В итоге через три года большая часть бразильской береговой линии стала португальцам хорошо знакома, но внутренняя территория оставалась полнейшей загадкой. Из всех природных богатств добывалась и вывозилась лишь ценная древесина — фернамбуковое дерево, или красный сандал, которая также использовалась для получения темно-красного красителя для тканей. По-португальски дерево называется пау-бразил. От него и произошло название самой большой страны Латинской Америки, которую поначалу окрестили Новой Лузитанией.
Лишь в самом конце правления Мануэл I вспомнил о Бразилии и повелел предпринять шаги по ее освоению. В частности, по примеру жаркой Мадейры там начали выращивать сахарный тростник.
Настоящая колонизация началась при Жоау III Благочестивом. В 1530 году король назначил управляющим Мартина Афонсу де Соузу и облек его широкими полномочиями. Новый наместник получил полную власть не только на известных землях, но и на тех, которые при нем могли быть открыты. Он имел право учреждать систему правосудия так, как считал нужным. В его ведении находилось распределение земли среди тех, кто хотел переехать жить в Бразилию.
Чтобы заселить новую территорию, Жоау III приказал нарезать береговую линию на капитании. Участки уходили в глубину континента. Насколько глубоко — никто не представлял, но именно в этом и заключался смысл. Владельцам капитаний, получавшим их в дар, вменялось в обязанность освоение полученной безбрежной территории. Они становились губернаторами с неограниченными полномочиями.
Каждая капитания, по сути, была отдельным государством. Притом немаленьким, если сравнивать с европейскими странами. Их владельцы, как феодалы в период государственной раздробленности, по своему разумению жаловали владения, организовывали административную и судебную системы. За оборону они тоже отвечали сполна и должны были защищать вверенную территорию самостоятельно.
Благодаря такой децентрализованной системе, колонизация Бразилии пошла весьма споро. Главы капитаний основали множество поселений, создали крупные сельскохозяйственные производства, обнаружили ценные полезные ископаемые и занялись их добычей.
Король в бурное течение молодой бразильской жизни не вмешивался, но об интересах короны не забывал. Он оставил за собой монополию на пау-бразил и забирал пятую часть металлов и драгоценных камней.
Постепенно колонизация продвигалась с побережья вглубь континента. Первых колонистов приглашали управляющие капитаний. Поселенцы в основном занимались сельским хозяйством. Вместе с ними в Бразилию прибыли орудия труда, которых индейцы не знали: плуги, мотыги, топоры, серпы. Появились и домашние животные, привычные в Европе, но незнакомые в Южной Америке.
Новые жители возделывали привезенные с собой рис, пшеницу, виноград, освоили и местные культуры, прежде всего маниок — растение с похожим на картофелину корнеплодом, богатым крахмалом. Самым выгодным и распространенным занятием стало выращивание сахарного тростника, привезенного с Мадейры и Сан-Томе.
Независимость капитаний друг от друга имела не только положительные стороны. Зачастую управляющим не хватало собственных средств и сил на подавление восстаний индейцев и на оборону от голландских и французских пиратов, которые с каждым годом становились все наглее и назойливее.
Со временем стало ясно, что система, созданная для первоначального освоения новой территории, перестала отвечать усложнившимся задачам и ее следует если не поменять, то хотя бы усовершенствовать. Жоау III учредил пост главного наместника, обладающего верховной властью над всеми главами капитаний. Его назначал лично король сроком на три года.
Первым главным наместником стал Томе де Соуза. Он прибыл в Бразилию в 1549 году и основал ее столицу — Салвадор-да-Баия. С наместником приплыла тысяча португальцев, в том числе 600 солдат, несколько иезуитов, врач и аптекарь.
При Соузе ускорилась колонизация внутренних районов. Он начал бороться с корсарами, изгнал из бухты Гуанабара колонию французских протестантов, отметив красоту и удобство этого места.
Вскоре там появился Рио-де-Жанейро. Крупнейший бразильский город основал в 1565 году наместник Мень де Са. Правда, изначально будущая столица называлась по-другому — Сау-Себаштьяу.
Мень де Са правил 14 лет и оставил о себе долгую память. Он заселил обширные земли и окончательно выгнал французов, которые пытались закрепиться на побережье, установив дружеские отношения с индейцами. Португальский наместник объявил индейцам войну и выиграл ее, нанеся им поражение на поле боя и начав процесс их обращения в католичество с помощью иезуитских миссионеров.
Португалии пришлось защищать колонии не только от французских посягательств. Несмотря на Тордесильясский договор, поделивший мир на две сферы влияния, Испания попыталась предъявить права на Молуккские острова. Она считала, что эти земли, открытые португальцами, находились в ее «полушарии».