Вечером мы начали переход в Таллин. С-101 предстояло совершить переход протяженностью порядка 250 км. Особенно тяжелым был переход проливом Муху. Лодка почти все время скребла по грунту килем. В Таллин мы пришли днем 17 июля. В гавани повторился тот же случай заклинивания вертикального руля. После того как лодка ошвартовалась у причала, был произведен тщательный осмотр электрической части вертикального руля. В результате осмотра было обнаружено, что контакты датчика указателя не были закреплены. Из-за этого показания уровня перекладки были неверны, а конечные выключатели, предназначенные для предотвращения заклинивания руля, не срабатывали. После того как контакты были закреплены, больше неприятностей с вертикальным рулем до конца войны у нас не было.
Вечером в составе конвоя мы вышли в Кронштадт, куда прибыли 18 июля. Нам поступило приказание приготовить корабль к выходу на позицию, что и было выполнено. Мы несколько дней простояли в готовности, а затем выгрузили все припасы, и нас поставили в док Кронштадтского морского завода. Такая перемена произошла из-за резкого ухудшения обстановки на сухопутном фронте, что вынудило командование флотом начать подготовку к эвакуации Таллина и перебазирования флота. В доке в районе вмятины прочного корпуса лодки были сделаны подкрепления. Восстановили: наружную обшивку прочной цистерны быстрого погружения, прочную переборку между цистерной главного балласта № 4 и цистерной быстрого погружения, крышку цистерны главного балласта № 4 и обшивку надстройки. Были выполнены другие ремонтные работы, связанные с докованием. Используя время, отведенное на ремонтные работы, мы сами также тщательно проверили, осмотрели и отремонтировали все механизмы подводной лодки.
Во второй половине августа мы вышли из дока и стали готовиться к выходу на боевую позицию. Погрузили боезапас, топливо и другие грузы, необходимые для длительного плавания, вышли на восточный рейд, произвели погружение и дифферентовку судна. Корабль вновь был готов к выходу в море.
Числа 25 августа поступило приказание сдать все запасы и следовать в г. Ленинград. 27 августа С-101 перешла в Ленинград, и мы ошвартовались у причала завода «Судомех». 29 августа подводная лодка была поставлена в транспортный док Сормовского завода, затем док был замаскирован под большую баржу, даже был установлен ветряк. Маскировка около орудий была сделана быстросъёмной, чтобы получить возможность оперативно использовать артиллерию. 31 августа нас поставили в известность, что 1 сентября на рассвете мы должны начать переход на Северный флот.
Переход начался ночью в часы разводки мостов. Подошли два мощных буксира, которые должны были нас буксировать до Петрокрепости. В кильватер нашей лодки шла подводная лодка С-102. В районе Рыбачьего (село Рыбацкое. –
Снаряды, как наши, так и немецкие, пролетали над нами. Капитаны буксиров хотели вернуться в Ленинград, но командир подводной лодки С-101 приказал следовать в Петрокрепость, а в случае неповиновения команды буксира применить оружие. Обстановка была очень напряженная. В этой ситуации было принято решение, что, если по каким-либо причинам С-101 застрянет на Ивановских порогах, то артиллерийским огнём своих орудий поддержать наши войска на берегу, подготовить док и лодку к взрыву, из команды сформировать взвод и вступить в бой за Иваново. Но место боя подводные лодки С-101 и С-102 прошли благополучно и к 14 часам пришли в Петрокрепость.
Выход из Петрокрепости был назначен между 17 и 18 часами, так как к этому времени должны были прийти озерные буксиры. В 17.30 подошли буксиры, и было решено, что команды должны поужинать, после ужина завести буксирные концы и продолжить переход. После ужина, в 18 часов начали заводку буксирных концов, и в это время начался артиллерийский обстрел Петрокрепости. Прорвавшиеся танки противника обстреляли крепость и фарватер выхода из Невы в Ладожское озеро. Интенсивным огнем артиллерии крепости танки противника были отогнаны, и мы начали движение.