Захват Александрии дал французам порт для их транспортов и небольших судов, но не для линкоров. Представлялось весьма сомнительным, что им хватит глубины, чтобы войти в порт. В этих обстоятельствах Бонапарт предложил Бруе на выбор три варианта: войти в «старый порт» Александрии, если сможет; бросить якоря в Абукирском заливе, что в 15 милях к востоку, если там будет достаточно безопасно – в отношении и погодных условий, и противника; или, если два указанных выше варианта окажутся неосуществимыми, идти на Корфу.
Будучи уверенным в невозможности входа в Александрию и имея на борту довольно большое количество груза, который надо было доставить на берег, Бруе 7 июля в качестве временной меры перевел свои корабли в Абукирский залив. Он оставил у входа в Александрию два бывших венецианских линкора, «Дюбуа» и «Коссе», с транспортами и малыми судами. Он также оставил «Алцест» 36 для обследования порта, в надежде найти подходящий канал для больших кораблей. Но, бросив якоря в Абукирском заливе, Бруе обнаружил, что вынужден оставаться там. Припасы, и особенно пресная вода, расходовались очень быстро, а надежды пополнить их для перехода к Корфу не было.
Там французы и находились, пока Нельсон вел свои корабли на Сицилию и получал благодаря приказам из Неаполя в Сиракузах продовольствие и воду. Это не заняло много времени; 25 июля он уже снова вел свой флот в восточном направлении. Нельсон, по его собственному утверждению, двигался к Кипру, в надежде обнаружить врага у побережья Сирии. Спустя три дня, находясь в районе Корона – в Морее, он узнал, что месяцем раньше большой французский флот видели идущим от Крита на юго-восток и определенно направляющимся в Египет.
Нельсон снова поспешил туда. Утром 1 августа его ведущие корабли, «Александр» и «Свифтшур», подошли к Александрии, и снова Нельсон испытал разочарование. Экспедиция определенно прибыла, поскольку в порту было много судов, но единственными более или менее крупными военными кораблями были 2 линкора и 6 фрегатов. Остального французского флота нигде не было видно. Однако разочарование оказалось временным. Уже в 2.45 пополудни с корабля «Зилоус» поступил сигнал, что вражеский флот находится на якорной стоянке в Абукирском заливе.
На бумаге два флота были примерно равными по силе. Формально французы имели один корабль со 120 пушками, три 80-пушечника и девять 74-пушечников. У британцев было тринадцать 74-пушечников и один 50-пушечник. Иными словами, у французов имелось 1026, а у британцев – 1012 пушек. В действительности добавление неучтенных каронад увеличивало вооружение французов до 1084 единиц, а британцев – до 1138. Помимо линкоров французы имели 4 фрегата, имеющие в общей сумме 172 пушки и 3 бомбардирских корабля. С другой стороны, некоторые их корабли были в плохом состоянии – к примеру, «Конкеран» имел на нижней палубе только 18-фунтовые орудия вместо 36-фунтовых, – и все корабли не были укомплектованы командами.
Тем не менее, как показывает практика, флот на якоре в бухте, построенный в боевую линию, находится в очень сильном положении. История знает немало тому свидетельств. Д’Эстен и Родни по очереди отказались атаковать более слабый флот в такой ситуации, а де Грасс попытался, но неудачно. Однако Бруе совершил одну роковую ошибку. Он оставил слишком большое пространство между наветренной стороной своей линии и берегом. А капитаны кораблей Нельсона были достаточно опытными людьми, чтобы не проглядеть такую возможность.
Французские корабли занимали следующие позиции. Абукирский залив, грубо говоря, является полукругом, обращенным на северо-запад и тянущимся от мыса Абукир, что в 12 милях к северо-западу от Александрии, до устья Розеттского рукава Нила, в 16 милях дальше к северо-востоку. Примерно в 2,5 мили к северо-востоку от мыса Абукир располагается остров Абукир, при этом почти весь промежуток занимают рифы и мели, которые тянутся еще на полторы мили в море в этом направлении. К югу от этого барьера западная часть бухты мелкая, зато восточная имеет почти везде глубину 8 саженей.
Ведущий французский корабль, «Герриер» 74, стоял в двух милях к юго-востоку от острова Абукир, на глубине 5 саженей и в линии из 13 кораблей, протянувшейся на 2,5 мили сначала на юго-восток, потом изгибающейся на зюйд-зюйд-ост. Линкоры располагались в следующем порядке: «Герриер» 74, «Конкеран» 74, «Спартиат» 74, «Аквилон» 34, «Пёпл-Суверен» 74, «Франклин» 80, «Ориент» 120, «Тоннант» 80, «Эрё» 74, «Меркурий» 74, «Гийом Телль» 80, «Женерё» 74, «Тимолеон» 74. Внутри линии стояли 4 фрегата – «Серьез» 36 на траверзе «Конкерана», «Артемис» 40 на траверзе «Тоннанта», «Диана» 40 и «Юстис» 40, образуя вместе с «Тимолеоном» юго-западную оконечность линии. Два из трех бомбардирских судов, «Оранжер» и «Португез», располагались с внутренней стороны двух последних фрегатов. «Эркюль» находился чуть впереди линии, с внутренней стороны от «Герриера». Небольшие суда стояли на мелководье к югу от мыса Абукир, где находилась батарея из четырех 12-фунтовых пушек и двух больших бомбометов.