В 1880-х годах произошло объединение военного и морского духовенства.
Тогда же начал выходить «Вестник военного духовенства» (в 1911–1917 годах – «Вестник военного и морского духовенства»).
Двенадцатого июня 1890 года было Высочайше утверждено «Положение об управлении церквами и духовенством военного и морского ведомств». Учреждалось звание протопресвитера военного и морского духовенства, в ведении которого находились все церкви полков, крепостей, военных госпиталей и учебных заведений. Власть над военным духовенством вновь сосредоточилась в лице одного человека.
Законченный вид приобрела структура и определены основные функции священников в армейской среде. Возглавлял всю систему протопресвитер военного и морского духовенства, который назначался Синодом с согласия императора по представлению Главнокомандующего и военного министра. По рангу протопресвитер был приравнен к архиепископу. По делам церковного управления он получал указания только от Синода, по делам военного ведомства – от военного министра.
Главные священники округов были ближайшими помощниками протопресвитера. Благочинные подразделялись на корпусных и местных. Те и другие должны были избираться духовенством корпуса или района из священников того же корпуса (района) и утверждаться в должности протопресвитером на пять лет.
Для работы в тылу были учреждены должности гарнизонных благочинных. Остальная часть военного духовенства состояла из полковых священников. Назначением церковнослужителей на эту должность занимался протопресвитер. В духовном управлении такого священника был полк. Полковые священники подчинялись благочинным.
По чину протопресвитер приравнивался к генерал-лейтенанту, главный священник армий фронта (округа) – к генерал-майору, штатный протоиерей – к полковнику, нештатный – к подполковнику, настоятель военного собора и храма, дивизионный благочинный – к подполковнику, священник – к капитану, штатный и нештатный диаконы – к поручику.
За два столетия окончательно сформировался и окреп корпус военного духовенства Российской армии, внёсший весомый вклад в духовное просвещение и укрепление духа русского воинства.
Значение и необходимость воинского духовенства в полной мере проявились в Русско-японскую войну. Полковые священники органично вжились в армейскую среду. Вкусив солдатской жизни во всей полноте, армейские батюшки стали и духовными наставниками воинов всех рангов, и близкими людьми, разделившими с ними все тяготы «солдатской лямки», а порой и образцом поведения в бою. В армейской среде их называли «батюшками», а не попами или капелланами. Это звание даром не даётся, его можно только заслужить.
Прежде чем приступить к рассказу о роли военных священников в Русско-японской войне, необходимо предварить его объяснением места самой этой войны в русской истории. В сознании большинства наших сограждан она по-прежнему остаётся «тяжёлым поражением» и показателем отсталости «прогнившего царизма». По формальному признаку Российская империя действительно потерпела поражение в столкновении с островной Японией и утратила некоторые земли. Но при этом взгляд на саму войну и её значение искажён до крайности. Начнём с того, что в начале войны героями считали моряков крейсера «Варяг», вступивших в бой в одиночку против целой эскадры японцев. А в конце «передовая общественность» рукоплескала взбунтовавшейся команде броненосца «Потёмкин», которая в военное время увела военный корабль от родных берегов и сдалась румынским властям в порту Констанцы. Взгляд этой самой «прогрессивной общественности» на Русско-японскую войну и господствует в нашем сознании.
В чём же неверна эта оценка? Она не учитывает следующие важнейшие факторы: