«Система 3 июня» облегчила избрание гораздо большего числа депутатов-клириков в III Думу. Лишение избирательных прав горожан дало кандидатам от духовенства особое преимущество в провинциях, которые были разделены между сельским православным населением, с одной стороны, и неправославными городскими элитами – с другой, такими как в Киеве, который избрал 6 священников. В III Думу попали 46 православных священников и 2 епископа, в том числе митрополит Евлогий во второй раз[764]. После лишения сана Огнева и Тихвинского Вятская губерния в 1907 году избрала третьего священнослужителя-диссидента – Александра Попова[765]. В декабре 1907 года статья в издании Синода сообщала о выступлении Попова, критиковавшего политику правительства, как о печальном исключении из лояльного в остальном поведения депутатов-священнослужителей: «В третьей Думе это было первое и до сего времени, слава Богу, единственное выступление, компрометирующее православное духовенство, и да будет оно последним»[766]. Действительно, в ходе работы самой продолжительной из четырех Дум депутаты-клирики III Думы (1907–1912) в целом оказывали пассивную поддержку правому большинству. В то время как священники первых двух Дум открыто участвовали в политических дебатах по социальным проблемам России, священники III Думы были активны только в дебатах, непосредственно касающихся церковных дел. Евлогий позже вспоминал о своем растущем отвращении к политической работе: «Чем дальше, тем сильнее я стал чувствовать, что работа в Думе внутренно далека от Церкви, даже ей враждебна… Церковь и политика друг друга исключали»[767]. Хотя эти депутаты избегали участия в таких вопросах, как аграрная и судебная реформа, они активно участвовали в дебатах по поводу религиозной толерантности, приходской реформы, финансирования приходских школ и отделения Холмской губернии от Польши, чтобы защитить ее православное население от католического влияния[768]. В надежде на политическую и финансовую поддержку в обмен на неприметное сотрудничество с правительством иерархи и священники-консерваторы заявляли, что церковь стоит в стороне от партийной политики.
Отказ думского духовенства от представительной демократии и возвращение к опоре на государственную защиту нашел отражение в спорах по поводу религиозной терпимости. Хотя многие священнослужители приветствовали Указ о веротерпимости от 17 апреля 1905 года, он привел в ужас «православных патриотов», которые увидели в нем предательство со стороны царя – отказ от защиты церкви. Самым значительным следствием этого указа стала легализация перехода из православия в другие христианские конфессии. Он обещал и дальнейшие реформы, выражая «искреннее стремление императора гарантировать каждому подданному свободу веры и молитвы по велению его совести»[769]. Более того, среди гражданских прав, обещанных последующим Октябрьским манифестом, была «свобода совести». Первые две Думы не смогли принять закон во исполнение этого обещания, прежде чем были распущены, и только к 1909 году III Дума подготовила законопроект об изменении законоположений, касающихся перехода из одного исповедания в другое. Став законом, этот документ легализовал бы переход из православия в нехристианскую веру – что уже было позволено в конкретном случае кряшенов (крещеных татар). Однако идея предоставления официальной санкции на отступничество от христианства глубоко обеспокоила консерваторов, как и другие предложения, такие как легализация прозелитизма среди православного населения и легализация атеизма. Эти усилия по установлению свободы совести вместе с кампанией по передаче контроля над приходскими школами от церкви к Министерству просвещения создали среди депутатов-клириков ощущение, что в Думе церковь оказалась на осадном положении. В июле 1908 года крайне правый киевский священник Савва Богданович произнес речь, в которой жаловался: «Когда заходит речь о делах Св. Церкви – матери огромного большинства населения, пишется кощунство, богохульство, и у большинства прорываются масонские стремления поглубже подкопаться под христианство и пониже уронить достоинство верований»[770]. Далее он раскритиковал Думу за потворство требованиям нероссийских подданных, зависимость от иностранного капитала и сопротивление финансированию вооруженных сил и возложил вину за эти злодеяния на сеющую разногласия чуждую «партийную политику»: «Душа христианской государственности взвешивается на фальшивых весах инородцев». Богданович призвал русское, христианское большинство в Думе, и особенно своих «братьев по священству», отказаться от «партийной политики», под которой он имел в виду парламентские дебаты, в пользу христианского и националистического единства[771]. Синод также поощрял депутатов-клириков прекратить сотрудничество с «антицерковными партиями», особенно с октябристами, чтобы усугубить растущие разногласия в этой партии, составлявшей центристское большинство III Думы[772].