В полемическом ключе выдержано и третье и, как оказалось, последнее выступление Алексинского в I Думе 19 июня 1906 года. Поводом к этому выступлению явилась речь главного военного прокурора, генерал-лейтенанта В.П. Павлова, которого Дума считала одним из основных виновников незаконных репрессий и которого парламентарии (точнее, их кадетско-трудовическое большинство) фактически согнали с трибуны, устроив ему обструкцию. Некоторые влиятельные депутаты, представлявшие умеренно-либеральную партию «Союз 17 октября» (граф П.А. Гейден, князь Н.С. Волконский), попытались погасить пыл своих более молодых и радикальных коллег-депутатов, призвать думцев к корректности в отношении представителей императора, мотивируя это опасностью нового обострения напряженности в стране. Алексинский резко возразил «октябристам», заявив, что конфронтацию провоцируют как раз утратившие остатки общественного доверия министры: «Мы слышали сейчас замечания, что тем, что мы не даем говорить Павлову и подобным, что тем, что мы их „топим“, мы этим угрожаем призраками кровопролития в стране. Эти слова несправедливы; напротив, все наши усилия направлены для проведения реформ мирным путем; мы должны приложить все усилия к тому, чтобы устранить эти препятствия, устранить этих безумных, слепых людей, которые цепляются за власть и которые не могут привести в исполнение то, что требует воля народа. Нет, господа, я говорю, наш долг, главный наш долг – не удерживать их и именно настоять на том, чтобы они ушли с тех мест, которые занимают не по праву и против воли народа».
После роспуска I Думы и принятия в Выборге антиправительственного воззвания Алексинский был привлечен к дознанию в качестве обвиняемого по ст. 129 Уголовного уложения и был отдан под особый надзор полиции. Со своей стороны, не удовлетворенный политикой конституционных демократов, Алексинский отказался сотрудничать с кадетами на выборах во II Думу и в конце 1906 года вступил в либерально-народническую Народно-социалистическую партию (после объединения «энесов» с «трудовиками» он был избран членом ЦК объединенной Трудовой народно-социалистической партии).
После недолгого парламентского опыта Алексинского более привлекает научно-педагогическая карьера. В июле 1907 года он был назначен экстраординарным профессором по кафедре хирургической патологии Московского университета, а в декабре того же года занял должность главного врача Иверской общины Красного Креста. Его авторитет в российской медицинской среде неуклонно растет: Алексинский был избран членом правления Общества российских хирургов.
В начале 1911 года по инициативе премьер-министра П.А. Столыпина и министра образования Л.А. Кассо начинается правительственный поход против «университетской вольницы»: правительство посчитало именно студенческую среду главным источником сохраняющейся крамолы. Во все университеты был разослан циркуляр, предписывающий «принять меры для установления действительного надзора за учащимися». Далее следовало предупреждение, что неисполнение этих требований «приведет общегосударственную власть к необходимости принятия особых мер к упорядочению внутренней жизни высших учебных заведений». Временно запрещались все собрания на территории университетов, что не только наносило удар по принципам их автономии, но и было равнозначно запрещению всех, даже легальных студенческих организаций. Волнения молодежи усилились, и на территорию некоторых университетов была введена полиция.
28 января ректор Московского университета А.А. Мануйлов и его заместители П.А. Минаков и М.А. Мензбир подали в отставку. В ответ Высочайшим указом все трое были не только уволены с постов, но и отрешены от профессорских должностей. В знак солидарности 3 февраля подали в отставку несколько выдающихся профессоров Московского университета (В.И. Вернадский, Н.А. Умов, В.А. Хвостов, С.А. Чаплыгин, Г.Ф. Шершеневич, Д.М. Петрушевский, А.А. Эйхенвальд) и большая группа приват-доцентов. Подал в отставку и профессор медицинского факультета Иван Алексинский.
Несмотря на все зигзаги судьбы, Алексинский через всю жизнь пронес горячую любовь к Московскому университету: в январе 1930 года, уже в эмиграции в Париже, он станет членом президиума Юбилейного комитета по празднованию 175-летней годовщины со дня его основания. А пока, в 1911 году, отлученный от университета, он продолжил свою преподавательскую работу на медицинском отделении Высших женских курсов (здесь училась пошедшая по стопам отца дочь Алексинского Надежда), сочетая профессорскую деятельность с активной практикой в больнице Иверской общины. Большую известность в Москве получила и частная хирургическая клиника Алексинского. В 1913 году он председательствовал на VIII съезде российских хирургов.
В начале Первой мировой войны И.П. Алексинского призвали на военную службу: он заведовал медицинской частью Красного Креста сначала на Юго-Западном фронте, а затем в тыловых частях, активно работал в качестве главврача клиники Иверской общины, превратившейся, по сути дела, в военный госпиталь.