В преддверии занятия Хабаровска 3-е отделение МГШ подготовило 1 сентября 1918 г. «Таблицу российских боевых кораблей и судов на Дальнем Востоке №5». Как отмечала военно-морская разведка, в предвоенный период Сибирская военная флотилия имела 9 эсминцев, однако после перехода части её сил в Архангельск во Владивостоке осталось только 5 – «Беспощадный», «Бодрый», «Бойкий», «Бравый», «Грозный»,– а также 9 из 11 миноносцев – «Сердитый», «Смелый», «Скорый», «Точный», «Твёрдый», «Лейтенант Малеев», «Инженер-механик Анастасов», «Статный» и «Тревожный». Действующих субмарин на Дальневосточном морском театре не было: из 9 предвоенных имелись только 2, которые в нерабочем состоянии хранились у стенки судоремонтного завода и в южной части бухты Золотой Рог. Кроме того, флотилия имела в своём составе вспомогательный крейсер «Орёл», канонерскую лодку «Манджур» и ряд вспомогательных судов. В Хабаровске японцы насчитали 18 канонерских лодок и 10 судов связи. При этом 3-е отделение отмечало, что после революции большая их часть была разоружена, а те, что находились в боеспособном состоянии, оперировали главным образом в районе Николаевска-на-Амуре и на р. Иман. Четырьмя 946-тонными мониторами Амурской речной флотилии якобы командовали немецкие офицеры, и они были укомплектованы бывшими австро-германскими военнопленными. По информации разведки, в августе 1918 г. эти корабли ушли из Хабаровска в Благовещенск[491].
Поскольку Владивосток был захвачен белочехами ещё в июне, непосредственное участие японского флота в интервенции на её первом этапе свелось к сковыванию действий Амурской речной флотилии. Согласно приказу командующего 3-м флотом от 8 сентября 1918 г., контр-адмирал Тадакоро Хироми должен был «нарушить планы противника в Николаевске-на-Амуре, а также, организовав боевую службу как можно большего числа подчинённых эсминцев до Хабаровска включительно, вытеснить противника из бассейна р. Амур и обеспечить охрану данного водного района». Во исполнение этого распоряжения с 16 по 21 сентября эсминцы «Камикадзэ», «Кисараги» и «Хибики» находились в Хабаровске, после чего вернулись в Николаевск. Организацией агентурной разведки в Нижнем Приамурье в интересах 3-й эскадры до начала октября с позиций Николаевска занимался капитан 3-го ранга Икэнака Кэнъити, в то время как капитан-лейтенант Накадзима Киёнобу вернулся в Хабаровск[492].
Кроме того, в конце августа корабли 5-й эскадры приняли участие в белогвардейской экспедиции против советских подразделений в Тетюхэ (Дальнегорске)– посёлке на юго-востоке Приморья, известном своим богатейшим на Дальнем Востоке свинцово-цинково-серебряным месторождением. По просьбе командующего вооружёнными сухопутными и морскими силами Приморской области полковника С.С. Толстова об оказании помощи в очистке Тетюхэ от красногвардейских отрядов контр-адмирал Като Хирохару распорядился погрузить на борт сторожевого корабля 1-го класса «Ивами» русские подразделения, японскую роту морских пехотинцев и 22 августа убыть в пункт назначения. При этом японцы должны были оказывать белым моральную помощь фактом присутствия и только в случае крайней нужды вступить в бой. 24–25 августа «Ивами» в сопровождении ледокольного буксира «Богатырь» обеспечивал высадку русских подразделений в порту Рудная Пристань близ Тетюхэ, но из-за отсутствия сколько-нибудь серьёзного сопротивления красногвардейских отрядов 26 августа вернулся во Владивосток[493].
Что касается руководителя владивостокского разведцентра капитана 2-го ранга Ёнаи Мицумаса, то после принятия правительством Дербера всей полноты власти в Приморье он некоторое время отслеживал происходившие вокруг него процессы, однако 14 июля выехал в Гродеково, где присоединился к харбинскому резиденту капитану 3-го ранга Сугисака Тэйдзиро для наблюдения за сформированным там пятью днями ранее Деловым кабинетом Хорвата – параллельным марионеточным правительством, при поддержке японской военной разведки сразу противопоставившим себя Дерберу. Через несколько дней Ёнаи вернулся во Владивосток, откуда продолжил руководить деятельностью своего разведаппарата на огромной территории от Николаевска до Харбина. После захвата Хабаровска 4 сентября Ёнаи вместе с Като и новым командующим 5-й эскадрой 21-го числа прибыл с инспекцией в город[494].
Необходимо отметить, что в связи с образованием 10 августа Владивостокской экспедиционной армии (ВЭА), которая объединила под своим началом японские войска и силы интервентов на советском Дальнем Востоке, Като предложил прикомандировать к её управлению в качестве военно-морского представителя контр-адмирала Танака Котаро[495]. Однако командование флота посчитало иначе, и 22 августа этот пост занял Ёнаи. Кроме того, 4 сентября военно-морской министр назначил командующим 5-й эскадрой вместо ушедшего на повышение контр-адмирала Като Хирохару другого специалиста по России контр-адмирала Кавахара Кэсатаро[496].