Двое суток Бонифаций находился в плену. Потом граждане Ананьи взбунтовались и освободили главу церкви, но испытанное унижение подкосило престарелого понтифика. Больным он вернулся в Рим, где через месяц скончался. Правда, среди современных историков версия полученной пощечины считается вымышленной. В данном случае, видимо, следует говорить о «моральной пощечине», каковой считают испытанный позор и перенесенный страх. Оскорбление будто бы вызвало у понтифика нервный срыв, вызвавший болезнь, приведшую Бонифация VIII к смерти.
Один из преемников Бонифация Климент V (1305–1314 гг.) никогда не был в Риме. Воспользовавшись приглашением короля Филиппа, он перенес папскую столицу в Авиньон. Так началось семидесятилетнее Авиньонское (или, как говорит церковь, «Вавилонское») пленение пап. Этот период характеризуется глубоким упадком Рима, так как опорой экономики города было обслуживание папского двора и паломников. Между тем соперничество Орсини и Колонна продолжалось. В 1312 г. в Риме побывал император Генрих VII Люксембургский, проложивший себе с помощью оружия путь в собор Святого Петра.
Эти события вынудили папу Иоанна XXII (1316–1334 гг.) назначить в Рим своим викарием неаполитанского короля Роберта Анжуйского, управлявшего городом на расстоянии, через доверенных чиновников. В 1328 г. в Рим для коронации прибыл император Людвиг Баварский. Корону на его голову возложил тот самый Шара Колонна, который оскорбил Бонифация в Ананьи. Папа был против коронации, а когда церемония все-таки совершилась, несмотря на высочайший запрет, Иоанн наложил на Рим интердикт, а самого Людвига отлучил от церкви. От начавшихся беспорядков Людвиг вынужден был укрыться за стенами Ватикана, но не в этом дело. В защиту Людвига выступили виднейшие европейские ученые.
Один из них, Марсилий Падуанский, выдвинул идею народовластия как источника государственного порядка. В Падуе съезд партии гибеллинов объявил папу еретиком. В Германии в 1338 г. высшие государственные чины постановили считать империю независимой от папства. В 1343 г. английский король Эдуард отказал понтифику в праве вмешиваться в дела королевских подданных и запретил обнародование папских булл, нарушающих права короля и его подданных. Принимаемые папами меры (интердикты, суды инквизиции, проповеди крестовых походов) не оказывали воздействия.
Воспользовавшись отсутствием папы, в 1347 г. Кампидольо (Капитолий), местопребывание Сената, захватил в результате восстания горожан народный трибун Кола ди Риенцо, объявивший о необходимости возвращения Риму былой славы.