Кеннеди утвердил план операции, предусматривавший восьмидневную подготовку и высадку на девятый день на Кубе 90 тыс. морских пехотинцев. 24 октября в ответ на действия США правительство СССР заявило, что установление морской блокады Кубы, к которой двигались новые советские корабли, представляет собой акт беспримерной агрессии. Обстановка все более накалялась, но одновременно действовали тайные посредники как с советской, так и с американской стороны, которые пытались найти возможности компромисса. 26 октября поступило сообщение, внушавшее оптимизм: советские корабли остановились в открытом море, вплотную подойдя к линии объявленной блокады. Но в целом ситуация оставалась неопределенной. Она вновь обострилась, когда 27 октября над Кубой был сбит американский разведывательный самолет и летчик погиб. Реакция Белого дома была молниеносной — завтра же нанести удар по Кубе. Кеннеди подготовил тезисы обращения к американскому народу (рассекречены в 2012 г.), в которых говорилось, что он как Верховный главнокомандующий «отдал приказ вооруженным силам атаковать и уничтожить строящиеся ядерные сооружения на Кубе». И в Вашингтоне, и в Москве чувствовали, что вот-вот может начаться ядерная война. Были использованы не просто неофициальные, а секретные контакты. От имени советского руководства резидент военной разведки в Вашингтоне Георгий Большаков, фактически расшифровавшись, сообщил Роберту Кеннеди, что СССР готов на компромисс. Вечером 27 октября в Москву была отправлена телеграмма президента, намечавшая условия компромисса: «1) Вы соглашаетесь устранить эти вооружения с Кубы под соответствующим контролем Объединенных Наций и воздерживаться, при соответствующем контроле, от поставок таких видов вооружения на Кубу. 2) Мы, со своей стороны, соглашаемся… подтвердить и продолжить осуществление следующих обязательств: а) быстро устранить введенные в настоящее время меры карантина и б) дать заверения об отказе от вторжения на Кубу». 28 октября поступил ответ Хрущева о принятии американских предложений. Обмен посланиями завершил Кубинский кризис и открыл возможность для американо-советских переговоров. Вскоре из Турции по настоянию СССР были вывезены американские ракеты. 5 августа 1963 г. в Москве был подписан договор о прекращении испытаний ядерного оружия на земле, под водой и в космическом пространстве. Во взаимоотношениях постепенно утверждались принципы мирного сосуществования и соревнования стран с противоположными социально-экономическими системами.
При том огромном внимании, которое Кеннеди приходилось уделять международным делам, он вновь и вновь обращался к тому, что будоражило умы и сердца соотечественников.
Годы его президентства явились важнейшим рубежом в борьбе черного населения США (его все чаще называли афроамериканцами) за гражданские права. Джон проявил себя как решительный, хотя и осмотрительный борец за равноправие. Издавая исполнительные распоряжения по конкретным вопросам, Кеннеди выжидал удобного времени для принятия и проведения в жизнь нового законодательства о гражданских правах. Между тем негритянские организации и прежде всего Конференция христианского руководства на юге во главе с М. Л. Кингом требовали законодательных действий. Использовав победу в частном случае — попытку не допустить зачисления в университет штата Алабама двоих чернокожих студентов, Кеннеди 11 июня 1963 г. выступил с эмоциональной речью по телевидению. Президент говорил: «Если американец не может пообедать в общественном ресторане потому, что у него черная кожа, если он не может послать своих детей в наилучшую доступную ему общественную школу, если он не может голосовать за представляющих его интересы выборных лиц, короче говоря, если он не может пользоваться полными и свободными жизненными правами, к которым все мы стремимся, тогда кто из нас может быть уверен, что при другом цвете кожи он занимал бы то же место в обществе?» Кеннеди объявил, что намерен в ближайшее время внести проект нового закона, включающего право всех американцев на пользование всеми существующими общественными учреждениями. Это было сделано 19 июня. Подтверждая то, что уже было достигнуто в области гражданского равноправия, законопроект вторгался в область, которая еще не была охвачена, — места общественного пользования. Категорически запрещалась сегрегация в театрах, кинотеатрах, барах, кафетериях и ресторанах, гостиницах и мотелях.