям И.И. Вацетиса и Л.Д. Троцкого о передаче части своих войск соседям на Южный фронт, вынужден был дать приказание войскам П.Е. Дыбенко двигаться на Мариуполь на помощь Н.И. Махно, сражавшегося с деникинцами. Хотя в том, что его комдив завернул в Крым, Антонов-Овсеенко не видел ничего страшного. В Москву он докладывал, что Дыбенко решил отвоевать Крым, так сказать, «в порядке частной инициативы» и не более того. Ситуация на Южном фронте командующего Украинским фронтом не сильно волновала.
Сам П.Е. Дыбенко, в оправдание своего броска на Крым, докладывал, что у него возникли трудности с отрядами из таврических матросов, которые в большом числе остались в Северной Таврии после немецкой оккупации и имели даже собственный партизанский флот из катеров и лодок. Значительная часть этих матросов была включена в сформированные в Северной Таврии и Екатеринославе полки, которые и отказывались выдвигаться на махновский и деникинский фронты, а всячески стремились в Крым.
К 5 апреля 1919 года передовые части дивизии Дыбенко вышли к Перекопу. Белые так же не имели в Крыму серьезных сил, а потому после непродолжительного боя отошли в глубь полуострова. Теперь, согласно плана Реввоенсовета и фронта, Дыбенко должен был организовать оборону, заперев противника в Крыму и перебросить все силы для начала операции в Донецком бассейне, обороне которого от деникинцев в Москве придавали первостепенное значение.
Но не тут-то было! Дыбенко и не подумал останавливаться. Почти не встречая сопротивления, 1-я Заднепровская двивизия, силами двух бригад, прорвались через Перекоп в Крым, и уже через пять суток заняла Симферополь, а 17 апреля вошла в Севастополь.
Основная территория полуострова была легко занята, так как этому способствовали недовольство местного населения деникинскими порядками и эвакуация интервентов из Севастополя из-за восстания на французских кораблях. Однако при попытках занять Керченский полуостров, переправиться на Тамань и ударить по Деникину с тыла, начались неудачи. Керчь взять так и не удалось. Одновременно усилилось давление деникинских войск на махновцев в Северном Приазовье. В этих условиях Крым грозил превратиться в «мешок», выход из которого зависел от устойчивости махновского фронта, едва сдерживавшего деникинцев. Н.И. Махно. Но Л.Д. Троцкий начал против Н.И. Махно кампанию в печати и всячески тормозил снабжение его войск.