Тем временем в Риме, как и в других итальянских городах, происходит смена городской элиты: уходят старые, аристократические фамилии, их место занимают выходцы из среды финансистов и ремесленников. Наряду с этим набирают силу тенденции к введению более широкой автономии. Население организуется в районные сообщества с собственными праздниками, символами и милицией.
Этот процесс приводит римлян к идее возрождения Сената (1143 г.), противостоящего власти папы, церковных иерархов и аристократов. Реальной силы для этого противостояния у Сената не было. В 1145 г. в Риме появился Арнальдо да Брешиа, активный сторонник политически свободной коммуны. Его резкая антипапская позиция стоила Арнальдо отлучения от церкви, но он был так популярен, что церковные власти не решились преследовать подвижника.
Тем временем Арнальдо со своими многочисленными сторонниками («арнальдистами»), стремившимися к восстановлению имперского могущества Рима, обратились к Фридриху Барбароссе, призывая его захватить Рим и установить там светскую власть. В 1152 г. папа Евгений III признал коммуну, но он на следующий год умер.
После короткого понтификата Анастасия IV папой стал Адриан IV (1154–1159 гг.), единственный англичанин, занимавший папский престол. Уроженец туманного Альбиона наложил на Рим интердикт (то есть запретил отправление церковных служб и совершение таинств) якобы за неуважение к сенаторам и убийство в драке кардинала. Снять интердикт папа обещал только в том случае, если Арнальдо будет изгнан из города и убит. Арнальдо арестовали и передали в руки Барбароссы, прибывшего в Рим на церемонию коронации. Судил Арнальдо церковный трибунал. Его приговорили к смертной казни, труп сожгли, пепел же бросили в Тибр, чтобы никто не мог сохранить даже частичку от тела погибшего борца за гражданские права. Однако главным пунктом обвинительного приговора стало требование Арнальдо о полном отказе папы и церковных иерархов от мирской власти. Такое требование судьи посчитали «ересью». (В наши дни в римском парке Пинчо поставлен памятник мужественному Арнальдо.)
В 1167 г. римляне были разбиты при Монтепорцио Фридрихом Барбароссой, а в 1188 г. Сенат примирился с папой Климентом III (это, конечно, не союзник Генриха IV, которого официальная ватиканская история не учитывает в общем списке понтификов), признавшим за городом право на создание автономной коммуны. Тем временем социальный состав зажиточных горожан изменился; многие семьи перешли в разряд нобилей, что автоматически давало право на место в Сенате. Функционировало это учреждение все хуже, его пытались реформировать, и в конце концов коллегиальный орган свели к единственному сенатору, которого стал назначать римский понтифик.
В конце XII столетия папство торжествовало полностью. При Иннокентии III (1198–1216 гг.) практически вся Европа склонилась перед папским престолом. По собственным словам Иннокентия, «папа занимает середину между Богом и человеком». Римский понтифик управлял княжествами и королевствами через своих легатов, обладал правом законодательной инициативы на церковных соборах.
В 1201 г. император Оттон IV отказался от патронатства над Римом; так папы с самого начала XIII в. стали полными хозяевами города. В 1204 г. во время IV крестового похода рыцари Христа взяли и разграбили Константинополь, образовав на его развалинах Латинскую империю. После этого папа разослал письма сербским, боснийским, болгарским государям, русским князьям, приглашая их вступить в католичество. На соборе 1215 г. была принята новая система пропаганды веры в странах Восточной Европы: так называемая униатская.
Последней крупной победой Римской католической церкви называют столкновение папства с Гогенштауфенами. Император Фридрих II, выдающийся представитель этой династии, вступил в борьбу с римским престолом, оспаривая право понтификов на высший суд в мирских делах и критикуя излишнее увлечение церковников материальными делами.
В 1234 г. имперские войска захватили Рим и разграбили Латеранский дворец. Для императора это не прошло бесследно. Папы Григорий IX (1227–1241 гг.) и Иннокентий IV (1243–1254 гг.) восстановили против императора чуть не всю Западную Европу; в 1245 г. Фридрих был проклят на Лионском соборе, и ему пришлось смириться. Вместе с этим великим просвещенным монархом династия Гогенштауфенов угасла, а сменившие ее Габсбурги признали себя ленниками пап.
Как уже упоминалось, римский Сенат был низведен до единственного функционера. В 1252 г. на должность сенатора был назначен чужеземец Бранкалеоне дельи Андало. Он проводил политику, благоприятную для простонародья и противостоящую интересам нобилей. Например, он приказал снести в городе около 140 башен знати. Бранкалеоне также способствовал изданию законов, фиксировавших гражданские права. Из-за недовольства нобилей он вынужден был оставить свою должность, а вскоре после нового призвания в сенаторы (1258 г.) скончался.