Захват Мальты был одной из вспомогательных целей экспедиции. Повод для враждебных действий легко нашелся. Им стал отказ великого магистра позволить Дезе с конвоем из Чивитавеккьи войти в порт для пополнения запасов воды. Этот отказ был основан на правиле, что в порт можно впускать не более четырех кораблей враждебных государств одновременно. Подготовка к высадке началась, как только прибыл Бонапарт, и 10 июня войска были высажены на берег одновременно в пяти разных местах: четыре – на самой Мальте и одно – на Гозо (Гоцо). Сопротивления почти не было. Великий магистр попросил о перемирии 11-го, и на следующее утро в три часа все мальтийские острова стали французскими. С ними было захвачено два линкора «С. Джованни» 64 и «С. Заккария» 64, фрегат «С. Элизабетта» 36 и четыре галеры.
Пока французы были на пути к Мальте, Нельсон вернулся на свою стоянку у Тулона, куда прибыл 31 мая. Противник исчез, и, имея в своем распоряжении только три линкора и ни одного фрегата, Нельсон почти ничего не мог предпринять для поисков. Только 5 июня прибыл шлюп «Мутин» с информацией, что 11 линкоров уже идут к нему, и с таким мощным подкреплением он должен преследовать французский флот, куда бы тот ни направился, и использовать все свои возможности, чтобы захватывать его, топить и сжигать.
Спустя два дня корабли прибыли. Капитан Трубридж на «Каллодене» с еще восемью 74-пушечниками оставил флот у
Кадиса 24 мая. Прибытие 8 других линкоров из Англии позволило Сен-Винсенту отделить столь крупные силы. По пути к Трубриджу присоединились «Одэшиус» 74 и «Леандр» 50, так что Нельсон неожиданно оказался командующим эскадры, состоящей из тринадцати 74-пушечных линкоров: «Вангард», «Орион», «Александр», «Каллоден», «Голиаф», «Зилоус», «Одешиус», «Тесей», «Минотавр», «Дефенс», «Беллерофон», «Маджестик» и «Свифтшур», а также 50-пушечного «Леандра» и 16-пушечного шлюпа «Мутин».
Не имея никакой информации о местонахождении французов, Нельсон повел свой флот на восток и юг вдоль итальянского побережья. 14 июня, находясь возле Эльбы, он получил информацию из вторых рук о том, что противника видели у западного побережья Сицилии идущим на восток. Нельсон сразу же послал Трубриджа на «Мутине», чтобы узнать новости в Неаполе и выяснить, на какой прием он может рассчитывать в неаполитанских портах. 18-го «Мутин» снова соединился с главными силами флота к югу от Неаполя. Трубридж узнал, что французы ушли на Мальту, а все сицилийские губернаторы готовы оказать британцам любую помощь. Надеясь перехватить противника на Мальте, Нельсон повел свой флот через Мессинский пролив, а оттуда в южном направлении. 22 июня, проходя мимо мыса Пассаро, он услышал, что Мальта сдалась еще 15-го и на следующий день французы ушли. Обе эти даты были неверными. Капитуляция имела место 12-го, а французы оставались до 19-го, но суть информации была абсолютно правильной: французы взяли Мальту и исчезли.
Ходили слухи, что местом их назначения была Сицилия, но Нельсон и четыре его капитана, мнение которых он выяснил, считали, что в этом случае о них уже бы поступили какие-то новости. Так что, вероятнее всего, они держат курс на Египет. Нельсон сразу приказал идти в Египет и по прибытии в Александрию 29 июня испытал глубочайшее разочарование, обнаружив, что там никто даже не слышал о французах.
Нельсон поступил в противоположность тому, что Бонапарт и Бруе сделали месяцем раньше. Они ждали конвой из Чивитавеккьи, когда он фактически был впереди них. А он поспешил за французским флотом, когда тот был позади него. Покинув Мальту 19-го, французы дошли в восточном направлении до Крита, а потом взяли курс на юго-восток. А Нельсон от мыса Пассаро направился сначала на юго-восток, а потом примерно на ост-зюйд-ост, то есть оказался значительно южнее курса французов. Он заметил два французских фрегата 22-го, но, поскольку у него самого фрегатов не было, он не смог организовать преследование. Даже не подумав о том, что он мог попросту обогнать французов, Нельсон не стал терять время в Александрии, и его флот пошел на север, к побережью Малой Азии. Затем он прошел вдоль южной стороны Крита, и, наконец, 19 июля британский флот бросил якоря у Сиракуз на Сицилии, все еще не имея никакой информации о местонахождении противника.
Тем временем французы 1 июля прибыли в Александрию – через два дня после британцев. Высадка началась сразу в пяти милях к югу от города – около полуночи на берег высадился и сам Бонапарт. Последовал ночной марш, и 2-го, почти не встретив сопротивления, французы заняли Александрию. Спустя два дня армия направилась к Каиру, а небольшая флотилия малых судов вошла в Розеттский рукав Нила для поддержки. 21 июля битва у пирамид завершилась захватом французами Каира и всего Нижнего Египта.