Успешное окончание Русско-японской войны стало причиной реорганизации военно-морских сил Японии. Приказом императора № 787 от 20 декабря 1905 г. Объединённый флот был расформирован. В боевом составе ВМФ Японии остались 1-й (командующий – вице-адмирал Катаока Ситиро), 2-й (вице-адмирал Дэва Сигэто), Южно-Китайский (контр-адмирал Такэтоми Куниканэ) и Учебный (контр-адмирал Симамура Хаяо) флоты. Каждому из них был определён свой перечень задач. 1-й флот в составе крейсеров 1-го класса «Адзума», «Асама», «Иватэ», «Идзумо», «Токива», «Якумо», крейсеров 3-го класса «Отова», «Цусима», вспомогательного крейсера «Анэгава-мару», 1-го дивизиона эсминцев и посыльного судна «Тихая» должен был крейсировать и нести дозорную службу у побережья Японии и дальневосточного побережья России. 2-й флот в составе сторожевого корабля 2-го класса «Ики», крейсеров 3-го класса «Идзуми», «Ниитака», «Сума», «Тиёда», сторожевого корабля 2-го класса «Окиносима», вспомогательного крейсера «Мансю-мару», 13-го дивизиона эсминцев и посыльного судна «Тацута» должен был крейсировать и нести дозорную службу у побережья Кореи и Северного Китая. Южно-Китайский флот в составе крейсеров 2-го класса «Такатихо», «Титосэ», канонерских лодок «Сумида» и «Удзи» должен был крейсировать и нести дозорную службу в акватории р. Янцзы, у китайского побережья южнее её и у берегов Тайваня. На Учебный флот в составе крейсеров 2-го класса «Ицукусима», «Мацусима» и «Хасидатэ» возлагалась задача по крейсированию во внутренних водах Японского архипелага, у побережья Кореи и Северного Китая[359].
На следующий день после расформирования Объединённого флота – 21 декабря 1905 г. – состоялась реформа центральных органов управления ВМС, выразившаяся в увеличении числа отделений МГШ с 3 до 4. Разведывательные функции перешли от 3-го отделения к 4-му. При этом численность штатов разведки и её задачи были расширены: теперь флотская разведслужба насчитывала не 5, а 7 офицеров при сохранении прежнего числа секретарей, редакторов и связистов (11), а вместо сбора и оценки информации о военном потенциале стран Дальнего Востока она отвечала за ведение разведки по всему миру. Радиоразведке как отдельному подразделению в новой организации МГШ места не нашлось. В ходе следующей реформы центральных органов военного управления флота 1 декабря 1916 г. штаты военно-морской разведки, снова ставшей 3-м отделением МГШ, увеличились с 18 до 29 сотрудников (в том числе 21 офицер), в её составе появились 5-й (изучение флотов основных стран) и 6-й (издание военной литературы и изучение военной истории) отделы. Задачи организации радиоразведки и шифросвязи на флоте были возложены на 4-й отдел 2-го отделения МГШ. Численность военно-морских атташе в 1905–1916 гг. (8) оставалась прежней[360].
Вплоть до 1930-х гг. в японском флоте сохранялась принятая с третьей четверти XIX в. система постоянной ротации офицеров. Как правило, военнослужащие не задерживались на одной должности более 2 лет, после чего переводились на боевые корабли, в воинские части или органы управления ВМФ Японии. Хотя данная система расширяла специализацию офицеров, она порождала постоянную текучесть кадров в военно-морской разведке и не способствовала повышению их агентурной квалификации, особенно в условиях работы против таких маститых противников, как контрразведки России или США. Например, один из наиболее опытных разведчиков-русистов Кавахара Кэсатаро, решавший перед войной несколько раз специальные задачи во Владивостоке и работавший под прикрытием языкового стажёра в Санкт-Петербурге и Порт-Саиде, с 1904 по 1906 г. служил на боевых кораблях и в органах военного управления, затем на 2,5 года вернулся в центральный аппарат 4-го отделения МГШ, с 1909 по 1911 г. вновь проходил строевую службу на флоте, повторно в 1911–1914 гг. занимался разведывательной деятельностью в России в качестве военно-морского атташе, но после приезда из российской столицы и вплоть до выхода в отставку в 1923 г. больше к разведке никакого отношения не имел, хотя в 1918–1920 гг. и командовал 5-й эскадрой 3-го флота, стоявшей на рейде Владивостока[361].
Некоторые изменения после Русско-японской войны произошли в системе обучения офицеров военно-морской разведки. С 1909 г. с целью углублённой языковой подготовки её будущие сотрудники формально зачислялись на факультет повышения квалификации Военно-морского штабного колледжа и направлялись на соответствующее отделение Токийской школы иностранных языков: из 277 офицеров ВМФ, окончивших её в 1911–1943 гг., 67 человек (24 %) обучались немецкому, 65 (24 %)– французскому, 52 (19 %)– китайскому и только 36 (13 %)– русскому языкам[362]. Английский язык изучался непосредственно в колледже, хотя некоторые офицеры также осваивали его в Токийской школе.