Генерал Паскевич поручил Бебутову согласованно с Серафимом употребить все свое благоразумие и осторожность, какие он всегда проявлял, с тем чтобы наилучшим образом выполнить волю императора. Начало заседания духовенства было намечено на 15 марта. Начальнику области Бебутову было поручено находиться при его открытии «для сохранения порядка и успешного окончания дела». Так что время на подготовку к заседанию еще было.
15—16 марта 1831 г. состоялось собрание армянского духовенства с участием начальника области В. Бебутова, на котором кандидатами в патриархи были избраны архиепископы Мартирос и Тифлисский Иоаннес.
Вскоре Кавказ покинул фельдмаршал И.Ф. Паскевич, который был направлен в Польшу, вместо умершего от холеры фельдмаршала Дибича, командовать войсками, занимавшимися подавлением польского восстания. Вместо него управляющим в Грузии и командующим Отдельным Кавказским корпусом был назначен генерал барон Г.В. Розен. Это для Бебутова создавало определенные трудности, так как нужно было вновь устанавливать отношения с человеком, который не знал многих проблем Закавказья, населенного многочисленными народностями, его особенностей.
На основе Гюлистанского мирного договора с Персией, та не препятствовала переселению в Россию армян. В это время в Эриванскую область переселилось 8 тысяч армянских семей из Персии, которых нужно было принять, обустроить, помочь им закрепиться на новом месте.
Согласно воле императора, миропомазание Эчмиадзинского патриарха Иоаннеса состоялось 7 ноября 1831 г. в пятом часу пополудни. На нем, согласно предписанию управляющего на Кавказе барона Розена, присутствовали первенствующие лица Армянской области во главе с князем Бебутовым, как главным военным и гражданским начальником края, где находился монастырь, а также архиепископ Серафим, действительный статский советник Влангали и князь Палавандов, многочисленные гости не только из Закавказья, но и из-за рубежа.
В присутствии князя Бебутова и прочих чиновников области, всего духовенства, патриарх Иоаннес принял в Эчмиадзинской церкви предварительную присягу. На следующий день 8-го числа, в 10-м часу вечера, состоялось помазание Иоаннеса в сан патриарха. В нем приняли участие начальник области князь Бебутов, духовенство Эчмиадзинского монастыря и из других мест, чиновники, многие почетные армяне, прибывшие для участия в церемонии из области и других провинций. Посвящение проходило на основании древних обычаев, великолепным церемониалом по прочтении высочайшей грамоты на российском и армянском языках. Во время Божественной литургии было совершено над ним помазание по древнейшим обрядам Армянской церкви.
Чтобы придать больше блеска торжественному обряду, по приказу генерала Бебутова находившийся в наряде батальон Тифлисского пехотного полка произвел стрельбу стрелковым оружием, а дивизион 3-й легкой роты Кавказской гренадерской артиллерийской бригады, участвовавший в параде, сделал 101 орудийный выстрел.
После совершения священного обряда и окончания литургии новопомазанный патриарх возвратился в свои покои.
Там старый патриарх Ефрем, который из-за болезненного состояния и физической слабости не мог присутствовать при помазании, выйдя из своей комнаты и посылая теплые молитвы к Всевышнему о сохранении здоровья и долголетия императору со всею фамилией, возложил на Иоаннеса знаки патриарха, присвоенные этому сану по обычаям Армянской церкви, носимые им прежде панагии, архиепископские кресты, перстни на руки. После этого началось поздравление присутствовавших на церемонии.
От имени правительства были даны обед и ужин, в присутствии около 300 человек военных и гражданских чиновников, почетнейших жителей местных и других регионов армян, представителей других народов, всего эчмиадзинского духовенства. В зале, где ужинали гости, был устроен красочный транспарант, представлявший регалии эчмиадзинских патриархов с вензелями Ефрема и Иоаннеса, осененные двуглавым орлом вензелевым именем императора. Присутствующими провозглашались тосты за здоровье императора. Вечером монастырь был иллюминирован и зажжен фейерверк с вензелем императора.
В донесениях В.И. Бебутова генералу Розену о торжествах указывалось на то, что все сословия армянской нации, собравшиеся там по этому случаю из разных стран, чрезвычайно радовались произошедшему событию, считая его счастливым предзнаменованием. Они считали, что всеми справедливо уважаемый достопочтенный католикос армян Ефрем сам был посвящен и помазан тоже 8 ноября, но только на 21 год раньше.
Придавая важное значение роли церкви в жизни населения области, ее возможностям в оказании помощи властям в управлении, В.И. Бебутов продолжал большое внимание уделять делам церковным. Это было особенно важно в условиях, когда григорианская церковь освободилась от преследования персидских властей и обрела самостоятельность. Как известно, на территории области в Эчмиадзине располагалась резиденция католикоса всех армян. Начальник области часто встречался с католикосом, обсуждал с ним острые вопросы жизни населения, советовался с ним.