По мнению депутата, волнения в войсках в Кронштадте, Москве, Киеве, Севастополе, Владивостоке, Красноярске, Харбине и других городах свидетельствуют не только о необходимости «укрепления дисциплины» (о чем не уставало твердить высшее военное руководство), но прежде всего – о необходимости «упорядочения правовых отношений»: «Дисциплина необходима, но она должна зиждиться на сознании долга перед народом, а не только на одном страхе. Если дисциплина поддерживается только страхом, если солдатам приказывают расстреливать родной народ, заставляют быть палачами его под угрозой быть расстрелянными самим, тогда дисциплина становится невыносимой. Я думаю, что этим обуславливается так называемая деморализация армии. Я думаю, что это не деморализация, а пробуждение сознания того, что солдаты – дети своей родины, что интересы народа дороги солдату, что права народа дороги солдату».
Следующее выступление Алексинского в I Думе связано с разгоревшейся полемикой вокруг депутатских запросов членам правительства. 8 июня 1906 года перед депутатами выступили главы министерств юстиции и внутренних дел И.Г. ГЦегловитов и П.А. Столыпин. Столыпин, в частности, заявил, что существующие законы надо, наверное, совершенствовать, но пока следует четко их применять. Он даже привел такую метафору: «Нельзя сказать часовому: у тебя старое кремневое ружье; употребляя его, ты можешь ранить себя и посторонних; брось ружье. На это честный часовой ответит: покуда я на посту, покуда мне не дали нового ружья, я буду стараться умело действовать старым».
Многие члены Думы восприняли объяснения Столыпина как попытку уйти от содержательного ответа на депутатские запросы. Взявший 9 июня слово Иван Алексинский вступил в прямую полемику с министром, по-своему интерпретировав столыпинскую метафору о «часовом и старом ружье»: «Господа министры вчера подтвердили, что, хотя у них и негодные ружья, но они будут стоять на своем посту, потому что поставлены здесь». Алексинский объявил «бессмысленной» дальнейшую переписку с министерствами, которые фактически проигнорировали уже более ста запросов депутатов. «Мы сюда пришли не для словесного турнира с господами министрами и не для поучения их, – заявил Алексинский. – Мы пришли сюда заявить волю народа, до сих пор еще не исполненную, мы пришли сюда для того, чтобы завоевать ту свободу, которой еще нет, и завоевать те права народа, которых еще нет». Депутат сообщил, что ему идут и идут письма («приговоры») из родного Александровского уезда, в которых крестьяне «клянутся поддерживать Думу, поддерживать представителей своих требований, каких бы жертв это ни стоило». Вся вина за гражданскую конфронтацию в России лежит на исполнительной власти, которая сама провоцирует массовые волнения. Единственный способ избежать новых опасностей – радикально обновить состав правительства, поставив его под контроль парламента: «Господа, в своем стремлении к мирному осуществлению реформ в России мы должны употребить все усилия на то, чтобы устранить с мирного пути реформ те препятствия, которые стоят на нем; и главное препятствие я вижу в том, что исполнительная власть, не пользующаяся доверием народа, остается у власти… Государственная дума должна воспользоваться своим правом, она должна обратиться к Монарху, которому, вероятно, неизвестно истинное положение страны… Я предлагаю объявить Верховной власти об истинном положении вещей, заявить от имени Государственной думы о необходимости для сохранения спокойствия России и предотвращения грядущих бедствий устранить теперешнее министерство, повторить, что только министерство, которое пользуется доверием Государственной думы, способно вселить народу уважение к правительству».