Кистяковский последовательно примыкал к тому течению, которое выдвигало на первый план договорную теорию государства и отрицало теорию разделения властей. В своем обобщающем труде по сравнительному конституционному праву (это лекции по общему и русскому государственному праву, читавшиеся в Московском коммерческом институте в 1908/09 академическом году) он обосновывал идею, что «парламентская система представляет прямую противоположность системе разделения властей»; «разделение властей практически неосуществимо», а попытки его реализации ведут к революциям и частым государственным переворотам.
Необходимо, следовательно, не разъединение властей, а напротив – их «объединение путем парламентской системы правительства». Потому Кистяковский предпочитал использовать другое понятие – «разделение функций власти». Причина столь жесткого неприятия формулы Монтескье заключается в предпочтении русскими либералами монистического парламентаризма перед разделенным правлением. Полновластие парламента (реализованное в Великобритании и во Франции периода Третьей республики) являлось для них высшим выражением демократизма, а возможные ограничения парламентаризма (например, в президентской системе США) – выступали как своеобразное отклонение от магистральной исторической тенденции. Кистяковский придерживался этой позиции. Он считал, что «ни одна идея не принесла Франции столько несчастий, как идея или теория разделения властей»; что модель жесткого разделения властей, представленная в США, фактически не работает на практике (поскольку законодательная и исполнительная власть действуют совместно в комиссиях конгресса); наконец, что в странах Латинской Америки все попытки реализовать разделение властей оканчивались революциями и государственными переворотами.
Отстаивание монистического парламентаризма – вполне в духе времени. При этом не учитывались те негативные следствия данной системы, которые стали очевидны позднее, в период кризиса парламентаризма в Европе межвоенного периода. Тем не менее эта концепция повлияла на позицию Кистяковского в отношении российских реформ: их продолжение связывалось исключительно с концепцией ответственного (перед Думой) министерства. Еще больше вопросов возникало при оценке отдельных национальных моделей конституционно-монархической государственности, поскольку чрезвычайно трудно было отделить правовой анализ от политического в условиях переходного периода. Эти дискуссии, в которых Богдан Александрович активно участвовал, стали актуальны для России с переходом к новым формам политического устройства.
Говоря о «переходе России к конституционному строю», Кистяковский подчеркивал противоречивость этого процесса. С одной стороны, он указывал на юридический отказ от абсолютизма как формы неограниченного правления монарха. С другой, отмечал дарованный характер новой российской конституции – Манифеста 17 октября и связанные с этим ограничения конституционной демократии: отсутствие реального разделения властей, сохранение указного права монарха, а также значительных конституционных и экстраконституционных прерогатив административной власти, особенно в условиях «исключительного положения». Эти наблюдения делали многие юристы того времени, но они приводили их к противоположным выводам. Для одних эти изменения политической и правовой системы выступали как вынужденная уступка власти обществу, которая не означает качественного изменения ситуации (так считали Ф.Ф. Кокошкин, П.Н. Милюков и др.); для других, напротив, обнародование нового законодательства стало доказательством ограничения самодержавия и начала перехода к правовому государству (так думал, например, В.М. Гессен). Кистяковский был ближе ко второй позиции, хотя формулировал ее более осторожно. В отличие от В.М. Гессена, утверждавшего, что Манифест непосредственно вводит конституционное начало в новое государственное право России, он полагал, что «по точному смыслу манифеста он не является конституцией и вообще не есть закон, а только обещание издать закон». В последующее время эта задача оказалась выполнена с принятием ряда основных государственных законов, что позволило Кистяковскому в конечном счете сделать вывод: «Конституционный государственный строй у нас установлен, и у нас существует конституция… Законодательством 1905–1906 г. у нас создана прочная основа для нашего дальнейшего конституционного развития. Установленные им гарантии и их неприкосновенность должны обеспечить нам возможность непрерывного развития без новых потрясений». С этих позиций он активно выступал как ученый, публицист и преподаватель государственного права.