Воодушевлённые его бесстрашием, солдаты ринулись в атаку. Во время этой отчаянной схватки отец Стефан был дважды ранен, но продолжал идти вперёд, пока не потерял сознание. Благодаря мужеству священника полк сумел вырваться из окружения и выполнить боевую задачу. Вот как описал этот бой сам отец Стефан: «Встал я 18-го числа рано, в три часа ночи. Я знал, что бой будет отчаянный, и решил исполнить свой пастырский долг до конца, показав воинам пример самоотвержения и любви своею смертию… В 4 часа я помолился Богу, составил завещание и встал в знаменной роте.
В три часа пополудни полк выстроился и под звуки полкового марша двинулся в атаку на наступавших японцев. Я надел епитрахиль, взял крест, благословил солдат и с пением “Христос Воскресе!” пошёл во главе стрелков знаменной роты. Картина была поразительная, грандиозная.
Без малейшего колебания шли славные стрелки на верную смерть, в адский огонь, среди рвущихся снарядов. Только каждый перед тем, как двинуться в бой, крестился. Потом всё смешалось. Музыка тут же смолкла. Кто побежал вперёд, кто упал убитым или раненным. Я почувствовал сильный удар в руку или ногу и упал навзничь, потеряв сознание».
В полевом госпитале героя-священника посетил командующий Маньчжурской армией генерал А. Н. Куропаткин и лично вручил ему орден Святого Георгия.
Один из участников боёв в своих воспоминаниях писал о похоронах русских воинов, вынесенных с поля боя: «Полковой священник служил наизусть, не открывая Евангелия. Слова молитвы лились плавно, но так отчетливо, что каждое её слово невольно врезалось в память, крепило. Торжественно-печальный призыв “вечной памяти воинам, на поле брани убиенным” теснил грудь их однополчанам. Ведь совсем недавно павшие были живы…»
Полковому духовенству той страшной войны было суждено не только отпевать убиенных, но и быть отпетыми другими священниками. В сухопутных и морских сражениях были убиты или скончались от ран иереи Александр Любомудров, Александр Недригайлов, Алексий Агарёв, Алексий Цветков, Николай Исидоров, Пётр Курдюмов и Феодор Хандалеев, а также иеромонахи Алексий (Раевский), Анастасий (Рукин), Виктор (Никольский), Варлаам, Герасим, Кириак, Назарий, Паисий. Умер при выполнении своих пастырских обязанностей, заразившись от больного тифом, госпитальный священник Николай Курлов.
Были ранены и контужены иереи Александр Рыбчинский, Василий Слюнин, Георгий Шавельский, Иаков Соколов, Михаил Малявинский, Николай Крестовоздвиженский, Пётр Кузнецов и Стефан Щербаковский. Не вынес ужасов войны и душевно заболел священник Александр Самойлович.
Подвиг Стефана Щербаковского был не единственным на той войне. Священник крейсера «Варяг» Михаил Руднев (однофамилец капитана крейсера – В. Ф. Руднева) во время боя не побоялся под огнём неприятельских орудий помогать раненым и напутствовать умирающих. За проявленную отвагу отец Михаил был награждён Золотым наперсным крестом на Георгиевской ленте.
Подобным образом действовал иеромонах Порфирий в морском сражении на крейсере «Аскольд», ободряя сражающихся моряков.
Иеромонах Алексий (Конечников) с крейсера «Рюрик» в сражении с четырьмя японскими крейсерами, тоже находясь на верхней палубе, напутствовал умиравших, перевязывал раненых и ободрял сражавшихся. После затопления крейсера он был спасён японцами и отпущен, поскольку не считался военнопленным. По возвращении в Россию отец Алексий был награждён Золотым наперсным крестом на Георгиевской ленте. Удостоенный Высочайшего внимания, он с подарками для раненых солдат вновь отправился к театру военных действий в санитарном поезде имени Государыни Императрицы Александры Фёдоровны. «Подарки раздавал раненым Батюшка с погибшего крейсера “Рюрик”», – писал с благодарностью один из раненых воинов. Продолжая пастырское служение, отец Алексий всемерно содействовал облегчению душевных и телесных страданий русских солдат.
Судовые священники, попавшие в плен и отпущенные японцами, по возвращении в Россию удостоились Высочайшего приема. В дневнике государя императора Николая II от 18 июля 1905 го да сохранилась следующая запись: «После докладов приняли четырёх судовых священников, которые были на отряде Небогатова и вернулись из Японии после Цусимского боя».
Тихоокеанские эскадры, вышедшие с Балтики для восполнения потерь, понесённых флотом, за двести двадцать дней похода прошли через три океана. Во время похода священник крейсера «Аврора» отец Анастасий (Рукин) при «Гулльском инциденте» в Северном море был тяжело ранен и вскоре умер. До сих пор в Танжере (Марокко) сохранилась могила отца Анастасия.