Приехавший в родное Опарино молодой герой-фронтовик Алексинский избирается в александровское уездное земство, работает земским гласным два срока, до 1906 года, когда произойдет взлет его политической биографии. Пока же он вкладывает много сил в дело местного народного образования: на его средства в Опарине построена земская школа (на фасаде здания сегодня висит мемориальная доска от имени фонда «Русское либеральное наследие») и продолжает врачебную карьеру в Москве – в качестве приват-доцента медицинского факультета Московского университета, заведующего отделением факультетской хирургической клиники, редактора журнала «Русское хирургическое обозрение».
После объявления императорского Манифеста 17 октября 1905 года и начала формирования в России политических партий Алексинский примыкает к конституционным демократам (Партии народной свободы). Весной 1906 года он избирается депутатом I Государственной думы от Владимирской губернии (вместе с ним от владимирских кадетов в Думу проходят известные общественные деятели М.Г. Комиссаров и К.К. Черносвитов). 35-летний депутат от Александровского уезда не затерялся среди корифеев Думы: трижды Алексинский поднимался на думскую трибуну, и все три раза это были серьезные принципиальные выступления, имевшие большой резонанс.
В первый раз И.П. Алексинский включился в дискуссию, связанную с подготовкой «ответного адреса» Думы на тронную речь императора. В своем выступлении 3 мая 1906 года Алексинский отметил, что ему непонятны «умолчание в ответном адресе по одному из важнейших вопросов государственной жизни» и «забвение о целом классе русского народа, живущем в особенных условиях, настоящее положение которого никоим образом не может быть признано нормальным». По мнению Алексинского, вопрос об армии и флоте – принципиальный для текущего момента. Он напомнил, что политический кризис и революция, давшие России Конституцию и Думу, стали прямым следствием краха военно-бюрократического режима, позорно проигравшего Русско-японскую войну. «Порт-Артур, Ляолян, Мукден, Цусима – все это преступления военной бюрократии», – заявил с думской трибуны Алексинский. А потому, отметил он, «мы не можем оставить без особого внимания то ведомство, в котором как раньше, так и в настоящее время царит в полной силе ненавистный бюрократический режим, то ведомство, где под покровом этого режима и военной дисциплины произвол и насилие узаконены, где содеяно много преступлений против народа».
«В чем же гарантия того, что в будущем в военном и военно-морском ведомстве будут изменения к лучшему, что народные деньги будут расходоваться действительно на то, на что они ассигнованы?» – поставил вопрос Алексинский. По мнению оратора, единственная гарантия реформирования армии и флота – их перевод под контроль народного представительства. «Народ, дающий трудовые деньги на содержание армии, должен знать, на что и как расходуются эти деньги; народ, посылающий в ряды армии своих сыновей, имеет право заботиться об их дальнейшей судьбе… Опыт последней войны показал с очевидностью, как мало ценила военная бюрократия жизнь офицеров и солдат, как на суше, так и на море; в жертву преступной неподготовленности к войне было принесено множество молодых жизней».
Позорный проигрыш войны – прямое следствие преступного отношения к армии, ее использования во внутриполитических целях: «Мы видели разгром русской армии на Дальнем Востоке, и в то же время мы видели здесь, как военная бюрократия посылала солдат – сынов народа – расстреливать народ, шедший к своему Царю; такие расстрелы шли во многих городах, во многих концах России. Господа депутаты, для возрождения нашей армии, для восстановления ее связи с народом она должна находиться в ведении народа».
Депутат-фронтовик Иван Алексинский предложил существенно дополнить «ответный адрес» монарху указанием на необходимость немедленной реорганизации военно-морских ведомств и их подконтрольности Государственной думе: «Для поселения в армии истинных представлений о правах народа, о долге солдата-гражданина перед отечеством, для внесения в армию общего и специального образования необходимо военное и морское министерства подчинить народному контролю».