После Февральской революции Алексинский вернулся в Московский университет и был зачислен на должность профессора по кафедре хирургической патологии. Вскоре на него были возложены еще и обязанности директора университетской андрологической клиники. Когда в начале октября 1917 года низший медицинский персонал московских больниц и клиник, подпавший под влияние большевистских агитаторов, объявил забастовку, Алексинский решительно выступил против, считая бесчеловечным отказ санитаров оказывать помощь больным и раненым.
Ивану Алексинскому довелось сыграть активную роль в деле сопротивления большевистскому перевороту в Москве в октябре – ноябре 1917 года. Как известно, главную силу этого сопротивления составила московская молодежь: юнкера Александровского и Алексеевского училищ, учащиеся школ прапорщиков и кадетских корпусов, гимназисты старших классов, студенты, курсистки. Руководил антибольшевистской борьбой Комитет общественной безопасности во главе с председателем Московской городской думы, городским головой доктором В.В. Рудневым. (В 1900–1902 годах Руднев учился в Москве на медицинском факультете и посещал лекции и семинары тогда еще приват-доцента Алексинского; доучиваться Рудневу – после ареста и ссылки – пришлось уже в швейцарском Базеле.) В эти драматические дни врач Алексинский снова оказался «на передовой», прошедшей на этот раз через самый центр Москвы. Его частная клиника, равно как и больница Иверской общины, были превращены в госпитали, и Алексинский ежедневно лично делал сложные операции…
2 ноября 1917 года, после кровопролитных боев, Комитет общественной безопасности капитулировал, на следующий день отряды большевистского Военно-революционного комитета вступили в Кремль. Начались репрессии; приостановить их на некоторое время смог проходивший тогда в Москве Поместный собор Русской православной церкви, избиравший своего патриарха. На заседании Собора и ноября было оглашено следующее обращение: «Священный Собор во всеуслышание заявляет: довольно братской крови, довольно злобы и ненависти… Победители, кто бы вы ни были, и во имя чего бы вы ни боролись, не оскверняйте Россию пролитием братской крови, умерщвлением беззащитных, мучительством страждущих».
Благодаря посредничеству Церкви 13 ноября удалось провести похороны жертв большевистского переворота. В девять часов утра в церкви Большого Вознесения у Никитских ворот началось отпевание. Надгробную речь произнес митрополит Евлогий (Георгиевский). В своих мемуарах он потом напишет: «Помню тяжелую картину этого отпевания. Рядами стоят открытые гробы… Весь храм заставлен ими, только в середине – проход. В гробах покоятся, словно срезанные цветы, молодые, красивые, только что расцветшие жизни: юнкера, студенты. У дорогих останков толпятся матери, сестры, невесты… Я был потрясен. В надгробном слове я указал на злую иронию судьбы: молодежь, которая домогалась политической свободы, так горячо и жертвенно за нее боролась, готова была даже на акты террора, пала первая жертвой осуществившейся мечты».
Около полудня все улицы, прилегающие к Никитским воротам, были запружены народом. Трамвайное движение было перекрыто. Траурную процессию возглавили архиереи и хор певчих; за ними на руках несли некрашеные гробы, накрытые только еловыми ветками и скромными букетами белых хризантем. Венков не было. Погода в тот день, по рассказам участников, была ужасной: пронизывающий ветер, мокрый снег, слякоть… Вдоль Тверского бульвара, через Страстную площадь и далее по Тверской улице и Петроградскому шоссе огромная процессия направилась на кладбище села Всехсвятского (в районе нынешних Песчаных улиц). Это было известное в Москве братское кладбище для павших в войне воинов и сестер милосердия, созданное в начале Мировой войны по инициативе великой княгини Елизаветы Федоровны. Иван Алексинский произнес первую речь на траурном митинге; вслед за ним выступил низложенный большевиками городской голова Руднев. (Сегодня на сохранившемся участке кладбища у храма Всех Святых рядом со станцией метро «Сокол» можно увидеть мемориальный крест с надписью: «Юнкера. Мы погибли за нашу и вашу свободу».)
Спустя несколько месяцев после большевистского переворота до Москвы начали доходить подробности мученической гибели членов императорской фамилии. Особую боль у Алексинского вызвало известие о зверском убийстве великой княгини Елизаветы Федоровны (она была живой сброшена большевиками в старую шахту под Алапаевском) – покровительницы Иверской общины и личного друга Алексинского, которая неоднократно ассистировала ему простой медсестрой при хирургических операциях.