Постепенно на территории области водворялся общий порядок, вводились законы империи, сначала уголовные, а в 1836 г. и гражданские. Различие состояло только в устройстве ведомств судебной части. Дела гражданские рассматривались первоначально в провинциальном суде, который имел тот же состав, те же права и обязанности, какие присвоены судам уездным. Вторая степень суда сосредотачивалась в лице областного начальника. В.И. Бебутов показал себя умелым организатором, сумевшим в самый непродолжительный срок наладить мирную жизнь на разоренной земле. Он создал условия, чтобы земледельцы возвращались на землю, обрабатывали и получали урожаи, шло оживление торговли, принимались решительные меры по ликвидации разбойничьих отрядов, для чего, помимо военных, использовались добровольческие формирования из населения. На Армянскую землю пришел долгожданный мир.
С созданием Армянской области намечалось принятие геральдического герба. Но работа затянулась. Была проведена большая проработка истории существовавших гербов. Наконец 25 марта 1833 г. Правительствующий сенат утвердил герб Армянской области с изображением горы Арарат, древнейшей короны армянских царей, церкви Эчмиадзина и российского орла со щитом, а также императорской короны.
Российское правительство очень большое внимание уделяло армянской григорианской церкви как важному инструменту воспитания армянского населения. Духовный центр армян – Эчмиадзин – перешел под российский контроль в результате Русско-персидской войны 1826–1828 гг., которая завершилась заключением Туркманчайского мирного договора 10 февраля 1828 г. И хотя армянское духовенство встречало российские войска колокольным звоном и крестным ходом, между имперской администрацией и армянскими лидерами начали проявляться недоверие и подозрительность. Главноуправляющий в Грузии И.Ф. Паскевич в письме к генералу И.И. Дибичу от 3 марта 1828 г. отмечал, что опасается замыслов архиепископа Нерсеса: «На счет Нерсеса я нахожусь в большом затруднении, политика запрещает мне устранить его совершенно от дела; между тем ежели оставить его при сем влиянии, то монастырские притязания будут бесконечны…»
И.Ф. Паскевич опасался внешнеполитической самостоятельности армянского иерарха, стремления к расширению церковной собственности (на отвоеванных у Персии территориях), а также его «всегдашней наклонности к интригам». Российское начальство тревожилось, что своевольный и энергичный Нерсес сменит престарелого католикоса Ефрема I в качестве духовного лидера всей армянской общины. «Если это место (армянского католикоса) займет человек предприимчивый, склонный к интригам и упрямый, то при всех покушениях правительства к лучшему образованию духовного управления армянского, может он прибегнуть к армянам турецким и персидским и противопоставить их благим намерениям светского начальства», – отмечал Паскевич в письме к главноуправляющему духовными делами иностранных исповеданий России Д.Н. Блудову.
Поэтому фельдмаршал Паскевич предписал генералу Бебутову постоянно заниматься этим вопросом. После прибытия в область генерал Бебутов, как начальник области, стал заниматься духовными вопросами с первых дней начала работы в новой должности. 14 мая 1830 г. он прибыл в Эчмиадзин, не афишируя цель своего приезда, под видом некоторых распоряжений по области. На следующий день в его присутствии архимандрит Серафим представил патриарху Ефрему письмо к нему Паскевича и отношение статс-секретаря Блудова. Патриарх приказал немедленно перевести его на армянский язык. Это быстро сделал переводчик генерала Бебутова. Содержанием письма патриарх остался доволен.
16 мая патриарх провел заседание Эчмиадзинского синода в присутствии Бебутова, на котором зачитал отношение Блудова. Иерархи церкви встретили его одобрительно, поскольку им надоели излишние притязания Нерсеса и его жесткая позиция по отношению к ним, с целью все прибрать к своим рукам.
После этого встал вопрос о посвящении архимандрита Серафима в епископы. Члены синода предоставили право решения данного вопроса патриарху. Будучи на заседании синода с совещательным голосом, князь Бебутов объявил патриарху, что он, как глава армянского духовенства, по постановлению Эчмиадзинского монастыря имеет полную власть на выбор и посвящение в епископы людей достойных и что по этим вопросам он не обязан отчитываться ни перед кем.