Необходимо объяснить, почему французские флоты могли передвигаться взад-вперед по Средиземному морю, не встречая сопротивления. В начале войны британцы и их испанские союзники контролировали воды Средиземного моря и даже заняли Тулон, однако постепенно ситуация изменилась. Французский флот в Тулоне возродился к жизни и даже получил подкрепление из Бреста. Голландия была вынуждена присоединиться к Франции, став врагом Британии, а не ее союзником. Испанцы тоже сумели договориться и в конце концов открыто перешли на сторону французов. Британцам ничего не оставалось, только эвакуироваться из Средиземноморья, и это было сделано в конце 1796 года. Больше года Средиземное море было франко-испанским озером, но к 1798 году самая страшная угроза для Британии миновала. Сражение у мыса Сен-Винсент в феврале 1797 года показало слабость испанцев на море, а битва при Кампердауне в октябре сокрушила голландский флот раз и навсегда. Мятежи 1797 года завершились, и к тому времени, как французы начали планировать свои амбициозные заморские операции, у англичан уже появилась возможность предпринять кое-какие шаги.
Египетская экспедиция началась из пяти отдельных точек: Тулона, Марселя, Корсики, которая была в руках французов после ухода британцев со Средиземного моря, Генуи, в декабре 1797 года ставшей Лигурийской республикой, и Чивитавеккьи, некогда порта папских государств, а после французской оккупации Рима в феврале 1798 года – порта Римской республики. В экспедиции участвовали следующие силы:
Тулон: «Ориент» 120, «Гийом Телль», «Франклин», «Тоннант» – 80-пушечники, «Спартиат», «Аквилон», «Женерё», «Пёпл-Суверен», «Тимолеон», «Эрё», «Меркурий», «Герриер», «Конкеран» – 74-пушечники, «Юстис», «Диана», «Юнона», «Артемис» – 40-пушечники, «Бадин» 30, «Саламин» 18, «Коркир» 18, «Фортунатус» 18, «Алерт» 14, «Пьер» 6, «Шассёр» 6, «Плувье» 4, «Оранжер», «Португез», «Эркюль», «Аглае» – бомбардирские корабли, «Этуаль», «Эклер», «Негрес», «Экспедисьон», «Маргерит», «Хирондел» – тартаны, 6 артиллерийских шлюпов и 2 вооруженные орудиями фелуки.
Следующие корабли использовались как снабженческие транспорты и потому были частично разоружены: «Дюбуа» и «Коссе» – 64-пушечники, «Сенсибль», «Каррер», «Муирон», «Леобен» – 36-пушечники, «Мантуя» и «Монтенот» – 30-пушечники. Всего транспортов было около 70.
Марсель: «Алцест» 36, «Райлёр» 18 и более 55 транспортов.
Генуя: «Серьез» 36 и более 70 транспортов.
Корсика: 22 транспорта.
Чивитавеккья: «Кореджёс» 36 и 56 транспортов.
До того как какая-либо из частей этого огромного флота вышла в море, на Средиземноморье снова появились британские военные корабли. 2 мая контр-адмирал сэр Горацио Нельсон на корабле «Вангард» 74 покинул флот, с которым лорд Сен-Винсент блокировал Кадис, и двумя днями позже в Гибралтаре принял под командование следующий флот: «Александр» 74, «Орион» 74, «Эмеральд» 36, «Терпсихора» 32, «Бон Ситойен» 20. Корабли вошли в Средиземное море 9 мая и были у мыса Сисье, что возле Тулона, 17-го. Там они захватили шебеку «Пьер» 6, вышедшую из порта, чтобы узнать новости о противнике. Двумя днями позже сильный северный ветер заставил Нельсона искать укрытие. На следующий день он усилился до такой степени, что «Вангард» потерял фок-мачту и две стеньги. Нельсон на «Вангарде» и два других 74-пушечника направились к Сардинии, но его фрегаты – люди предполагали, что он пойдет в Гибралтар на ремонт, – направились туда же и так и не присоединились к нему. В результате мастерского судовождения и огромного напряжения сил «Вангард» не потерпел кораблекрушение и был доставлен на буксире «Александром» на Сардинию. Там он восстановил парусное вооружение всего за четыре дня – с 23 по 27 мая, и 31-го корабль Нельсона снова подошел к Тулону.
Но он все равно опоздал. Тот самый ветер, который оказался катастрофой для британского флота, помог французам удачно стартовать. Выйдя из Тулона 19 мая – ведя тулонскую и марсельскую дивизии, – Бонапарт и Бруе не испытали особых трудностей. 23-го к ним присоединился конвой из Генуи, а 27-го – с Корсики, а уже на следующий день они заметили у северо-восточной оконечности Сардинии конвой из Чивитавеккьи, который вышел в море двумя днями раньше. По какой-то причине этот конвой не соединился сразу с главными силами флота, и Бонапарт его четыре дня – с 31 мая по 4 июня – ждал у Сардинии, в то время как конвой находился немного восточнее. Тем временем «Коркир» 18, посланный по направлению к Сицилии, был перехвачен 1 июня британской «Флорой», одним из двух фрегатов, которые Нельсон послал на восток до того, как покинул Гибралтар. Со временем Бонапарт все же узнал от нейтралов, что по соседству нет крупных британских сил, и решил продолжать экспедицию, не дожидаясь кораблей из Чивитавеккьи. 6 июня он услышал, что они его уже обогнали, и 9-го обнаружил их у Мальты, куда они прибыли двумя днями раньше.