В мае 1903 г. 3-е бюро МГШ развернуло две резидентуры: в Чифу против главной базы Тихоокеанской эскадры и во Владивостоке. Если первая была укомплектована кадровыми офицерами разведки, то вторую по совместительству возглавили сотрудники коммерческого агентства, которые опирались на помощь РУ МГШ. Костяк агентурного аппарата во Владивостоке и Порт-Артуре составляли японские колонисты, хотя в 1903 г. чифуской резидентуре удалось завербовать ценного агента В.Д. Козлова. Их усилиями было организовано непрерывное наблюдение за перемещениями и изменениями боевого состава ТОЭ. Большой объём информации поступал в Токио от японского военно-морского атташе и языковых стажёров в Санкт-Петербурге при относительно слабом противодействии им царской контрразведки. Всё это позволило военно-политическому руководству Японии оптимизировать организацию и боевую подготовку своего флота, заблаговременно разработать оперативный план предстоящей кампании и завоевать превосходство на море на первом её этапе.
Однако с началом боевых действий РУ МГШ утратило свои позиции во Владивостоке в связи с депортацией японской колонии и коммерческого агентства, что незамедлительно сказалось на оперативности поступления разведывательной информации об отряде крейсеров. Не сыграла ставка и на агентуру из числа проживавших в порту иностранцев: они просто перестали выходить на связь с шанхайской резидентурой МГШ. Поэтому основными источниками сведений о действиях владивостокского отряда для Токио были команды пассажирских судов, китайские и корейские беженцы.
Схожие проблемы в ходе войны возникли у флотской разведки в Порт-Артуре. Достаточно быстро из-за ужесточения контрразведывательного режима В.Д. Козлов свернул контакты с резидентурой в Чифу, а её агенты-китайцы с трудом проникали в крепость. Поэтому выходы ТОЭ в море и отчасти состояние боевых кораблей контролировались дозорными силами Объединённого флота, дежурившими у внешнего рейда.
Куда больших успехов японская военно-морская разведка добилась в организации сбора информации о 2-й Тихоокеанской эскадре. Уже летом 1904 г. она практически точно знала её будущий боевой состав, а выход в море соединения З.П. Рожественского в октябре и его переход к Мадагаскару своевременно освещался военно-морскими атташатами при японских посольствах в Великобритании, Германии и Франции. Огромную помощь 3-му отделению МГШ оказали дипломатические миссии в Европе и Юго-Восточной Азии, располагавшие собственными агентурными позициями по маршруту движения 2-й ТОЭ. Часть информации была получена японским флотом от англичан.
Поэтому разгром эскадры Рожественского стал во многом результатом оперативного поступления сведений об её движении в МГШ от разведорганов армии, флота и МИД Японии, а также следствием заблаговременно налаженной Того Хэйхатиро дозорной службы в Корейском проливе.
Необходимо, однако, отметить, что Русско-японская война так и не придала импульс развитию радиоразведки в императорском флоте, которая стала главным источником его информации только в 1941–1945 гг. Кроме того, определённое влияние на работу японской военно-морской разведки оказывали отсутствие учебного заведения и полноценной информационной службы.
Прямым следствием победы Японии в войне против России стало осознание её руководством необходимости заблаговременной формулировки военной доктрины, которая бы чётко определила круг потенциальных противников, состав Вооружённых сил мирного и военного времени, описала наиболее вероятные сценарии боевых действий, а также закрепила взаимодействия армии и флота. Поэтому в августе 1906 г. сотрудник Генштаба подполковник Танака Гиити разработал, а в октябре того же года председатель Тайного совета Ямагата Аритомо доложил императору основные положения проекта «Курса национальной обороны империи», который после серии совещаний между командованиями армии и флота 4 апреля 1907 г. был утверждён монархом.