Казнь Хованского была спасением. О громадном значении его как начальника войска свидетельствует то обстоятельство, что после его казни оказалось вовсе не трудным справиться с этим, так называемым вторым стрелецким бунтом. И в 1689 году стрельцы не были особенно опасны именно потому, что не имели начальника. Что правительница придавала очень серьёзное значение бунту Хованского, видно из её признательной памяти Саввино-Сторожевскому монастырю. Там была построена церковь, освящённая в 1693 году, в память спасения царей и царевны, «когда Хованский со стрельцами на жизнь обоих государей и покушался».
Он хотел, говорят, извести царское семейство и захватить в свои руки верховную власть. Какие же есть на то доказательства? Никаких, кроме голословного обвинения со стороны правительства. В обвинительной грамоте и у Медведева говорится, что в Коломенском найдено было подмётное письмо с описанием преступных намерений Хованских. Это подмётное письмо (средство самое обыкновенное в то время) свидетельствует гораздо более против царевны Софии, чем против Хованских, а именно: оно не было оглашено в Воздвиженском, ибо если бы сколько-нибудь было оглашено, то должно бы дойти до сведения Хованских, и они, разумеется, приняли бы свои меры. В мнимом письме показаны приметы писавших, по которым можно было их найти и допросить, получить доказательства, узнать подробности, сделать очные ставки. Ничего этого не было, доносчики не были привлечены ни к какому следствию и остались неизвестными.
Его младший сын, который между тем, убежав отсюда, прибыл в Москву, принёс бунтовщикам весть о смерти своего отца. Те, как одержимые, тут же ворвались в цейхгауз, вытащили оттуда наружу все ружья, разграбили казну, выставили пушки на валу и, наконец, заняли позиции для обороны [городского] входа от их собственных государей. При этом повсюду раздавались крики, что стрельцы отомстят за Хованского, как за смерть своего отца, и вырубят всех бояр, которые предательски его убили.
И взволновалися стрельцы все приказы, хотели итить в село Воздвиженское с снарядом, с пушками и с мушкеты, и с копьи, и з бердыши на великих государей.
Для стрельцов смерть Хованского была сокрушительным ударом. Они громко кричали, что потеряли своего отца, но что хорошо отомстят за него. Действительно, они овладели складами оружия и боевыми припасами и были, кажется, в состоянии истребить всё.
Того ж году сентября в … день в селе Воздвиженском учинился всполох. Сказали великим государем, что стрельцы, все приказы со многим снарядом на три дороги с Москвы идут на великих государей боем. И великие государи и государыни царицы и государыни царевны из села Воздвиженского поднялися совсем, поход свой учинили х Троице в монастырь. А которые вести им, великим государем, учинились, и то пролгалось. И жили у Троицы в монастыре многое время.
[Итак], Хованские были схвачены и казнены. Стрельцы в отмщение за них, вооружились и в ярости своей решились итти в Монастырь оный. Новый и страшный бунт сей принудил Правление наскоро набрать корпус войск, состоящий по большей части из иностранцов, оставшихся от полков, Царём ещё Алексеем Михайловичем набранных, и Лефорт первый с частию сего корпуса прискакал в Монастырь на помощь своим Государям.
По утушении сего бунта он отличил себя обучением сего небольшаго корпуса войск. Стройныя солдат движения, обороты и действования ружьём, привлекали множество зрителей. Пётр, ещё отрок, с прискорбием снося опекунство над собою Софьино, видел Лефорта не однажды в сих обучениях, и тогда уже плюбил его.