В начале 1905 года Святейший Синод направил императору составленный владыкой Антонием доклад о созыве Поместного Собора и восстановлении патриаршества. В Кабинет министров владыка адресовал записку о «желательных преобразованиях» в Русской Церкви. Тем самым, наряду с митрополитом Санкт-Петербургским Антонием (Вадковским), С. Ю. Витте, Л. А. Тихомировым и группой петербургских священников, архиепископ Антоний открыл путь к переустройству церковной жизни в России.
Стоит заметить, что резко критически он оценивал не только церковную власть, но и власть светскую, царскую. Он знал многие случаи прямого вмешательства государя (а подчас и императрицы Александры Федоровны) в сугубо церковные дела, ярчайшим примером чего стала епископская хиротония малообразованного Варнавы (Накропина) по инициативе Григория Распутина. И владыка смирял себя, открывая свои истинные чувства и мысли лишь близким людям. Например, в письме к Б. В. Никольскому в ноябре 1905 года он писал: «Никакого Собора мы не дождемся, как не дождемся и Думы. Впрочем, дай Бог, чтобы я ошибался» (цит. по: 190, с. 191). Уже после обнародования Манифеста 17 октября 1905 года архиепископ Антоний писал тому же адресату о «постыдной присяге проституции, то есть конституции и эволюции», что неизбежно приведет к смуте, и пророчил, что в результате «на пожарищах города народ выберет царя из Романовых, если кто-либо из них останется жив, а если всех убьют мятежники, то добудут хоть из-за границы или из Эллады родича, им и вручат самодержавие» (цит. по: 190, с. 300).
О своих личных отношениях с государем Николаем Александровичем владыка Антоний писал так: «Мое знакомство с Государем Императором началось с того, что он, вопреки придворному этикету, пожелал сам повидать меня и поговорить по душе. Тут сказалась моя неопытность в обращении с Высочайшими особами, которая, впрочем, на сей раз послужила во благо. Я прямо “выбухивал” некоторые свои соображения во всеподданнической беседе нашей…» (цит. по: 102, кн. 2, с. 22). Заметим, что владыка Антоний был хорошо известен государю Николаю Александровичу, но не был близок к царской семье. Например, уже в эмиграции он, к удивлению генерала Н.А. Епанчина, признался, что впервые был представлен вдовствующей императрице Марии Федоровне лишь в 1920 году при посещении ее делегацией Рейнхальского съезда русских монархистов (51, с. 496).
В своей речи на заседании Предсоборного Присутствия 1 июня 1906 года владыка сильно и ярко сказал о необходимости восстановления патриаршества, прекращения «печального вдовства нашей Церкви»: «Вмещающая в своем сердце полноту Поместной Церкви, облагодатствованная личность почти непроизвольно отрешается от земного себялюбия и, нося в своем сердце Христово достояние, отражает на лице своем Божественную славу… И этой красоты Церкви мы были лишены в продолжении двухсот лет, сперва через насилие, а потом по недоразумению. Коллегия не может заменить Божия Пастыря, и без главы не бывает Церковь в очах Божиих… Но вот в ночи нашей засияла утренняя звезда надежды» (14, с. 135). В то же время сам он, похоже, органически не склонный к компромиссам, скептически оценивал перспективы работы нового органа. В письме митрополиту Киевскому Флавиану (Городецкому) он называет назначенных в присутствие профессоров атеистами, дураками и пьяницами, заключая: «Все они – либералы ли, консерваторы ли, – все кутейники. Это не комиссия соборная, а комиссия сословная» (цит. по: 190, с. 219).
Еще раз повторим, что идея восстановления патриаршества никогда не оставляла его. В декабре 1911 года по просьбе редакции нового журнала «Голос Церкви» он пишет об этом статью, в которой видится удивительное сочетание чистого идеализма, наивной веры в чудодейственное преображение всего строя церковной жизни путем возвращения Русской Церкви Патриарха и в то же время – печальное понимание глубины духовного кризиса, переживаемого русским обществом: «Восстановление патриаршества есть восстановление той свободы или “автономии” внутренней церковной жизни, которую признают за Церковью и новейшее законодательство, и общественное мнение. Свобода эта была отнята у Церкви двести лет тому назад Петербургским правительством, и последнее чрезвычайно ревниво и грозно отражало все попытки не только духовенства, но и общества возвратить Церкви ее законную свободу внутренней жизни и даже говорить об этой свободе…». Но «если бы такое радостное событие совершилось… по лицу родной страны раздавались бы священные песнопения, а не марсельезы, в Москве гудели бы колокола, а не пушечные выстрелы, черноморские суда, украшенные бархатом и цветами, привозили бы и отвозили преемников апостольских престолов