В последующие три недели Танака неоднократно встречался с Колчаком, Сукиным, военным министром генерал-майором Н.А. Степановым и командующим войсками Среднесибирского военного округа генерал-майором В.И. Волковым. Поскольку Семёнов не желал выезжать в Омск для разрешения противоречий с Колчаком, а тот, в свою очередь, противился пребыванию атамана в Забайкалье, Танака и его заместитель в ЯВМ от военной разведки полковник Фукуда Хикосукэ убеждали Верховного правителя перенести переговоры во Владивосток, где японская сторона могла бы выступить непредвзятым посредником. Как телеграфировал Танака 16 марта начальнику штаба ВЭА, ему удалось уговорить Колчака на перенос переговоров с Семёновым, и Верховный правитель назначил своим полномочным представителем на них генерал-майора И.П. Иванова-Ринова, который с января находился в Чите, а в начале марта вместе с атаманом выехал во Владивосток. При этом ещё 14 марта Сукин обозначил приемлемые для Колчака условия примирения: Семёнов покидает Забайкалье, переходит в подчинение Хорвата или Иванова-Ринова, которые самостоятельно определяют, на какой участок фронта направить семёновские войска, а Верховный правитель взамен прекращает работу следственной комиссии Катанаева и снимает с атамана обвинения в госизмене[510].
23 марта 1919 г. комиссия Катанаева телеграфировала в Омск результаты своего расследования. Хотя в действиях Семёнова не было обнаружено признаков государственной измены, ему ставились в вину участие в создании независимого Монгольского государства, незаконный захват наличности в читинском отделении Госбанка, уклонение от отправки воинских частей на фронт и пр.
Тем не менее в ходе проходивших во Владивостоке с 18 по 29 марта переговоров с участием Семёнова, Иванова-Ринова и специального уполномоченного, бывшего начальника Разведуправления Генштаба Японии генерал-майора Такаянаги Ясутаро сторонам удалось прийти к компромиссу. Семёнов согласился на своё подчинение Хорвату, заявил о готовности направить войска на фронт и признал верховную власть Колчака[511].
Поэтому 8 апреля контр-адмирал Танака телеграфировал в штаб армии о том, что его пригласил Верховный правитель и сообщил об отмене своего приказа, объявлявшего Семёнова изменником, а также об условиях достигнутого с ним соглашения, по которым вся помощь атаману теперь шла через Омск[512].
Помимо улаживания конфликта двух белых лидеров Танака за время пребывания в Омске также занимался вопросами организации военно-технического сотрудничества между Японией и колчаковским правительством: ещё в феврале Морское министерство последнего попросило срочно поставить запасные части, вооружение и боеприпасы для спланированных к отправке на Волгу 14 канонерских лодок, а также средства связи, авиабомбы, пулемёты, винтовки, бинокли и пр. «Совершенно очевидно, что кроме Японии [Омску] больше не у кого просить о поставках. Удовлетворение вышеозвученной просьбы является благоприятным шансом для империи заполучить всевозможные для себя выгоды»,– докладывал Танака 25 февраля начальнику штаба ВЭА. В июне запрос был удовлетворён. Через Танака в апреле – июне Омское правительство инициировало переговоры о поставках колчаковской армии 50 000 винтовок и ежемесячно 20 000 000 патронов к ним, которые в итоге также были отправлены Колчаку. Кроме того, контр-адмирал вёл сбор информации о состоянии военно-морских сил Омска и Советской России на Волге и Каспии, а также о действиях китайского флота на Амуре и Сунгари[513].
Стоит отметить, что пребывание Танака в Омске командование ВМФ Японии также пыталось использовать для получения прав на добычу нефти и каменного угля на Северном Сахалине, однако о практических договорённостях по этому вопросу ничего не известно[514].
В середине июля новым начальником ЯВМ в Омске был назначен генерал-майор Такаянаги Ясутаро, поэтому контрадмирал Танака Котаро и капитан 2-го ранга Ёнаи Мицумаса вернулись во Владивосток, где находились до сентября.