Линкольн отправился из Спрингфилда в Вашингтон на инаугурацию в специальном вагоне железнодорожного состава заранее, с тем чтобы сориентироваться в столице и подготовить свою речь, которая в условиях начала 1861 г. должна была принципиально определить главное направление развития страны. О его поездке было объявлено, происходила она открыто. Линкольн останавливался в крупных городах, встречался с жителями. Сведения о предстоявшем появлении Линкольна в Вашингтоне распространились по всей стране. Врагам президента удалось без особого труда разузнать подробности путешествия. В Балтиморе, всего лишь в паре часов езды от Вашингтона, на жизнь Линкольна было подготовлено покушение. Действия террористов были предотвращены, а сами они были схвачены благодаря умелому поведению нанятого Линкольном для своей охраны руководителя сыскного агентства Алана Пинкертона.
Линкольн проявил способность распознавать лиц и учреждения, которым можно было доверять. Он договорился об охране в условиях, когда столица США оказалась почти в центре бунта рабовладельцев, с агентством Пинкертона, основанным в 1850 г. Это агентство ввело в практику расследований подробное описание преступников, расклейку портретов подозреваемых, вознаграждения за помощь. Напомним, что именно фамилией Пинкертона была названа серия романов детективно-приключенческого жанра, пользовавшихся популярностью в начале XX в., автор (или авторы) которых так и остались неизвестными. Правда, имя героя было заменено на Нат, чтобы анонимного автора или издателей не обвинили в клевете или каком-то другом преступлении.
У Линкольна были все основания беспокоиться за свою жизнь. Его секретарь вспоминал: «Почта президента была просто заражена грубыми и дерзкими угрозами». Предполагая, что именно в Балтиморе, на последней станции перед Вашингтоном, может быть совершено нападение, Пинкертон со своими агентами прибыл в город в начале февраля. Его агентам удалось внедриться в преступные группировки и получить сведения о предполагаемых планах злоумышленников. Они были схвачены.
В инаугурационном выступлении 4 марта Линкольн обращался прежде всего к мятежным южным штатам. Он убеждал их, что Союз должен оставаться нерушимым, что отделение незаконно, что он, президент, ни в коем случае не будет первым атакующим, но использование оружия против единства страны будет им в соответствии с законом рассматриваться как бунт и встречено силой. Он в то же время стремился внести в раскаленную атмосферу хотя бы минимальное успокоение. «У меня нет намерения прямо или косвенно вмешиваться в институт рабства в тех штатах, в которых оно существует», — говорил он. Все эти примирительные слова были тщетными. Взбунтовавшаяся Конфедерация не желала вести переговоры. Гражданская война — самая страшная из всех возможных войн, война внутри одной нации — оказалась на непосредственной повестке дня. Теперь достаточно было любого повода, чтобы вспыхнули военные действия. Такой повод нашелся, когда комендант Форт-Самтер, непосредственно примыкавшего к городу Чарльстону в Южной Каролине, обратился к своему командованию с просьбой о присылке дополнительных сил в связи с тем, что власти штата (который они теперь не считали штатом объединенного государства) отказались его снабжать. Понимая, что выполнение запроса может вызвать необратимые последствия, армейское командование обратилось к президенту. Линкольн распорядился немедленно направить в Самтер подкрепления живой силой, техникой и снабдить форт новой амуницией и пищевыми припасами. Оценив это как начало военных действий, власти Конфедерации отдали приказ о захвате форта. 12 апреля 1861 г. на форт было совершено нападение крупными силами. После недолгого боя его защитники сдались. Так в США началась Гражданская война.
Хотя в северных штатах продолжались призывы решить противоречия на основе переговоров даже после захвата форта, Линкольн теперь проявил твердость. 15 апреля он обратился к штатам, верным Союзу, с призывом укрепить федеральную армию, доведя ее до 150 тыс. человек, направить войска на освобождение Самтера, укрепить оборону столицы, которая оказалась между Мэрилендом, власти которого колебались, но в массе белого населения преобладало враждебное отношение к Линкольну, и Вирджинией, которая стояла накануне присоединения к Конфедерации. Линкольн призывал сохранить Союз, который, как он провозглашал, продолжал существовать, несмотря на предательские действия раскольников.
К середине мая от США откололись 11 штатов, которые объявили своей столицей главный город Вирджинии Ричмонд. В составе США остались 23 штата, включая четыре рабовладельческих, власти которых после острой внутренней борьбы сочли целесообразным не порывать с федерацией. Помимо этого произошел внутренний конфликт в Вирджинии. Ряд ее западных графств отказались войти в Конфедерацию и провозгласили создание нового штата Западная Вирджиния, который позже был принят в США.