По мере снижения интенсивности боёв на Дальнем Востоке происходило постепенное сокращение военно-морского присутствия Японии в регионе. 5 сентября сторожевой корабль 1-го класса «Ивами» получил приказ вернуться в Курэ, после чего на рейде Владивостока остались только линкор «Хидзэн» и 4 эсминца 25-го дивизиона. Пять дней спустя «Арарэ», «Мацукадзэ», «Новаки» и «Сираюки» покинули Приморье, чтобы присоединиться к экспедиционному отряду в Николаевске-на-Амуре. В связи с неблагоприятными климатическими условиями, не позволявшими организовать зимовку сил 3-го флота в Нижнем Приамурье, с 7 октября японские боевые корабли начали постепенно покидать Николаевск и Де-Кастри. К 23 октября японский экспедиционный отряд окончательно ушёл из низовьев Амура, одновременно из Владивостока в Сасэбо вернулся «Хидзэн». В результате на Дальневосточном морском театре остался только прибывший во Владивосток 5 октября линкор «Микаса»[497].
К концу сентября 1918 г. расстановка политических сил на Дальнем Востоке окончательно определилась. Несмотря на протесты правительства Дербера, 3 августа Деловой кабинет Хорвата при активной поддержке начальника штаба Чехословацкого корпуса генерал-майора М.К. Дитерихса перебрался во Владивосток, где между двумя группировками завязалась ожесточённая борьба, которая перемешивалась бесплодными попытками достичь компромисс. Однако ещё 30 июня в Омске было создано Временное Сибирское правительство П.В. Вологодского, объявившее о своём единоличном правлении в Сибири и на Дальнем Востоке. В возникшем треугольнике заклятых врагов в итоге победило ВСП: прибывший 20 сентября во Владивосток Вологодский заручился поддержкой белочехов, американского и английского командований, добился от группировки Деребера сложения полномочий, а от Хорвата – согласия на признание Омского правительства и подчинение ему на правах Верховного уполномоченного на Дальнем Востоке. С этого времени центр политической власти на востоке сместился в Сибирь[498].
После того как 4 сентября японские войска и отряд Калмыкова захватили Хабаровск, в их руки перешла база Амурской речной флотилии вместе с 17 канонерскими лодками и 3 пароходами. Приказом командующего 3-м флотом от 7 сентября из состава экипажа линкора «Хидзэн» был сформирован специальный экспедиционный отряд из 148 человек под командованием капитана 2-го ранга Эмори Хисаси, который на следующий день поездом убыл в Хабаровск, чтобы взять под контроль местный судостроительный завод и трофейные корабли, содействовать организации воинских перевозок, принять участие в совместных с армией операциях против советских войск, обеспечить безопасность бассейна р. Амур. Часть отряда на захваченных канонерках участвовала в боях за Благовещенск, в результате чего город 18 сентября перешёл под контроль белых. Организацией разведки на хабаровском и благовещенском направлениях занимался офицер штаба отряда капитан 3-го ранга Такамацу Кимихару[499].
Поскольку в руках японской армии находились обе базы Амурской речной флотилии – Хабаровск и Благовещенск – со всеми судоремонтными мощностями, арсеналами, средствами связи, боевыми кораблями и вспомогательными судами, 25 сентября в Японии был сформирован специальный морской экспедиционный отряд под командованием начальника штаба ВМР Майдзуру капитана 1-го ранга Накамура Масаки. Перед ним были поставлены следующие задачи: охрана водного района р. Амур; управление переданными армией предприятиями, кораблями и судами бывшей Амурской флотилии; организация обороны побережья Амура и взаимодействие с японскими сухопутными войсками; изучение природных ресурсов Приамурья в интересах империи; отправка в Николаевск морского радиоотряда для обеспечения связи с командованием ВМФ в тесном контакте с дислоцированным там же пехотным подразделением[500].
Численность отряда составила 217 военнослужащих. 5 октября линкором «Микаса» и транспортом «Аосима» они были доставлены во Владивосток. Согласно отчёту капитана 2-го ранга Эмори, к этому времени на базе Амурской флотилии в Хабаровске под контролем японцев находились 16 канонерских лодок («Смерч» сел на мель ещё в сентябре в ходе боёв за Благовещенск), 6 вспомогательных судов и 1 плавучий док. 9 октября личный состав отряда прибыл в Хабаровск и начал вводить в строй захваченные канонерки, а также взял под контроль военный завод «Арсенал». Спустя неделю часть моряков была послана в Благовещенск, где стала приводить в боеготовое состояние трофейные корабли Амурской флотилии[501].