Для руководства военными священниками в действующей армии 18 февраля 1904 года Главным полевым священником Маньчжурской армии был назначен Председатель Духовного правления военного и морского духовенства протоиерей Сергий Голубев. В кратчайшее время ему удалось организовать действенное управление армейским духовенством, а также священниками госпиталей, находившихся в местностях, подведомственных командующему армией. В соответствии с «Положением о полевом управлении войсками в военное время» он должен был наблюдать, чтобы «священники были при своих местах для молебствий, для ободрения православных воинов гласом веры и благословением Церкви и для доставления раненым утешения веры и Святого Причастия».
Протоиерей Сергий Голубев по своему должностному положению был ещё и настоятелем храма при Главной квартире. Штаб командующего Маньчжурской армией генерал-адъютанта А. Н. Куропаткина размещался в железнодорожном поезде. В его составе был и специальный вагон-церковь с иконостасом и большим количеством икон, поднесённых генералу на пути его следования из Петербурга в действующую армию.
Главным полевым священником при Штабе 1-й Маньчжурской армии был назначен полковой священник 33-го Восточно-Сибирского полка иерей Георгий Шавельский. С начала войны и до своего назначения на этот высокий пост он успел принять участие в двенадцати сражениях и проявить себя как мужественный пастырь. В одном из боёв был контужен, но остался в строю.
За героизм, проявленный при выполнении своего пастырского долга, был награжден Золотым наперсным крестом на Георгиевской ленте, а также орденами Святого Владимира с мечами и Святой Анны с мечами. (Орденами с мечами награждались за боевые заслуги.)
Главным полевым священником при Штабе 2-й Маньчжурской армии был назначен настоятель тифлисского Николаевского собора и благочинный госпитальных церквей Кавказского военного округа священник Александр Журавский с возведением его в сан протоиерея. Еще в 1900 году, будучи Старшим священником Охран ной стражи Китайско-Восточной железной дороги (КВЖД), он за мужество, проявленное при обороне города Харбина, был награжден Золотым наперсным крестом на Георгиевской ленте. Главным священником при Штабе 3-й Маньчжурской армии был назначен настоятель Ковенского военно-крепостного собора и благочинный церквей Ковенской крепости протоиерей Николай Каллистов.
Священники делили со своей паствой все тяготы военной жизни. Неустроенность быта, ежеминутная опасность были одинаковы для всех. Большинство нижних чинов армии и флота были призваны из русских деревень. Православную веру они впитали с молоком матери. Много искренне верующих людей было и среди офицеров. Включая и тех, кто в предвоенные годы бравировал своим безразличием к «религиозным предрассудкам». Недаром самыми распространёнными были поговорки: «Кто в атаку не ходил – тот Богу не молился» и «В окопах безбожников не бывает».
Людям, оторванным от дома, от привычной обстановки, было очень важно слышать знакомые с детства молитвы, обратиться за помощью к духовному лицу, которому доверяли, исповедаться. Часто такая исповедь заключалась в том, чтобы поведать свои беды, сомнения, испросить совета, как сохранить свою душу в бесчеловечных условиях войны.
В армейской и флотской среде полковых и судовых священников уважительно величали «батя». При встрече с пастырем офицеры и нижние чины первыми отдавали ему честь. В ответ священник прикладывал руку к наперсному кресту, показывая тем самым, что честь отдаётся не ему лично, а священническому сану. После войны некоторые офицеры и солдаты приняли монашеский постриг или стали священниками. И всё же главным делом военных священников было укрепление духа воинов. Словом и собственным примером. Да ещё в боевой обстановке. Священнику нельзя применять боевое оружие, нельзя лишать жизни Божии творения. Но можно жертвовать собой ради спасения других. На войне такое случалось нередко.
В начале войны в бою под Тюренченом 11-й Восточно-Сибирский стрелковый полк вёл тяжёлый бой в окружении. Участник тех боёв вспоминал, что в ожидании решающего наступления японцев офицеры и нижние чины переодевались во всё чистое. Полковые священники в напутственных молебнах наставляли православных воинов: «Смерть не есть уничтожение, а только успение, что и за гробом продолжается жизнь и благо тому, кто перейдет ко Господу со спокойной совестию». Потом была общая исповедь.
В ходе сражения полковой командир и многие офицеры были убиты. Ряды воинов дрогнули. В критический момент полковой священник Стефан Щербаковский с крестом в руке выступил перед солдатскими рядами и повёл их за собой.