Первым и главным для владыки оставалось архипастырское служение. Много внимания им уделялось налаживанию в епархиях уставного богослужения и проповедничества. Владыка Антоний решительно защищал священнослужителей от притеснений и поборов со стороны властей, заботился о материальном положении клириков, но также призывал духовенство к ревностному служению, к любви к своей пастве. В то же время он не мог не видеть падения авторитета Церкви и ее основы – приходских священников. «Бывали, правда, поразительные примеры святых людей, – вспоминал о том же времени митрополит Вениамин (Федченков). – Но большею частью мы становились “требоисполнителями”, а не горящими светильниками. Не помню, чтобы от нас загорелись души… дух в духовенстве начал угасать» (31, с. 112).
В Волынской епархии по инициативе владыки Антония в 1904 году началось восстановление древнего Овручского во имя святого Василия Великого монастыря, ив 1911 году в присутствии императора Николая II был освящен монастырский храм. Особое внимание владыка уделял Почаевской Лавре, в которой (также по его инициативе) к 1912 году был воздвигнут новый Троицкий храм. Среди тысяч паломников в монастыре широко расходились «Почаевские листки» с проповедью учения Христа, но также – с антисемитским содержанием, ругательствами в адрес либералов и масонов. По мнению С. Л. Фирсова, владыка Антоний «скорее попустительствовал исходившей из Почаевской Лавры… погромной агитации, чем направлял ее… Крайне правый настрой клириков Волынской епархии был связан не только и не столько с симпатиями архиепископа Антония, сколько с традициями польского антисемитизма, чего не стоит забывать» (190, с. 297). Показательно, что в яро монархическом петербургском кружке генеральши А. В. Богданович одобряли деятельность иеромонаха Илиодора (Труфанова) в Почаевской Лавре как антиреволюционного проповедника и осуждали его перемещение оттуда в 1907 году в Царицын: «…волынский Антоний его предал, выслал его из Почаевской Лавры» (24, с. 423).
Ревностный молитвенник, владыка в 1905 году обратил внимание Святейшего Синода на отсутствие в Минеях служб нескольким святым, которым положен полиелей, и Синодом ему было поручено редактирование дополнительной Минеи. Его усилиями был издан сборник молитв, ему же Синод поручал редактирование богослужебного последования прежде формального разрешения.
В эти годы он не оставляет своей давней мысли о возвращении Русской Церкви к каноническому – патриаршему управлению, что порождает открытый конфликт со всесильным обер-прокурором Святейшего Синода К. П. Победоносцевым. Они были и внешне и внутренне очень разные люди, по-разному смотрели на место Церкви в жизни России и на перспективы церковной жизни. Стоит лишь напомнить об опасливо-недоверчивом отношении обер-прокурора к инокам. «Ох уж эти монахи! Погубят они Церковь!» – говорил он, по словам протопресвитера Георгия Шавельского, и к ученому монашеству относился «в лучшем случае с недоверием, в худшем – с пренебрежением и даже с презрением» (203, т. 2, с. 162). Один – активный деятель, готовый к немедленным преобразованиям в церковной жизни (так, как он их понимал), другой – консервативный охранитель, сознававший назревшие угрозы для России и Церкви, видевшиеся ему неодолимыми. Но оба были сильными личностями и имели одни идеалы, одну веру, оба – хотя и по-своему – служили Иисусу Христу и Церкви Его. Обоих сближали стремление к жесткому централизованному управлению Церковью и общий «дух национального Православия», возникший во второй половине XIX века и чуждый, например, митрополиту Московскому Филарету (Дроздову).
После революционной смуты 1905 года, после вступления России на путь конституционного развития, а Русской Церкви – на путь внутреннего переустроения К. П. Победоносцев подал в отставку в атмосфере революционной эйфории и почти всеобщего осуждения. И как показательно, что одним из немногих, открыто сказавшим недавно всевластному обер-прокурору слово поддержки, оказался его оппонент, архиепископ Волынский, написавший в своем письме: «Промыслу Божию угодно было поставить меня в такие положения по отношению к людям, пользовавшимся Вашим доверием, что я часто навлекал на себя Ваше неудовольствие; кроме того, мои взгляды на Церковь, на монашество, на церковную школу и на патриаршество не могли встретить в Вас сочувствия и одобрения, однако при всем том я никогда не мог сказать по отношению к Вашей личности слов укорительных и враждебных – так непоколебимо было мое к Вам уважение. Я чтил в Вас христианина, чтил патриота, чтил ученого, чтил труженика. Я сознавал всегда, что просвещение народа в единении с Церковью, начатое в 1884 году исключительно благодаря Вам и Вами усиленно поддерживавшееся до последнего дня Вашей службы, есть дело великое, святое, вечное, тем более возвышающее Вашу заслугу Церкви, престолу и отечеству, что в этом деле Вы были нравственно почти одиноки» (102, кн. 1, с. 342).