На тот момент разведывательный аппарат МГШ на советском Дальнем Востоке был ослаблен отъездом в Токио 20 марта капитана 3-го ранга Икэнака Кэнъити для доклада об обстановке в регионе, в частности о кровопролитных боях между контрреволюционными силами, японскими колонистами и красногвардейскими частями в Благовещенске 6—12 марта, свидетелем которых он стал. Чтобы как-то восполнить эту потерю, 3-е отделение МГШ прикомандировало 14 марта к 5-й эскадре возвращавшегося по КВЖД из Вологды языкового стажёра капитан-лейтенанта Миякэ Синго.
Несмотря на отказ правительства высадить десант во Владивостоке или же отправить войска, Морской Генштаб продолжал вести подготовку к интервенции. 25 марта 1918 г. он разработал дополнения к плану боевых действий против Советской России, которые регламентировали операции флота в Нижнем Приамурье и на Северном Сахалине. В соответствии с ними после начала боевых действий против Владивостока межвидовая группировка сухопутных войск и ВМФ должна была высадиться в заливе Де-Кастри (Чихачёва), захватить посёлок, затем оккупировать лежащий западнее Софийск, чтобы тем самым воспрепятствовать действиям флота противника в нижнем течении Амура и создать предпосылки для нападения на Николаевск-на-Амуре. В Де-Кастри планировалось оборудовать пункт базирования флота для организации наблюдения и блокирования Татарского пролива. Наряд привлекаемых сил включал: от 2-й эскадры – линкоры «Кавати», «Сэццу», сторожевые корабли 1-го класса «Фудзи», «Суо», канонерская лодка «Тихая»; от 1-й эскадры миноносных сил – крейсер 2-го класса «Тонэ», 2-й дивизион эсминцев; при необходимости – морской авиаотряд, подразделения морской пехоты и тяжёлой артиллерии. Группировка сухопутных войск в дополнениях не оговаривалась, но отмечалось, что её состав должен быть достаточным для захвата Де-Кастри, Софийска, Николаевска-на-Амуре и Александровска-Сахалинского.
В случае если боевые действия не начались бы до ледохода, дополнения предусматривали развёртывание полноценного разведывательного органа МГШ в Николаевске-на-Амуре для «предвосхищения ложных манёвров против ника»[465].
Тем временем во Владивостоке произошли кровавые события, ставшие прологом к будущей интервенции: 4 апреля банда русских грабителей во главе с Котыревым напала на магазин торговой конторы «Исидо сёкай», убив 2 и ранив 1 японца[466]. После тщательного обсуждения ситуации с генконсулом Кикути Гиро японское правительство решило высадить во Владивостоке десант, и 5 апреля Като отправил в город 2 роты морской пехоты (533 человека), которые взяли под охрану места компактного проживания соотечественников, генконсульство, начали патрулировать улицы. Однако командующий 5-й эскадрой счёл наряд этих сил недостаточным, поэтому обратился к военно-морскому министру и начальнику МГШ с запросом на перебазирование во Владивосток линкора «Хидзэн» и дивизионов эсминцев. Его сомнения были понятны: ещё 2 апреля Като проинформировал Токио со ссылкой на информацию разведорганов армии и собственные источники о том, что гарнизон Владивостока насчитывал 1580 военнослужащих 4 крепостных полков и экипажей бое вых кораблей, к которым недавно присоединились 800 красноармейцев; в резерве Владивостокский Совет имел 1000 красногвардейцев (ополченцев).
5 апреля командующий 3-м флотом доложил заместителю военно-морского министра о спланированной на вечер отправке во Владивосток линкора «Хидзэн», 5-го и 14-го дивизионов эсминцев из залива Ёнхынман, а также о перебазировании в Расин в качестве резерва линкора «Катори» и оставшихся кораблей 3-й эскадры. Однако вице-адмирал Тотинаи запретил Арима отправлять флот во Владивосток, приказав командирам «Хидзэн» и эсминцев прибыть в гавань Расина, а остальным силам – находиться в Гэндзане[467].
На следующий день вернувшийся из Токио капитан 3-го ранга Икэнака Кэнъити проинформировал МГШ со ссылкой на бывшего офицера царской жандармерии о сосредоточении в районе Второй речки 2000 красноармейцев и просьбе Владивостокского Совета к Хабаровску прислать ещё 2000 солдат. Также он доложил информацию разведорганов армии относительно наличия в вагоносборочных мастерских на Первой речке 1500 красногвардейцев, однако отметил, что существенных изменений в обстановке в городе не произошло[468].