В это время Путину пришлось еще и возиться со скандалом вокруг корреспондента радио «Свобода» Андрея Бабицкого. Он занимал откровенно антироссийскую позицию (как и сама «Свобода» — фактически филиал ЦРУ). Давно водил дружбу с полевыми командирами Ичкерии. Без всякой официальной аккредитации при штабе контртеррористической операции Бабицкий очутился с бандитами в Грозном, передавал оттуда на весь мир гадости о наших войсках и славил «борцов за свободу». Но когда припекло, решил выбраться из города. Его задержала чеченская милиция Руслана Гантимирова, действовавшая вместе с русскими, передала нашим органам МВД. Потом его след вдруг потерялся. Вроде бы, задержанный сам вызвался, чтобы его обменяли на наших пленных солдат, и такой обмен состоялся. Однако Масхадов стал утверждать, что ничего об этом не знает, и в чеченских отрядах Бабицкого нет (хотя у Масхадова была связь уже не со всеми отрядами).
Но похоже, что и Путин не знал, что же делать с таким типом. Дозволять и дальше безобразия журналистской «пятой колонны» он не желал. В интервью журналистам Геворкяну и Колесникову 10 марта 2000 г. Владимир Владимирович открытым текстом назвал Бабицкого предателем. «Он работал на противника, напрямую… он работал на бандитов». «То, что делал Бабицкий, — это гораздо опаснее, чем стрельба из автоматов». Но в защиту Бабицкого подняли вой либералы, «мировая общественность». Его судьбой персонально озаботилась госсекретарь США Мадлен Олбрайт, посетившая Москву. Кончилось тем, что боевики отряда Дениева (вскоре Дениев перешел на сторону Кадырова), державшие Бабицкого в подвале, вывезли его в Махачкалу, дали фальшивый паспорт для перехода границы в Азербайджан и выпустили. Но его при проверке документов задержала милиция. Потом судили за использование фальшивых документов, приговорили к штрафу и тотчас амнистировали.