Среди представителей хивинских властей произошел серьезный раскол по поводу того, какую политику следует проводить в отношении туркмен. Ислам-ходжа возглавлял группу, склонявшуюся к компромиссному урегулированию проблемы с туркменами. Ему противостояла группа под руководством военного министра Шейх Назар-бека, которая до этого впала в немилость, поскольку противилась реформистской политике Ислам-ходжи, но недавно по настоянию начальника Амударьинского отдела вернула себе благосклонность хана. Партия Назар-бека отстаивала использование силы для подавления мятежников. В конце концов партия Назар-бека возобладала, и Исфандияр приказал провести против туркмен карательную экспедицию под предводительством самого Назар-бека. Экспедиция столкнулась с упорным сопротивлением со стороны туркменских воинов численностью от 300 до 500 человек, которые заняли хорошо укрепленную оборонительную позицию между Тахтой и Ильяли и удерживали ее в течение 20 дней. Тем временем начальник Амударьинского отдела полковник Н.С. Лыкошин, несмотря на то, что не одобрял решение хана о нападении на туркмен, не стал вмешиваться и останавливать карательную экспедицию и по приказу из Ташкента направился в Хиву в сопровождении казачьего эскорта, чтобы снабдить войска хана боеприпасами. Очевидно находясь под впечатлением от этой демонстрации русской поддержки Исфандияра, Шамми-Кель и другие туркменские вожди решили заключить мир, хотя и не были побеждены. При содействии Лыкошина Ислам-ходжа 25 января 1913 года заключил в Кунья-Ургенче с туркменами мирное соглашение, по которому хан отказывался от новых налогов, но получал с туркмен 110 000 тилл (198 000 рублей). Чтобы выплатить эту сумму, туркменские вожди отправились в Хиву как добровольные заложники.
Восстание 1912–1913 годов имело для Хивы неприятные последствия. В 1913 году по приказу Исфандияра Ислам-ходжа был убит, вероятно, с подачи его врага Назар-бека. Ташкент, который поддерживал жесткую политику Хивы в отношении туркмен, был возмущен снисходительностью Исфандияра к побежденным бунтовщикам. 6 ноября 1913 года генерал-губернатор Самсонов через полковника Лыкошина передал хану, что было бы опасно отпускать заложников, но Исфандияр все равно сделал это, наверное, из страха перед новым восстанием, которое могло вспыхнуть, если бы он не поступил так. В результате Самсонов приказал начальнику Амударьинского отдела не вмешиваться напрямую в будущие споры между ханом и его туркменскими подданными, за исключением случаев нападения или непосредственной опасности для подданных России, столицы или самого хана.
Первая мировая война принесла Хиве новые проблемы. Когда в августе 1914 года генерал-губернатора Самсонова перевели командовать войсками на фронте, его место в Ташкенте занял генерал Ф.В. фон Мартсон, который в качестве генерал-губернатора управлял русским Туркестаном в течение следующих 22 месяцев. Мартсон, выступавший за аннексию Хивы, проводил странную политику. Он брал деньги у Исфандияра и в то же время поддерживал настроенных против него туркмен. За период в два с лишним года русские военные в Туркестане и Петрограде получили от Исфандияра более четверти миллиона рублей под видом взносов на военные нужды, давая ему понять, что эти деньги обеспечат ему благосклонность в высших кругах России, а более конкретно – оружие для его ополчения. Полковник Колосовский, преемник Лыкошина в Петро-Александровске, участвовал в этом сомнительном бизнесе и сам по себе, и как агент своего начальства. Около трех четвертей всех денег, полученных от хана, а именно 187 000 рублей, осело в карманах Колосовского. По меньшей мере 40 000 рублей ушло военному министру В.А. Сухомлинову. Другими получателями крупных сумм, помимо Мартсона, были губернатор Сырдарьинской области генерал-лейтенант А.С. Галкин и чиновник Военного министерства генерал Цейль. Чтобы выплачивать эти поборы, Исфандияр ввел новые налоги, которые отчасти стали причиной следующего туркменского восстания.
Туркменское восстание 1915 г