Большое внимание уделялось храмовому строительству. 18 декабря 1832 г. окончилось строительство и была освящена церковь Покрова Божьей Матери в Эривани. Важное значение для григорианской церкви имело удовлетворение ходатайства начальника Армянской области князя Бебутова об открытии армяно-григорианского Синода. Наконец на основании высочайшего повеления 11 марта 1836 г. было утверждено положение об управлении Армяно-григорианской церковью. На его основании 22 февраля 1837 г. в Эчмиадзинском монастыре в торжественной обстановке, при огромном стечении верующих с участием начальника области Бебутова был открыт армяно-григорианский Синод.
Наконец-то в Армянской церкви были созданы условия для установления порядка. Когда все закончилось, начальник области князь Бебутов облегченно вздохнул. Одной головной болью стало меньше. Теперь, казалось, можно было спокойно заниматься делами области.
Но не тут-то было. Много хлопот ему доставила реализация указания императора Николая I о том, что дети грузинских царевичей должны направляться в Петербург для получения «приличного происхождению» воспитания за счет государства. В марте 1833 г. Бебутов получил предписание командующего корпусом барона Розена объявить матери царевича Ираклия, сына царевича Александра, и деду его мелику поручику Сааку Агамолову, что он должен выехать в Петербург для получения образования. Начальник области должен был обеспечить его всем необходимым и отправить в Тифлис с надежным чиновником. При желании мать могла сопровождать сына не только в Тифлис, но и в Петербург, а все издержки брались на счет казны. 10 марта Бебутов лично объявил матери Ираклия и его деду волю императора. При этом он добавил, что это должно быть сделано непременно с открытием весной горных дорог для следования в Тифлис. Однако жена царевича Александра категорически отказалась отпустить в дальний путь восьмилетнего сына, привязанного к ней до такой степени, что он без нее существовать не может. Генерал Бебутов долго уговаривал мать согласиться, убеждая ее в том, что учеба сына в столице открывает перед ним широкие жизненные перспективы и возможности для карьерного роста. Получив хорошее образование, он может через несколько лет возвратиться на родину и стать военным или гражданским чиновником. В.И. Бебутов при этом сослался на себя, рассказав о том, как он учился в Петербурге, какие он там знания получил и как это помогло ему в жизни. Но мать и слышать не хотела об отъезде сына. Ей было предложено ехать вместе с сыном. В конце концов она объявила, что ответ даст письменно.
Получив об этом информацию от Бебутова, барон Розен удивился такой реакции матери царевича и позиции деда поручика Саака Агамолова, с которым он имел предварительную встречу; тот уверял его, что все будет в порядке. Розена удивляла позиция матери, ее непонимание того, что, находясь в Армянской области, ее сын не получит образование, столь необходимое его происхождению, и из-за отсутствия таких возможностей может остаться невежественным. Розен заподозрил, что Саак Агамолов поддерживает дочь в ее стремлении не отправлять сына в Петербург. Он потребовал от Бебутова следить за тем, чтобы царевна не бежала, а Ираклия не украли, и добиться того, чтобы вопрос был разрешен положительно.
Большое внимание к Ираклию приобрело международный характер. Значительный интерес к нему проявляла Персия. Свидетельством тому были ходатайства правителя Адербейджана перед правительством России о разрешении супруге царевича Александра выехать с сыном в Персию. На это Розен секретно уведомил эмир-низама о невозможности переехать в Персию без пособия, в связи с ее бедностью. Кроме того, Бебутов получил известия, что царевич Александр после поступившего ему сообщения о том, что сын будет отправлен в Петербург, в отчаянии от такой разлуки решил прибыть в Тавриз с намерением просить тамошнее правительство ходатайствовать перед Россией о возвращении ему сына. В случае отказа он готов отправиться туда, где будет находиться его сын. Генерал Бебутов давал по этому поводу нерешительные отзывы персидскому правительству, стремясь скрыть истину, что долго продолжаться не может. Поэтому он испрашивал мнения по этому поводу у Розена.