Вскоре джадиды столкнулись с той же проблемой, которая терзала Хиву десятилетиями и которая с 1912 года приобрела особенно острую форму, – с враждой между туркменами и узбеками. Все джадиды были узбеками и поначалу выступали против того, чтобы обеспечить туркменам какое-то отдельное представительство в меджлисе. Однако по настоянию Мира Бадалева в состав законодательной ассамблеи в конце концов были включены семь туркменских племенных вождей. Но эта уступка не успокоила туркмен-йомудов. Воспользовавшись беспомощностью Исфандияра и тем, что Россия была поглощена революцией у себя дома, лидеры восстания 1916 года Шамми-кель и Кош-мамед-хан, рассерженные на джадидов, которых не слишком волновали вопросы налогообложения и распределения воды, особенно близкие сердцам туркмен, к концу мая 1917 года снова повели йомудов грабить оседлое узбекское население ханства. С одобрения Мира Бадалева меджлис проголосовал, чтобы начать сбор контрибуции в 3 500 000 рублей, наложенной на восставших весной 1916 года русской карательной экспедицией, а также при необходимости провести насильственное разоружение туркмен. В начале июня меджлис обратился к России за помощью против туркмен. В Ташкент отправилась делегация джадидов во главе с Баба Ахуном, чтобы просить предоставить войска и боеприпасы.
Неспособность джадидов справиться с вечной туркменской проблемой в сочетании с нерешительностью Временного правительства, не желавшего втягиваться в дела Хивы, воодушевила консервативные силы ханства. Ведомые хакимами, которых раздражало вмешательство местных выборных комитетов, консерваторы убедили Исфандияра в отсутствии Баба Ахуна и его делегации совершить государственный переворот. Хан арестовал большую часть джадидских лидеров, включая Матмурадова, объявил их партию вне закона и пополнил меджлис консерваторами. Мир Бадалев, по-видимому, сочувствовал перевороту, возможно считая, что жесткое поведение джадидов в отношении туркмен ведет ханство к катастрофе. Встревоженный неблагоприятным поворотом событий, которые препятствовали дальнейшему развитию представительной власти в Хиве, Туркестанский комитет в июне отправил комиссию из трех человек выяснить, что происходит. Встретившись с Исфандияром и с Миром Бадалевым, комиссия решила, что было бы неразумно пытаться отменить результаты переворота.
События июня 1917 года продемонстрировали неспособность местного реформаторского движения решать сложные задачи политической и социальной модернизации страны без сильной поддержки со стороны России. После провала джадидов ответственность за будущее ханства взял на себя Туркестанский комитет, и 25 июля было принято принципиальное решение воспользоваться заключенным Куропаткиным с Исфандияром в январе соглашением, которое предполагало учреждение поста военного комиссара для надзора за правительством хана и проведения необходимых реформ. В течение следующих шести недель Ташкент разработал проект положения о комиссариате и ряд фундаментальных законов. Хива должна была стать конституционной монархией по западному образцу, подразумевавшей верховенство закона и предоставление всех гражданских свобод, равенства граждан перед законом, всеобщее избирательное право, парламентскую систему и ответственность министров. Меджлис должен был полностью контролировать бюджет, включая содержание ханского двора и его личные расходы, и совместно с местными выборными Советами контролировать хакимов. В то же время Россию заверили в неизменности ее доминирующего положения во внутренних делах ханства, а русскому военному комиссару вменялось осуществление тщательного надзора за всеми ветвями хивинской власти. Ни воцарение нового хана, ни изменение фундаментальных законов не было возможно без одобрения России. Хан не мог распустить меджлис или назначить дату новых выборов без согласия русского комиссара, который, помимо этого, имел право потребовать от хана созыва меджлиса на чрезвычайную сессию. Спикер этого органа должен был ежедневно составлять отчеты для комиссара, а каждый хаким был подотчетен комиссару и меджлису в финансовых и военных вопросах. В случаях отзыва хивинского чиновника комиссар назначал председателя специального суда, чтобы заслушать обвинения, а также русских судей, которые должны были составить по меньшей мере половину от общего состава суда. Такие широкие полномочия, как и право при необходимости призвать русский гарнизон Хивы для наведения порядка, были предназначены, чтобы дать комиссару возможность эффективного надзора за проведением реформ в сферах управления, законодательства, налогообложения и общественных финансов, а также образования, общественного здоровья, орошения, транспорта и узбекско-туркменских отношений.