Так же как и разведывательные органы армии, командование 5-й эскадры не увидело зимой – весной 1921 г. предпосылок к свержению власти ДВР в Приморье, поскольку контрреволюционные силы были разобщены и ослаблены. Докладывая 29 апреля в Токио об обстановке в зоне ответственности, контр-адмирал Накамура обращал внимание военно-морского министерства и МГШ на то, что читинское правительство сумело преодолеть правительственный кризис путём образования коалиции из большевиков, трудовиков и эсеров, в то время как оппозиция в Чите и Владивостоке не имела реальной возможности совершить переворот, а остатки армии Каппеля и Семёнова истощали друг друга взаимной борьбой и страдали от дефицита финансов, чему немало способствовали строгий нейтралитет ВЭА и умелая политика разобщения со стороны коммунистов[567].
На состоявшемся в Токио 16–25 мая совещании членов кабинета министров, глав японских колоний и командующих Владивостокской экспедиционной, Корейской, Квантунской и Тайваньской армиями была принята резолюция о выводе войск из Приморья[568]. На это решение не смогли повлиять даже поступавшие от разведорганов армии и флота донесения о готовившемся в Приморье перевороте: например, 7 мая капитан 3-го ранга Масаки Кацудзи доложил военно-морскому министру и начальнику МГШ о нагнетаемой во Владивостоке волне взаимных тайных убийств офицеров каппелевской армии и войск Приморского областного управления ДВР; 11 мая сообщил о временном отказе правых партий от реализации планов свержения правительства Антонова из-за нехватки оружия и утечки информации; 17 мая проинформировал о разговоре с командиром Гродековской группы войск генерал-лейтенантом Н.А. Савельевым, в котором последний заявил о завершении приготовлений к выступлению в течение ближайшей недели[569]. При этом участие самого Масаки в заговоре сводилось только к тайному контактированию с его зачинщиками.
В результате переворота 23–26 мая 1921 г. к власти в Приморье пришло белогвардейское Временное Приамурское правительство во главе с С.Д. Меркуловым. Характеризуя эти события, командующий 5-й эскадрой отмечал наличие тайной связи между заговорщиками и большей частью народной милиции, тесное взаимодействие группировки Меркулова с командованием каппелевских войск, нейтралитет японской армии и последующее разоружение ею противоборствующих сторон[570].
Несмотря на такое развитие событий, 12 июля 1921 г. кабинет министров Японии и Исследовательский комитет по вопросам внешней политики приняли совместное совершенно секретное решение о начале переговоров с правительством ДВР относительно условий вывода императорских войск с Дальнего Востока. Поводом для его принятия послужили шаги великих держав и США, в частности по сближению с Читой и Москвой на экономической почве, что создавало угрозу японским интересам в Сибири. Кроме того, правительство ДВР, по мнению Токио, имело не большевистскую, а демократическую окраску, было настроено дружелюбно к империи и через своего заместителя министра иностранных дел И.С. Кожевникова выразило готовность вступить в переговоры с Японией. Руководство империи также учитывало то обстоятельство, что пришедшее к власти в Приморье меркуловское правительство не имело реальной силы и после ухода японской армии было бы поглощено Читой[571].
В результате 27 августа 1921 г. в Дайрэне начались переговоры между Японией и ДВР об условиях вывода экспедиционной армии, которые 12 декабря по инициативе японской стороны были приостановлены.
В этой ситуации командование 5-й эскадры продолжало решать задачи по обеспечению безопасности японской колонии и экономических интересов империи в Приморье западнее 140 градуса восточной долготы, для чего с октября 1920 г. по ноябрь 1921 г. стационерную службу во Владивостоке нёс линкор «Микаса». Однако, в отличие от прошлых лет, командование 3-го флота не стало посылать туда эсминцы, а лишь направило в двухнедельное плавание во Владивосток в сентябре – октябре сторожевые корабли 1-го класса «Фудзи» и «Асахи» для участия в спасательных работах на потерпевшем кораблекрушение в районе о. Аскольд «Микаса». С октября 1921 г. по апрель 1922 г. стационерную службу во Владивостоке нёс сторожевой корабль 1-го класса «Ивами»[572].
Кроме того, по просьбе командующего Сибирской военной флотилией контр-адмирала Г.К. Старка от 7 октября 1921 г. военно-морское министерство Японии неофициально отменило российско-японское соглашение от 3 августа 1920 г. о разоружении русских боевых кораблей и согласилось не вмешиваться в их действия по борьбе с браконьерами, контрабандистами и красными партизанами на Дальневосточном морском театре[573].