Однако свержение 18 ноября 1918 г. вернувшимся из Японии А.В. Колчаком Временного Всероссийского правительства и разгоревшийся вслед за этим конфликт адмирала с Г.М. Семёновым заставили высшее руководство империи срочно привлечь силы флотской разведки к изучению ситуации в Омске и урегулированию данной проблемы. Выбор пал на сотрудника 3-го отделения МГШ контр-адмирала Танака Котаро – наиболее компетентного в русских делах офицера японского флота, личного знакомого с Колчаком с момента проведения водолазных работ на линкоре «Императрица Мария» в 1916–1917 гг.
Как вспоминал сам Танака, в конце декабря 1918 г. императорский флот решил послать его в Омске в качестве своего резидента и месяц спустя он спешно прибыл во Владивосток, где был прикомандирован к командованию ВЭА. В Омске Танака появился 14 февраля уже в качестве главы японской военной миссии (ЯВМ)– разведывательного органа армии, созданного специально для ведения агентурной разведки, координации и контроля работы русской администрации, помощи в организации Белой армии, надзора за деятельностью местной печати (всего ВЭА в начале 1919 г. образовало 7 таких миссий). Вместе с Танака в Омск выехал его помощник капитан 2-го ранга Ёнаи Мицумаса. Следует особо отметить, что ни до, ни после этого ни один офицер флота больше не назначался руководителем разведоргана армии, что говорило о том важном значении, которое руководство Японии придавало поездке Танака в Омск[506].
Конфликт между Семёновым и Колчаком разгорелся 1 декабря 1918 г., когда в ответ на требование атамана избрать Верховным правителем А.И. Деникина, Д.Л. Хорвата или А.И. Дутова адмирал издал приказ № 61 об его отрешении от всех должностей «за неповиновение, нарушение телеграфной связи и сообщений в тылу армии, что является актом государственной измены». Стремясь загладить конфликт, через полтора месяца атаман сообщил в Омск о своей готовности принять чрезвычайную следственную комиссию в Чите. 21 января 1919 г. она была образована под председательством генерал-лейтенанта Г.Е. Катанаева и 3 марта выехала в Забайкалье. Хотя первоначально Япония заняла сторону Семёнова, под давлением союзников она изменила свою позицию, что нашло отражение в решении кабинета министров от 26 января подчинить всех казачьих атаманов на Дальнем Востоке правительству Колчака[507].
Первая встреча Танака с адмиралом состоялась только спустя несколько недель после его прибытия в Омск, так как Верховный правитель находился в инспекционной поездке на фронте. Тем не менее 21 февраля глава ЯВМ встретился с морским министром Омского правительства контр-адмиралом М.И. Смирновым и заверил его, что прибыл в Сибирь с целью «насколько это возможно разрядить обстановку и выяснить все недоразумения, пользуясь фактом знакомства с Верховным правителем». Смирнов, в свою очередь, обозначил позицию Колчака: «Думаю, что единственная сила, которая, вероятно, сможет решить [проблему с Семёновым], – это Япония. Если Семёнов подчинится приказу [Омского] правительства и отправится на линию фронта, то правительство не будет расследовать его прежние действия». При этом морской министр дал понять своему японскому собеседнику, что платой Омска за разрешение конфликта с Семёновым станет возврат к обсуждению им в рамках ранее заключённых российско-японских соглашений вопросов о праве японцев на свободное судоходство по Амуру и Сунгари, а также о передаче Токио участка КВЖД севернее Чанчуня до Сунгари[508].
Спустя неделю Танака встретился с Колчаком. После обмена любезностями и заверений Танака в искреннем желании приложить все усилия для достижения взаимопонимания и установления более тесных связей между Россией и Японией, стороны перешли к обсуждению практической части конфликта Семёнова с Колчаком. К беседе подключился врио министра иностранных дел И.И. Сукин. Из слов Колчака следовало, что он не возлагал особых надежд на работу комиссии Катанаева из-за противодействия ей семёновцев и негативно относился к пребыванию атамана в Забайкалье. Кроме того, адмирал полагал, что именно японская армия могла обеспечить нормальную работу Забайкальской железной дороги, а Сукин, со своей стороны, подтвердил ранее высказанное морским министром Смирновым пожелание Омска сотрудничать только с Японией в разрешении конфликта с Семёновым[509].